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- PDB-4e0u: Crystal structure of CdpNPT in complex with thiolodiphosphate and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e0u
タイトルCrystal structure of CdpNPT in complex with thiolodiphosphate and (S)-benzodiazependione
要素Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / PT-fold / C(3)b-prenyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophanyl aminopeptidase / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / alkaloid metabolic process / prenyltransferase activity / aminopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aromatic prenyltransferase DMATS-type, fungi / Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0MV / IMIDAZOLE / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / Cyclic dipeptide prenyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schuller, J.M. / Zocher, G. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure and catalytic mechanism of a cyclic dipeptide prenyltransferase with broad substrate promiscuity.
著者: Schuller, J.M. / Zocher, G. / Liebhold, M. / Xie, X. / Stahl, M. / Li, S.M. / Stehle, T.
履歴
登録2012年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
B: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,92713
ポリマ－97,5212
非ポリマー1,40611
水84747
1
A: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
ヘテロ分子

A: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,95014
ポリマ－97,5212
非ポリマー1,42912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area33370 Å2
手法PISA
2
B: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
ヘテロ分子

B: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,90412
ポリマ－97,5212
非ポリマー1,38310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area33220 Å2
手法PISA
3
A: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
B: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
ヘテロ分子

A: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
B: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,85526
ポリマ－195,0434
非ポリマー2,81222
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area14900 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area59940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.730, 137.730, 170.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclic dipeptide N-prenyltransferase


分子量: 48760.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 遺伝子: cdpNPT / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: D1D8L6

-
非ポリマー , 6種, 58分子

#2: 化合物 ChemComp-0MV / (3S)-3-(1H-indol-3-ylmethyl)-3,4-dihydro-1H-1,4-benzodiazepine-2,5-dione / 3α-(1H-インド-ル-3-イルメチル)-1H-1,4-ベンゾジアゼピン-2,5(3H,4H)-ジオン


分子量: 305.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15N3O2
#3: 化合物 ChemComp-PIS / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / THIOPYROPHOSPHATE


分子量: 193.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H3O6P2S
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月9日
放射モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 51035 / Num. obs: 50027 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3O2K

3o2k


解像度: 2.6→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 16.288 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22888 2502 5 %RANDOM
Rwork0.19629 ---
obs0.19792 47521 100 %-
all-50027 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.311 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.06 Å20 Å20 Å2
2--2.06 Å20 Å2
3----4.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6485 0 91 47 6623
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226748
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.9729165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8623.00211000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.735814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.86624.091308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.278151093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9251532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021398
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3013.54086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3183.51644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17646583
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04752662
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.80852582
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 181 -
Rwork0.3 3429 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8306-0.14050.46210.85270.19242.0822-0.02730.5909-0.1442-0.2673-0.1771-0.22790.17090.59670.20440.15440.02440.02120.4390.24980.256911.1923-19.9431-14.1924
21.86880.23540.68750.91920.12782.7484-0.05890.21150.0845-0.4516-0.0370.2026-0.0851-0.00790.09590.2769-0.0023-0.20670.04270.04090.2149-32.3141-22.3889-25.2187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 440
2X-RAY DIFFRACTION2B33 - 440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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