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- PDB-4e2d: Structure of the old yellow enzyme from Trypanosoma cruzi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e2d
タイトルStructure of the old yellow enzyme from Trypanosoma cruzi
要素Old Yellow Protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM-barrel fold
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Murakami, M.T. / Rodrigues, N.C. / Gava, L.M. / Canduri, F. / Oliva, G. / Barbosa, L.R.S. / Borgers, J.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: High resolution crystal structure and in solution studies of the Old Yellow Enzyme from Trypanosoma cruzi: Insights into oligomerization, enzyme dynamics and specificity
著者: Murakami, M.T. / Rodrigues, N.C. / Gava, L.M. / Canduri, F. / Oliva, G. / Barbosa, L.R.S. / Borgers, J.C.
履歴
登録2012年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Old Yellow Protein
B: Old Yellow Protein
C: Old Yellow Protein
D: Old Yellow Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,36612
ポリマ－170,2294
非ポリマー2,1388
水7,368409
1
A: Old Yellow Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0923
ポリマ－42,5571
非ポリマー5342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Old Yellow Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0923
ポリマ－42,5571
非ポリマー5342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Old Yellow Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0923
ポリマ－42,5571
非ポリマー5342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Old Yellow Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0923
ポリマ－42,5571
非ポリマー5342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.774, 118.469, 111.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Old Yellow Protein


分子量: 42557.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2TJB8
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.35 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 28% (w/v) polyethylene glycol 1500, 0.3 M ammonium fluoride and 10% DMSO, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.46 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.46 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.911
11-h,-k,l20.089
反射解像度: 1.997→40 Å / Num. all: 155841 / Num. obs: 80586 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 1.997→2.07 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
NatXrayデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E2B

4e2b


解像度: 1.997→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.132 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24207 4013 5 %RANDOM
Rwork0.19358 ---
all0.2014 80586 --
obs0.19599 76225 90.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å2-0.84 Å2
2---0.86 Å2-0 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11832 0 140 409 12381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.97916698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.60951513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.27923.569580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.378152020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2515100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219476
LS精密化 シェル解像度: 1.997→2.048 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 325 -
Rwork0.214 5798 -
obs--92.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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