PDB-4dxe: 2.52 Angstrom resolution crystal structure of the acyl-carrier-pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dxe

タイトル

2.52 Angstrom resolution crystal structure of the acyl-carrier-protein synthase (AcpS)-acyl carrier protein (ACP) protein-protein complex from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL

要素

Acyl carrier protein
acyl-carrier-protein synthase

キーワード

TRANSFERASE / acyl-carrier-protein synthase / acyl carrier protein / type II fatty acid synthesis pathway / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

機能・相同性

機能・相同性情報

holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Filippova, E.V. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.52 Angstrom resolution crystal structure of the acyl-carrier-protein synthase (AcpS)-acyl carrier protein (ACP) protein-protein complex from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Filippova, E.V. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月21日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4dxe.ent.gz	387.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dxe_validation.pdf.gz	553.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dxe_full_validation.pdf.gz	572.3 KB	表示
XML形式データ	4dxe_validation.xml.gz	42.1 KB	表示
CIF形式データ	4dxe_validation.cif.gz	58.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dxe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1f80S 3f09 PDB 未公開エントリS 4jm7 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6rh2-d 6rh1-d 6rh0-d 1kyq-2 1kyq-1 6rh7-d 3zkb-6 6l8e-2 3zkb-7 5anr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP00816

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: acyl-carrier-protein synthase

B: acyl-carrier-protein synthase

C: acyl-carrier-protein synthase

D: acyl-carrier-protein synthase

E: acyl-carrier-protein synthase

F: acyl-carrier-protein synthase

H: Acyl carrier protein

L: Acyl carrier protein

K: Acyl carrier protein

G: Acyl carrier protein

J: Acyl carrier protein

I: Acyl carrier protein

ヘテロ分子

166 kDa, 12 ポリマー
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1

A: acyl-carrier-protein synthase

B: acyl-carrier-protein synthase

C: acyl-carrier-protein synthase

H: Acyl carrier protein

L: Acyl carrier protein

K: Acyl carrier protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: acyl-carrier-protein synthase

E: acyl-carrier-protein synthase

F: acyl-carrier-protein synthase

G: Acyl carrier protein

J: Acyl carrier protein

I: Acyl carrier protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.968, 102.961, 77.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

THE ACPS-ACP COMPLEX IS FORMED BY TRIMERIC ACPS ENZYME THAT BINDS THREE ACP PROTEINS

#1: タンパク質	acyl-carrier-protein synthase / Holo-ACP synthase / 4'-phosphopantetheinyl transferase AcpS 分子量: 16371.500 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Staphylococcus aureus subsp. aureus COL / 遺伝子: acpS, SACOL2061 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/Magic 参照: UniProt: Q5HED0, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: タンパク質	Acyl carrier protein / ACP 分子量: 11301.322 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Staphylococcus aureus subsp. aureus COL / 遺伝子: acpP, apcP, SACOL1247 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/Magic / 参照: UniProt: Q5HGK0
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: AcpS:ACP 1:1 molar ratio (0.33:0.33 mM) in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 0.5 M NaCl, 5 mM BME. The PACT suite B2 (#14: 0.1 M MIB buffer pH 5.0, 25 %(w/v) PEG1500), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97928 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月9日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si(111)Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97928 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.829
1	1	L, -K, H	2	0.171

反射

解像度: 2.51→30 Å / Num. all: 36820 / Num. obs: 36820 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 49.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 13.34

反射シェル

解像度: 2.51→2.56 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique all: 1863 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3F09 (AcpS), 1F80 (ACP)

3f09
PDB 未公開エントリ

1f80

解像度: 2.51→28.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 26.111 / SU ML: 0.244 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25449	1865	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19971	-	-	-
obs	0.20257	34837	98.53 %	-
all	-	34837	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.391 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.15 Å²	0 Å²	-16.9 Å²
2-	-	-37.84 Å²	-0 Å²
3-	-	-	42.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→28.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8966	0	28	130	9124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	9277
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6187
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.156	1.957	12490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.698	3	15226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.661	5	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.891	26.087	483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	7.159	15	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.014	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.633	1.5	5690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.134	1.5	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.18	2	9182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.033	3	3587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.347	4.5	3308

LS精密化シェル

解像度: 2.51→2.572 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	109	-
R_work	0.224	2066	-
obs	-	2066	79.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.825	1.2931	-0.1355	4.3588	-0.9151	1.6461	-0.0579	0.0175	-0.3046	0.0149	0.0894	-0.0635	0.1418	-0.2055	-0.0315	0.0235	0.0021	0.0155	0.1704	0.0017	0.0576	2.2757	31.6204	15.3953
2	4.7081	0.6998	0.6695	4.5351	-0.6353	2.0181	0.1505	-0.2123	0.4609	0.2002	-0.1601	-0.1464	-0.2329	0.0455	0.0096	0.0698	0.0135	0.0279	0.1813	-0.0352	0.1098	5.0346	45.2051	15.1915
3	1.2128	-0.2022	0.0903	12.1055	1.2383	4.5509	-0.1062	-0.029	0.1464	0.3042	-0.2292	-0.0842	-0.0331	-0.0547	0.3353	0.0329	-0.0173	0.0479	0.244	0.0536	0.207	12.3677	37.7956	11.9556
4	3.056	-1.467	-1.1316	1.7521	0.5625	1.7538	0.007	0.3134	0.0492	-0.314	-0.0031	-0.2275	0.1789	0.0832	-0.0038	0.122	-0.0104	0.1024	0.3157	0.0628	0.1498	24.7132	30.8484	-4.5331
5	-0.5129	-0.6569	-0.728	4.9035	2.3427	5.938	0.0649	0.1198	0.0206	-0.234	0.0257	0.0938	-0.318	-0.3608	-0.0906	0.1296	-0.0037	0.0525	0.3677	0.1475	0.2086	20.6104	39.1698	-3.1966
6	0.5239	1.4894	-0.7779	8.7982	-0.4676	2.7351	0.0323	0.0339	0.1046	-0.2037	0.087	-0.3532	-0.2313	0.008	-0.1192	0.0853	0.0026	0.0602	0.2583	0.0651	0.2063	22.6338	42.8088	3.5603
7	2.2815	0.0253	0.5537	2.0591	-0.729	2.9908	0.0688	-0.0112	-0.029	-0.0259	0.1102	0.2071	0.2319	0.0768	-0.179	0.0442	-0.0138	0.0424	0.1738	0.0138	0.1065	30.3127	31.7026	24.8749
8	7.0936	-0.2087	0.1881	4.0178	-1.5401	9.208	-0.2737	-0.197	0.3728	0.0513	0.0668	-0.1974	-0.1756	0.0646	0.207	0.099	-0.0364	-0.0058	0.1124	0.0513	0.1742	28.0986	43.1245	23.1631
9	2.9902	-2.6244	1.4404	2.7704	-0.1589	2.9393	-0.0873	0.0922	0.2289	-0.1262	-0.0471	0.0648	-0.2126	0.3528	0.1344	0.0886	0.0141	-0.0117	0.3041	0.0136	0.2448	24.2938	43.0604	18.5335
10	2.8129	-1.3992	-1.2558	5.0722	1.0323	1.3907	0.0452	0.0562	0.1282	-0.1117	0.1039	-0.4104	0.057	-0.1305	-0.1491	0.0266	-0.0082	0.006	0.2081	-0.0084	0.0335	10.9515	-0.4209	16.8562
11	2.7976	2.6133	1.3239	7.5258	-0.4713	5.6442	-0.0505	-0.3805	-0.2298	0.1471	-0.0255	-0.0657	-0.0552	-0.0575	0.076	0.0903	0.027	0.0983	0.2862	-0.0433	0.1467	6.2085	3.931	31.7076
12	1.4909	-0.0019	-0.5364	3.1157	0.3107	3.1976	0.0734	-0.1183	-0.0427	0.1177	-0.2547	-0.0666	0.1646	-0.0884	0.1812	0.0531	-0.0264	0.0643	0.2208	-0.0097	0.0963	12.5074	-6.5186	22.6437
13	3.0881	1.3427	0.0648	5.391	0.6077	1.3073	0.0756	0.0731	0.0227	0.1002	0.0517	-0.5837	-0.1426	0.1811	-0.1273	0.1262	0.0011	0.0713	0.2326	0.0007	0.1036	36.3209	2.082	17.9918
14	3.4408	1.3418	-0.5355	4.0987	0.1228	1.5194	0.1257	0.032	-0.1397	-0.1965	-0.0904	-0.3385	0.0145	0.2113	-0.0353	0.057	0.0513	0.0649	0.2203	-0.0166	0.1237	35.5998	-2.7386	13.1892
15	3.3114	1.2678	-0.207	0.8066	1.1523	3.3127	0.0658	-0.0439	-0.3205	-0.0115	0.0308	-0.1173	0.0579	0.3239	-0.0966	0.0843	0.0235	0.026	0.2937	-0.0654	0.1378	28.6302	-8.3447	14.0465
16	2.3833	-0.2969	0.9761	2.1228	-0.7924	2.4854	-0.0878	0.0558	0.1538	-0.0141	0.0223	-0.0912	-0.1222	-0.0212	0.0655	0.065	0.0173	0.0614	0.2006	-0.0119	0.0743	14.4262	1.0994	-2.9216
17	4.3423	2.686	6.151	5.4531	3.6451	7.3395	0.58	0.1962	-0.1286	-0.2	-0.3978	-0.1932	0.822	0.2816	-0.1822	0.3037	0.0707	0.0712	0.3064	0.0493	0.1055	17.5379	-9.368	-2.7798
18	2.4277	-2.6386	-0.5582	13.4704	-3.4768	2.212	-0.0137	0.1304	-0.0979	-0.1672	0.1405	0.2507	0.2368	0.0238	-0.1268	0.0762	-0.0265	-0.0073	0.253	-0.0468	0.0969	16.6731	-8.6952	4.7909
19	14.7868	6.2753	4.0583	9.5475	0.8604	6.3238	0.3124	-0.1247	-0.5576	0.109	0.2018	-0.3745	0.1695	0.3641	-0.5142	0.0938	0.0598	0.0918	0.2616	-0.0157	0.1669	49.567	19.1325	10.5215
20	4.9478	-1.9516	-0.0563	2.5508	2.1336	12.2121	-0.0542	-0.0557	-0.0925	-0.2148	0.0513	-0.047	-0.3049	-0.0508	0.0029	0.1113	-0.0264	0.1425	0.2215	0.0315	0.1957	42.772	26.4144	10.6556
21	7.5545	-2.4788	2.2798	0.9411	1.15	9.0934	0.0923	-0.6027	1.1201	-0.3667	0.2169	-0.3175	-1.3571	-0.1046	-0.3092	0.4399	-0.0589	0.0657	0.3672	-0.0139	0.6541	50.5742	32.2092	15.2519
22	-2.5177	-0.6982	11.8471	3.0129	-8.0244	35.8965	-0.0442	0.1371	0.38	-2.2684	-0.3943	0.8965	1.6806	-0.2415	0.4385	1.1638	-0.0089	-0.1809	1.2177	0.0095	0.652	0.0588	19.7346	-18.1463
23	4.9346	3.1075	1.0478	2.5187	0.7786	6.3468	0.096	0.2922	-0.1255	-0.321	-0.0187	-0.105	0.116	0.1285	-0.0773	0.1978	0.1066	0.0006	0.2696	0.0444	0.2183	5.9457	23.2227	-7.8898
24	13.2101	-1.356	0.3607	-0.2847	-0.5958	6.0692	-0.1858	0.436	1.1523	0.0518	-0.0113	-0.0068	-1.1566	0.3884	0.1971	0.5565	-0.041	-0.0175	0.5168	0.1761	0.4752	6.1292	31.3451	-16.048
25	4.1066	-0.2376	-0.4341	3.779	-0.2961	6.3075	-0.0743	-0.2036	0.0947	0.3184	-0.1172	0.1952	-0.073	-0.099	0.1915	0.0536	-0.0342	0.0428	0.134	-0.0379	0.0547	8.0401	23.2044	36.5566
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31	11.743	3.568	1.0671	12.614	-0.3819	2.0721	0.0461	-0.3955	0.3301	0.0282	0.0599	0.8335	-0.3376	-0.2968	-0.1061	0.0597	0.041	0.0096	0.2027	-0.0604	0.1109	-10.4476	14.4956	11.7002
32	4.3652	-0.707	0.8125	3.5677	-0.2654	7.6347	0.1047	-0.1997	0.1211	-0.2218	-0.1059	0.1007	0.1513	-0.0075	0.0012	0.0674	-0.0498	0.0381	0.1216	-0.0327	0.1012	-5.4461	7.1188	13.7859
33	0.8703	1.2479	2.5624	5.0411	1.2403	3.0539	0.4182	-0.3798	-0.4111	0.245	0.044	0.3037	1.0085	-0.6549	-0.4622	0.5689	-0.0617	0.1136	0.4852	-0.0197	0.4623	-11.3083	0.0726	16.3045
34	4.2972	-2.2085	-1.2851	0.8827	-0.0189	20.3921	0.2316	0.2837	0.5579	-0.4374	-0.0335	-0.1501	-1.1174	0.2185	-0.1981	0.6082	-0.0342	0.0336	0.4946	0.0579	0.3817	34.6887	14.2421	-16.8779
35	8.2494	1.8332	2.284	2.1637	-1.1714	5.7753	0.1385	0.0731	-0.1551	0.125	0.0738	-0.2758	0.1017	0.0268	-0.2123	0.1622	0.0718	0.1346	0.2589	0.0231	0.2583	32.5828	9.0813	-7.2764
36	14.6567	0.7091	2.1022	1.3996	3.0568	4.5499	0.3844	0.6763	-0.4571	0.3087	-0.0191	-0.314	1.0491	0.0168	-0.3652	0.6717	0.0581	0.1893	0.398	-0.0538	0.4089	30.7557	1.9088	-16.7786

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	59 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	100 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	0 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	50 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	87 - 117
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	0 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	59 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	91 - 118
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	-1 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	20 - 45
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	46 - 117
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	0 - 38
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	39 - 89
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	90 - 117
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	-1 - 63
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	64 - 90
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	91 - 117
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	0 - 20
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	21 - 48
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	49 - 75
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	0 - 9
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	10 - 48
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	49 - 73
25	X-RAY DIFFRACTION	25	I	-1 - 44
26	X-RAY DIFFRACTION	26	I	45 - 58
27	X-RAY DIFFRACTION	27	I	59 - 75
28	X-RAY DIFFRACTION	28	J	-1 - 20
29	X-RAY DIFFRACTION	29	J	21 - 54
30	X-RAY DIFFRACTION	30	J	55 - 74
31	X-RAY DIFFRACTION	31	K	0 - 21
32	X-RAY DIFFRACTION	32	K	22 - 51
33	X-RAY DIFFRACTION	33	K	52 - 75
34	X-RAY DIFFRACTION	34	L	-1 - 14
35	X-RAY DIFFRACTION	35	L	15 - 47
36	X-RAY DIFFRACTION	36	L	48 - 74

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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