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万見
- PDB-4dxt: Human SUN2 (AA 522-717) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dxt
タイトルHuman SUN2 (AA 522-717)
要素SUN domain-containing protein 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / beta-sandwich / LINC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / lamin binding / nuclear inner membrane / centrosome localization / nuclear migration / protein-membrane adaptor activity ...nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / lamin binding / nuclear inner membrane / centrosome localization / nuclear migration / protein-membrane adaptor activity / Meiotic synapsis / condensed nuclear chromosome / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / nuclear envelope / nuclear membrane / microtubule binding / chromosome, telomeric region / endosome membrane / positive regulation of cell migration / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
SUN coiled coil domain 2 / SUN2 helix-turn-helix domain / SUN domain-containing protein 1-5 / SUN domain profile. / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal / Galactose-binding domain-like / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SUN domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Sosa, B. / Schwartz, T.U.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: LINC Complexes Form by Binding of Three KASH Peptides to Domain Interfaces of Trimeric SUN Proteins.
著者: Sosa, B.A. / Rothballer, A. / Kutay, U. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2012年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUN domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1762
ポリマ－22,1371
非ポリマー391
水2,036113
1
A: SUN domain-containing protein 2
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 2
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5286
ポリマ－66,4103
非ポリマー1173
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area27430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.580, 79.580, 199.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1148-

HOH

21A-1169-

HOH

31A-1194-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SUN domain-containing protein 2 / Protein unc-84 homolog B / Rab5-interacting protein / Rab5IP / Sad1/unc-84 protein-like 2


分子量: 22136.816 Da / 分子数: 1 / 断片: SUN domain (UNP residues 522-717) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN2, FRIGG, KIAA0668, RAB5IP, UNC84B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UH99
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月17日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→56.7 Å / Num. obs: 12305 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
PHENIX(phenix.refine: dev_975)精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.22→56.66 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.92 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 1250 10.2 %
Rwork0.169 --
obs0.175 12305 99.7 %
all-12330 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.87 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20.41 Å20 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→56.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1565 0 1 113 1679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9142255
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.757598
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.127243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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