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万見
- PDB-4dxs: Human SUN2-KASH2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dxs
タイトルHuman SUN2-KASH2 complex
要素
  • Nesprin-2
  • SUN domain-containing protein 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / beta-sandwich / LINC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / regulation of cilium assembly / lamin binding / intermediate filament cytoskeleton / nuclear lumen / filopodium membrane ...nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / regulation of cilium assembly / lamin binding / intermediate filament cytoskeleton / nuclear lumen / filopodium membrane / nuclear inner membrane / centrosome localization / nuclear migration / nuclear outer membrane / lamellipodium membrane / protein-membrane adaptor activity / sarcoplasmic reticulum membrane / Meiotic synapsis / sarcoplasmic reticulum / condensed nuclear chromosome / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / Z disc / fibrillar center / nuclear envelope / actin binding / nuclear membrane / microtubule binding / chromosome, telomeric region / endosome membrane / cilium / positive regulation of cell migration / focal adhesion / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Nesprin-1, spectrin repeats / Nesprin-1 domain / KASH domain / Nuclear envelope localisation domain / KASH domain profile. / Nuclear envelope localisation domain / SUN coiled coil domain 2 / SUN2 helix-turn-helix domain ...: / : / Nesprin-1, spectrin repeats / Nesprin-1 domain / KASH domain / Nuclear envelope localisation domain / KASH domain profile. / Nuclear envelope localisation domain / SUN coiled coil domain 2 / SUN2 helix-turn-helix domain / SUN domain-containing protein 1-5 / SUN domain profile. / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Galactose-binding domain-like / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nesprin-2 / SUN domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Sosa, B. / Schwartz, T.U.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: LINC Complexes Form by Binding of Three KASH Peptides to Domain Interfaces of Trimeric SUN Proteins.
著者: Sosa, B.A. / Rothballer, A. / Kutay, U. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2012年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUN domain-containing protein 2
B: Nesprin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7024
ポリマ－26,1802
非ポリマー5222
水73941
1
A: SUN domain-containing protein 2
B: Nesprin-2
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 2
B: Nesprin-2
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 2
B: Nesprin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,10512
ポリマ－78,5406
非ポリマー1,5656
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area16480 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area27720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.320, 79.320, 260.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 SUN domain-containing protein 2 / Protein unc-84 homolog B / Rab5-interacting protein / Rab5IP / Sad1/unc-84 protein-like 2


分子量: 22395.053 Da / 分子数: 1 / 断片: SUN domain (UNP residues 522-717) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN2, FRIGG, KIAA0668, RAB5IP, UNC84B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UH99
#2: タンパク質・ペプチド Nesprin-2 / Nuclear envelope spectrin repeat protein 2 / Nucleus and actin connecting element protein / Protein ...Nuclear envelope spectrin repeat protein 2 / Nucleus and actin connecting element protein / Protein NUANCE / Synaptic nuclear envelope protein 2 / Syne-2


分子量: 3785.054 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 6857-6885 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYNE2, KIAA1011, NUA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WXH0
#3: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.4, 7% PEG4000, 10% 1,6-hexanediol, 0.25% DM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月15日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(220) SIDE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→43.3 Å / Num. obs: 8912 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
PHENIX(phenix.refine: dev_975)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DXT

4dxt


解像度: 2.71→36.06 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 891 10 %
Rwork0.182 --
obs0.188 8909 99.9 %
all-8930 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.18 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.531 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å2-0.43 Å20 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→36.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1746 0 26 41 1813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7322492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.898654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.116274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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