PDB-4dun: 1.76A X-ray Crystal Structure of a Putative Phenazine Biosynthesi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dun

タイトル

1.76A X-ray Crystal Structure of a Putative Phenazine Biosynthesis PhzC/PhzF Protein from Clostridium difficile (strain 630)

要素

Putative phenazine biosynthesis PhzC/PhzF protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

biosynthetic process / isomerase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Brunzelle, J.S. / Wawrzak, W. / Kudritska, M. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.76A X-ray Crystal Structure of a Putative Phenazine Biosynthesis PhzC/PhzF Protein from Clostridium difficile (strain 630)
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, W. / Kudritska, M. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dun.cif.gz	132.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dun.ent.gz	102.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dun.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dun_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dun_full_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示
XML形式データ	4dun_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	4dun_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/4dun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/4dun	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1s7jS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5h2y-d 6ikm-17 6dgv-d 4m0j-d 1ogu-2 6per-d 1fx2-1 2wmd-1 5ufr-d 4d58-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP05108

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative phenazine biosynthesis PhzC/PhzF protein

ヘテロ分子

30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative phenazine biosynthesis PhzC/PhzF protein

ヘテロ分子

A: Putative phenazine biosynthesis PhzC/PhzF protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.650, 63.650, 135.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-540- HOH

#1: タンパク質	Putative phenazine biosynthesis PhzC/PhzF protein 分子量: 29509.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD1761, CD630_17610 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q186X0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER 分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 3350 20% w/v, Na Sulfate 0.2M, Bis-Tris 0.1M pH5.5, 2% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月12日 / 詳細: Be Lens
放射	モノクロメーター: Single Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→51.04 Å / Num. all: 32236 / Num. obs: 32236 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 25.68 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.76→1.81 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2336 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BLU-MAX		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
BUSTER	2.8.0	精密化
XDS		データ削減
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1S7J

1s7j

解像度: 1.76→23.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9662 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9498 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19	1630	5.07 %	RANDOM
R_work	0.158	-	-	-
all	0.1597	33802	-	-
obs	0.158	32172	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2868 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2868 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5737 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.183 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→23.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2041	0	34	370	2445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2230	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	3040	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1039	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		62	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		322	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2204	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.11
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.55
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		294	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2862	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.82 Å / Total num. of bins used: 16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2491	145	4.95 %
R_work	0.2031	2782	-
all	0.2054	2927	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8098	0.1234	0.7576	0.6892	0.4693	0.3966	-0.0785	-0.0731	0.1441	-0.0434	0.0046	-0.1258	-0.1053	-0.054	0.0739	-0.0629	0.0256	0.0094	-0.0572	-0.0018	-0.0637	10.949	36.7604	63.8394
2	3.4739	-0.3781	-2.4577	0.7714	1.2302	2.8182	-0.038	0.2649	0.0829	-0.1191	-0.0109	-0.031	-0.1184	0.1729	0.0489	0.0353	0.0068	0.0159	0.0848	0.0103	-0.0052	23.7669	29.1925	51.1958
3	3.3296	0.744	-0.7283	2.0293	-1.0835	2.5692	0.0078	0.3404	0.2459	-0.2106	0.0294	-0.1299	0.0557	0.0183	-0.0371	0.021	0.0108	0.0412	0.0385	0.0155	0.0273	17.2612	31.951	56.0585
4	1.3006	-0.9993	0.067	2.6284	0.1816	1.3433	-0.0483	0.0473	0.1211	0.0288	-0.0264	-0.164	-0.0586	0.024	0.0747	-0.0514	0.0094	0.0233	-0.0418	-0.011	-0.0635	11.3543	36.7112	54.4799
5	2.5436	-1.2907	-0.2032	0.6823	-0.6538	0.8225	0.1095	0.1864	0.0916	-0.1004	-0.1482	-0.0012	-0.1443	-0.1264	0.0387	-0.0048	0.0181	0.0055	-0.03	-0.0248	0.0068	3.404	41.4384	50.3394
6	1.5575	-0.1061	0.7057	0.9148	1.113	1.15	0.0763	0.1623	-0.3166	-0.0701	-0.0687	-0.0185	0.3029	-0.3251	-0.0076	0.0223	-0.0882	0.0022	-0.0098	-0.0265	-0.0135	-16.6622	19.2045	52.1205
7	3.696	0.3207	0.6152	0.1546	0.366	2.2669	-0.0446	-0.0529	-0.4026	-0.0063	0.1065	0.0297	0.3916	-0.1265	-0.0619	-0.0357	-0.039	0.0064	-0.0508	0.0118	-0.0103	-14.5309	18.6097	58.6285
8	2.694	-0.2181	-1.0688	3.2198	-0.1599	3.8741	-0.0374	-0.1247	-0.4404	-0.0471	-0.0623	-0.0723	0.4216	0.0336	0.0997	-0.032	-0.0284	0.0239	-0.0141	0.0156	-0.0037	-9.5959	20.0709	64.3574
9	3.2348	0.2212	0.2817	1.5909	-1.1952	1.9257	-0.0385	-0.007	-0.1547	-0.0565	0.0122	-0.0565	0.1077	0.0191	0.0264	-0.0381	-0.0111	0.0191	-0.0326	-0.0132	-0.0768	-7.0515	27.6146	60.1746
10	2.1723	0.7128	-0.5187	0.7309	-0.278	1.8789	0.0193	-0.065	0.1148	0.0336	0.0861	0.2421	-0.1245	-0.2693	-0.1054	-0.0435	0.0046	0.0218	-0.0098	-0.0158	-0.0409	-11.0495	37.1238	60.3797
11	6.5953	0.0152	3.0638	0.8417	-0.2903	2.4932	-0.113	0.0453	0.1201	-0.1011	0.0513	-0.0792	-0.0139	0.0051	0.0616	0.0317	-0.0177	0.0146	-0.0408	-0.0175	0.0158	7.9236	38.9521	58.9779

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - 24}	A	1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|25 - 35}	A	25 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|36 - 54}	A	36 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|55 - 88}	A	55 - 88
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|89 - 114}	A	89 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|115 - 126}	A	115 - 126
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|127 - 148}	A	127 - 148
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|149 - 181}	A	149 - 181
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|182 - 212}	A	182 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|213 - 237}	A	213 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|238 - 258}	A	238 - 258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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