PDB-4ds3: Crystal Structure of Phosphoribosylglycinamide formyltransferase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ds3

タイトル

Crystal Structure of Phosphoribosylglycinamide formyltransferase from Brucella melitensis

要素

Phosphoribosylglycinamide formyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis bv. 1 (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Phosphoribosylglycinamide formyltransferase from Brucella melitensis
著者: Fairman, J.W. / Gardberg, A.S. / Staker, B.L. / Stewart, L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2012年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ds3.cif.gz	89.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ds3.ent.gz	66.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ds3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ds3_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ds3_full_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示
XML形式データ	4ds3_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	4ds3_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4ds3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4ds3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tqrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xnk-3 1gqc-d 3wb8-8 2y6p-1 3wb8-3 4j5l-2 4w8r-1 2y6p-2 5hdn-2 3wb8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrmeA.01059.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoribosylglycinamide formyltransferase

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoribosylglycinamide formyltransferase

ヘテロ分子

A: Phosphoribosylglycinamide formyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.595, 134.063, 56.663
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- HOH

#1: タンパク質	Phosphoribosylglycinamide formyltransferase 分子量: 22010.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis bv. 1 (マルタ熱菌) 株: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 遺伝子: BAWG_0970, BMEI1241, Phosphoribosylglycinamide formyltransferase 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8YGB8, phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 200 mM sodium chloride, 100 mM sodium cacodylate pH 6.50, BrmeA.01059.a.A1 PS01278 81.6 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 17663 / Num. obs: 17663 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 2.05 / Observed criterion σ(I): 2.05 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Χ²: 1.009 / Net I/σ(I): 16.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.92	1.9	0.312	1731	1.035	1	95.2
1.92-1.99	2.2	0.219	1734	0.981	1	96.7
1.99-2.08	2.3	0.156	1768	1.032	1	96.5
2.08-2.19	2.7	0.131	1769	1.016	1	96.8
2.19-2.33	2.8	0.12	1722	1.008	1	94.5
2.33-2.51	3.2	0.096	1789	0.989	1	97.9
2.51-2.76	3.6	0.087	1805	0.996	1	98.4
2.76-3.16	4.1	0.078	1830	1.015	1	98.4
3.16-3.99	3.8	0.063	1704	0.994	1	90.6
3.99-50	4.3	0.058	1811	1.026	1	92

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
JDirector		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TQR

3tqr

解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.668 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2315	906	5.1 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
all	0.1865	17629	-	-
obs	0.1865	17629	95.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.18 Å² / B_iso mean: 26.936 Å² / B_iso min: 8.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1407	0	22	165	1594

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.094	1.992	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.188	5	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.184	22.778	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.324	15	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.339	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	1079

LS精密化シェル

解像度: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.468	56	-
R_work	0.372	1112	-
all	-	1168	-
obs	-	-	92.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5369	-0.3145	-1.729	7.4587	1.0513	1.275	-0.1206	-0.2946	-0.0706	0.3407	0.0876	-0.1056	0.1166	0.193	0.033	0.0764	0.0228	0.0196	0.1223	0.0104	0.082	10.288	12.1572	36.9841
2	1.6742	-1.1664	0.9556	3.9437	-0.2605	0.6181	0.0669	0.0334	-0.0412	0.0338	-0.0841	0.1927	0.0345	0.0374	0.0172	0.0512	-0.0074	0.0097	0.0471	0.0111	0.0634	8.1618	8.2937	26.8235
3	0.9902	-0.5459	-0.105	1.5021	0.6727	0.9783	-0.068	-0.0594	-0.0059	0.0397	0.0623	0.1261	0.0325	-0.0358	0.0057	0.0222	-0.007	0.0113	0.0173	-0.0023	0.0353	4.5901	21.4989	33.7037
4	0.8985	0.1912	-0.6617	0.3322	0.0341	3.7172	0.014	-0.0245	0.1323	-0.0063	-0.0059	-0.0265	-0.028	-0.0006	-0.0081	0.0092	0.0061	0.001	0.0124	-0.0027	0.049	19.6374	21.4554	16.9411
5	3.9696	8.0105	-0.7619	16.2362	-0.623	14.4303	-0.0568	0.1411	0.3257	-0.2329	0.2877	0.577	-1.3193	-0.0539	-0.2308	0.2453	-0.0052	0.067	0.2617	-0.0129	0.4281	20.8705	27.226	29.0009
6	1.1383	-0.4075	-0.4199	0.9144	0.0622	0.1655	-0.03	0.0368	-0.0291	0.0446	0.0225	0.0739	0.0111	-0.0163	0.0075	0.0616	-0.0239	-0.0074	0.0626	-0.0028	0.0681	19.7149	11.6318	16.8046

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	29 - 104
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	105 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	142 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	151 - 204

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