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- PDB-4dyp: Crystal Structure of WSN/A Influenza Nucleoprotein with BMS-83178... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dyp
タイトルCrystal Structure of WSN/A Influenza Nucleoprotein with BMS-831780 Ligand Bound
要素Nucleocapsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0MS / Nucleoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Lewis, H.A. / Baldwin, E.T. / Steinbacher, S. / Maskos, K. / Mortl, M. / Kiefersauer, R. / Edavettal, S. / McDonnell, P.A. / Pearce, B.C. / Langley, D.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: To be determined
著者: Lewis, H.A. / Baldwin, E.T. / Steinbacher, S. / Maskos, K. / Mortl, M. / Kiefersauer, R. / Edavettal, S. / McDonnell, P.A. / Pearce, B.C. / Langley, D.R.
履歴
登録2012年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5644
ポリマ－113,6122
非ポリマー9522
水28816
1
A: Nucleocapsid protein
ヘテロ分子

A: Nucleocapsid protein
ヘテロ分子

A: Nucleocapsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,8456
ポリマ－170,4183
非ポリマー1,4273
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area14600 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area49030 Å2
手法PISA
2
B: Nucleocapsid protein
ヘテロ分子

B: Nucleocapsid protein
ヘテロ分子

B: Nucleocapsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,8456
ポリマ－170,4183
非ポリマー1,4273
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area8900 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area52950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.550, 146.550, 146.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid protein / nucleoprotein


分子量: 56806.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/WSN/1933(H1N1) / 遺伝子: NP / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4URF1, UniProt: Q1K9H2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-0MS / [4-(5-bromanyl-3-methyl-pyridin-2-yl)piperazin-1-yl]-[3-(2-chlorophenyl)-5-methyl-1,2-oxazol-4-yl]methanone


分子量: 475.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20BrClN4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.82→103.627 Å / Num. obs: 25480 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 61.346 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 24.01
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.82-2.950.6854.3735319314698.8
2.95-3.180.4487.249873451199.8
3.18-3.410.22913.3637293326599.9
3.41-3.760.12620.7740699363899.9
3.76-4.320.07231.3740699367699.9
4.32-5.480.05339.5439515362899.9
5.48-8.460.04347.0327803259399.9
8.46-10.870.03165.52565153099.6
10.87-15.860.0363.453145328100
15.860.0360.97146316595.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.82→48.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / WRfactor Rfree: 0.2776 / WRfactor Rwork: 0.2457 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7652 / SU B: 16.339 / SU ML: 0.324 / SU R Cruickshank DPI: 2.6956 / SU Rfree: 0.4185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.696 / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2941 1294 5.1 %RANDOM
Rwork0.2543 ---
obs0.2564 25470 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.32 Å2 / Biso mean: 53.8592 Å2 / Biso min: 21.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5861 0 58 16 5935
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0216029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8611.9588213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3445837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.61523.103203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03815764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8511533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1760.22524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2890.24220
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.10.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.36324256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6552.56488
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.48132038
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7794.51725
LS精密化 シェル解像度: 2.82→2.895 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 89 -
Rwork0.349 1758 -
all-1847 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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