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- PDB-5hdn: Crystal structure of heat shock factor1-DBD complex with ds-DNA a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hdn
タイトルCrystal structure of heat shock factor1-DBD complex with ds-DNA and TtT
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*C)-3')
  • Heat shock factor protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / HSF1-DBD / TtT
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to nitroglycerin / response to hypobaric hypoxia / sequence-specific single stranded DNA binding / cellular response to diamide / cellular response to L-glutamine / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of stress granule assembly / response to peptide / cellular response to sodium arsenite ...cellular response to nitroglycerin / response to hypobaric hypoxia / sequence-specific single stranded DNA binding / cellular response to diamide / cellular response to L-glutamine / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of stress granule assembly / response to peptide / cellular response to sodium arsenite / translation elongation factor binding / negative regulation of inclusion body assembly / positive regulation of inclusion body assembly / nuclear stress granule / positive regulation of macrophage differentiation / cellular response to potassium ion / protein folding chaperone complex / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / STAT family protein binding / response to psychosocial stress / cellular response to cadmium ion / mitotic spindle pole / response to testosterone / general transcription initiation factor binding / cellular response to angiotensin / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSF1-dependent transactivation / mRNA transport / cellular response to unfolded protein / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / HSF1 activation / negative regulation of protein-containing complex assembly / Attenuation phase / heterochromatin / regulation of cellular response to heat / cellular response to copper ion / heat shock protein binding / response to nutrient / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to activity / promoter-specific chromatin binding / cellular response to estradiol stimulus / Hsp90 protein binding / defense response / euchromatin / cellular response to gamma radiation / PML body / kinetochore / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hydrogen peroxide / mRNA processing / Aggrephagy / sequence-specific double-stranded DNA binding / MAPK cascade / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to heat / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein-containing complex assembly / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / ribonucleoprotein complex / negative regulation of gene expression / DNA repair / centrosome / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vertebrate heat shock transcription factor, C-terminal domain / Vertebrate heat shock transcription factor / HSF-type DNA-binding domain signature. / Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding / HSF-type DNA-binding / heat shock factor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Vertebrate heat shock transcription factor, C-terminal domain / Vertebrate heat shock transcription factor / HSF-type DNA-binding domain signature. / Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding / HSF-type DNA-binding / heat shock factor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Heat shock factor protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Feng, H. / Liu, W. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HSF1-DBD crystal structure
著者: Feng, H. / Liu, W. / Wang, D.C.
履歴
登録2016年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock factor protein 1
B: Heat shock factor protein 1
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*C)-3')
C: Heat shock factor protein 1
D: Heat shock factor protein 1
G: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,53912
ポリマ－67,2788
非ポリマー2614
水12,755708
1
A: Heat shock factor protein 1
B: Heat shock factor protein 1
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8777
ポリマ－33,6394
非ポリマー2383
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Heat shock factor protein 1
D: Heat shock factor protein 1
G: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6625
ポリマ－33,6394
非ポリマー231
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.415, 127.367, 55.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Heat shock factor protein 1 / HSF 1 / Heat shock transcription factor 1 / HSTF 1


分子量: 13156.973 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 15-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSF1, HSTF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00613
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: 6%v/v Ethylene glycol, 0.1M citric acid PH3.8, 10%w/v PEG6000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97845 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97845 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→41.334 Å / Num. obs: 118571 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 15.68
反射 シェル解像度: 1.68→1.72 Å / 冗長度: 2.64 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 88.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータ削減
XDSデータスケーリング
XDS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HDG

5hdg


解像度: 1.68→41.334 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2019 6012 5.07 %
Rwork0.1741 --
obs0.1755 118571 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→41.334 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3332 972 16 710 5030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9436319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0751725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005651
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.68-1.69910.31581790.26353345X-RAY DIFFRACTION87
1.6991-1.71910.26671870.25453503X-RAY DIFFRACTION90
1.7191-1.740.28711660.25263455X-RAY DIFFRACTION93
1.74-1.76210.26382050.24053647X-RAY DIFFRACTION96
1.7621-1.78530.24872310.23523829X-RAY DIFFRACTION99
1.7853-1.80970.27132130.23433744X-RAY DIFFRACTION100
1.8097-1.83560.25461750.21983835X-RAY DIFFRACTION100
1.8356-1.8630.22161380.21563906X-RAY DIFFRACTION100
1.863-1.89210.24792220.22063768X-RAY DIFFRACTION100
1.8921-1.92310.27311770.21993769X-RAY DIFFRACTION99
1.9231-1.95630.24062040.20083841X-RAY DIFFRACTION100
1.9563-1.99180.20342070.1963834X-RAY DIFFRACTION100
1.9918-2.03010.25322030.18793758X-RAY DIFFRACTION100
2.0301-2.07160.23252120.19633822X-RAY DIFFRACTION99
2.0716-2.11660.24182220.18633768X-RAY DIFFRACTION100
2.1166-2.16590.20431950.18583812X-RAY DIFFRACTION100
2.1659-2.220.25242120.1893822X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.280.23812030.193743X-RAY DIFFRACTION99
2.28-2.34710.21651880.18113805X-RAY DIFFRACTION100
2.3471-2.42290.25662310.17863760X-RAY DIFFRACTION100
2.4229-2.50950.2092070.17243821X-RAY DIFFRACTION100
2.5095-2.60990.1982130.17393818X-RAY DIFFRACTION100
2.6099-2.72870.19072120.18943775X-RAY DIFFRACTION100
2.7287-2.87250.19751700.17473798X-RAY DIFFRACTION100
2.8725-3.05240.22362130.18433862X-RAY DIFFRACTION100
3.0524-3.2880.18752060.15763749X-RAY DIFFRACTION99
3.288-3.61870.15932010.14553795X-RAY DIFFRACTION99
3.6187-4.14190.17222410.14443730X-RAY DIFFRACTION100
4.1419-5.21680.16312060.13153778X-RAY DIFFRACTION99
5.2168-41.34640.16681730.17033667X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.053-0.0781-0.16891.0973-0.05832.04320.07190.1849-0.1113-0.1889-0.0125-0.0851-0.01520.11530.00780.150.0016-0.00350.16580.00350.12312.52837.60579.8898
20.4427-0.55390.09071.32470.23030.4238-0.09630.21670.2447-0.41970.0902-1.0686-0.27610.3592-0.0060.2575-0.06420.04680.2723-0.04320.264523.240312.8513.1433
30.8363-0.17230.39660.26160.19810.66040.2294-0.12270.36330.176-0.17940.0018-0.49880.10860.15060.2955-0.0323-0.0170.1945-0.00330.15115.180315.526220.791
40.2962-0.2405-0.10771.0054-0.51080.4691-0.0278-0.1234-0.4570.444-0.08890.4714-0.13510.1974-0.00220.18920.0112-0.01970.18550.02030.18867.37165.952321.6719
50.24130.23660.14630.42250.2810.15450.0811-0.4704-0.4956-0.026-0.3614-0.60270.19860.5012-0.01170.27060.06290.02230.36180.09180.471621.3184-6.107220.1127
60.54030.4223-0.0620.4279-0.29720.60710.08360.0009-0.4405-0.0566-0.01620.00040.1686-0.00760.00660.14250.0168-0.01460.15770.01130.14897.18913.585613.8397
70.8057-0.0289-0.38370.36540.19441.21070.1471-0.13070.4210.0160.26480.0911-0.5988-0.34650.12390.20180.0287-0.02110.2108-0.0060.1913-0.142712.708214.7529
81.7657-0.44441.82411.7692-0.8752.42860.0829-0.1005-0.11270.0513-0.02090.39250.019-0.43820.00120.1528-0.02410.04860.19370.00610.2506-4.621-11.737624.1509
90.2257-0.080.01460.2856-0.00710.0654-0.1635-0.5978-0.19450.21470.01980.8764-0.2145-0.55230.00020.2709-0.02230.06320.40240.05160.3923-2.8652-17.591635.6839
100.2049-0.25480.16670.3621-0.09840.36470.0485-0.0436-0.1913-0.07310.0181-0.18110.38110.16790.00130.2217-0.005-0.00330.16220.00310.27585.2821-20.220328.3528
110.1895-0.09210.13540.1486-0.09010.2441-0.02670.0735-0.1336-0.5249-0.0637-0.5789-0.25180.20220.00050.19110.01320.03310.23060.00860.26297.455-10.544920.8935
120.7504-0.32720.37320.7071-0.28630.4934-0.1356-0.43420.28190.5097-0.06820.1595-0.13490.104-0.00410.28020.0035-0.00650.2446-0.00730.22185.8556-1.169329.5813
130.82550.73450.30130.9429-0.34481.0601-0.13760.3233-0.3438-0.41350.2440.16470.23790.11220.01650.25460.0249-0.00030.2129-0.05820.3008-0.5517-13.151913.7569
141.31971.21830.44451.5658-0.36091.28580.08020.2109-0.13690.0708-0.00370.18530.0665-0.43760.00160.19850.00260.00460.22360.03170.278610.6865-16.357542.9851
151.6957-0.68430.18820.84380.72281.0599-0.2072-0.1921-0.21340.36560.12350.42170.1442-0.2581-0.00110.33440.02560.10780.23330.01850.286110.4629-12.406852.7963
160.3937-0.1226-0.03450.57590.0050.47230.0308-0.4702-0.47270.6156-0.005-0.00860.41290.22220.00420.33450.0750.01580.29070.05580.323819.2828-20.822451.3167
170.73830.81050.17941.22680.52380.166-0.114-0.3683-0.11330.39770.06870.23450.08920.16330.00080.32260.04860.0160.3097-0.02970.203219.7352-2.79554.3915
180.85140.8965-0.19561.06820.29151.2681-0.02450.1793-0.1434-0.40080.1197-0.1511-0.12740.17410.02230.2291-0.0070.02320.282-0.02910.277817.7533-13.822236.5182
191.18840.75790.37151.6748-0.38791.7987-0.18910.2893-0.1317-0.6360.327-0.7615-0.26010.46950.01730.4425-0.09420.12020.3719-0.08450.345328.75988.458536.9728
202.03350.0169-0.03290.7867-0.38550.7605-0.2419-0.38840.85630.13030.6175-1.2328-0.51540.72020.48870.3012-0.13540.02340.4829-0.23580.682734.414613.83346.3326
211.51721.59510.49772.30290.70332.1724-0.09280.15530.0033-0.42690.13420.0784-0.25010.03280.00040.2732-0.0032-0.0310.2502-0.02770.178421.09566.397342.9256
220.85080.08710.1351-0.06220.0511-0.0419-0.09980.07640.03290.0130.01330.10570.0305-0.0240.00010.2274-0.0011-0.01320.2445-0.02750.31072.485428.32823.3083
230.3108-0.3222-0.41390.32740.3774-0.2999-0.4519-0.3189-0.3640.0470.1970.00720.05220.0687-0.07170.1820.01180.04480.19540.00770.28152.179229.922823.4886
241.1058-0.3966-0.34770.9843-0.08630.0725-0.5187-0.3501-0.3315-0.03920.11870.0774-0.0801-0.009300.3977-0.0147-0.01430.42020.00080.4020.639-34.755.711
251.35630.571-0.46480.94230.44770.389-0.2946-0.20990.02280.15230.0182-0.0491-0.0308-0.0715-0.00610.4868-0.0336-0.12130.46570.01380.5278-0.119-36.09656.251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 48 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 75 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 76 through 81 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 82 through 95 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 96 through 108 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 109 through 118 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 13 through 48 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 49 through 60 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 61 through 75 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 76 through 81 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 82 through 100 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 101 through 118 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 12 through 37 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 38 through 60 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 61 through 76 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 77 through 100 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 101 through 118 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 14 through 48 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 49 through 75 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 76 through 118 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 1 through 12 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 1 through 12 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 1 through 12 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 1 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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