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Yorodumi- PDB-5hdn: Crystal structure of heat shock factor1-DBD complex with ds-DNA a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hdn | ||||||
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Title | Crystal structure of heat shock factor1-DBD complex with ds-DNA and TtT | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / HSF1-DBD / TtT | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to nitroglycerin / response to hypobaric hypoxia / sequence-specific single stranded DNA binding / cellular response to diamide / cellular response to L-glutamine / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / positive regulation of stress granule assembly / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / translation elongation factor binding / negative regulation of inclusion body assembly ...cellular response to nitroglycerin / response to hypobaric hypoxia / sequence-specific single stranded DNA binding / cellular response to diamide / cellular response to L-glutamine / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / positive regulation of stress granule assembly / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / translation elongation factor binding / negative regulation of inclusion body assembly / positive regulation of inclusion body assembly / nuclear stress granule / cellular response to sodium arsenite / cellular response to potassium ion / positive regulation of macrophage differentiation / cellular response to angiotensin / protein folding chaperone complex / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / response to psychosocial stress / STAT family protein binding / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to testosterone / mitotic spindle pole / general transcription initiation factor binding / HSF1-dependent transactivation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSF1 activation / Attenuation phase / cellular response to unfolded protein / mRNA transport / negative regulation of protein-containing complex assembly / heterochromatin / regulation of cellular response to heat / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cellular response to copper ion / heat shock protein binding / cellular response to cadmium ion / positive regulation of mitotic cell cycle / response to nutrient / response to activity / cellular response to estradiol stimulus / promoter-specific chromatin binding / Hsp90 protein binding / euchromatin / chromatin DNA binding / cellular response to gamma radiation / mRNA processing / PML body / kinetochore / defense response / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Aggrephagy / cellular response to hydrogen peroxide / : / MAPK cascade / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to heat / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to lipopolysaccharide / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / ribonucleoprotein complex / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / DNA repair / centrosome / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.68 Å | ||||||
Authors | Feng, H. / Liu, W. / Wang, D.C. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: HSF1-DBD crystal structure Authors: Feng, H. / Liu, W. / Wang, D.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hdn.cif.gz | 251.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hdn.ent.gz | 198.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hdn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5hdn_validation.pdf.gz | 481.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5hdn_full_validation.pdf.gz | 485.5 KB | Display | |
Data in XML | 5hdn_validation.xml.gz | 26.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5hdn_validation.cif.gz | 40.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hdn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hdn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5hdgSC 5hdkC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13156.973 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 15-120 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HSF1, HSTF1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q00613 #2: DNA chain | Mass: 3662.404 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Chemical | ChemComp-CIT / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 3.8 Details: 6%v/v Ethylene glycol, 0.1M citric acid PH3.8, 10%w/v PEG6000. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97845 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 6, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97845 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.68→41.334 Å / Num. obs: 118571 / % possible obs: 98.38 % / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 15.68 |
Reflection shell | Resolution: 1.68→1.72 Å / Redundancy: 2.64 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 88.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5HDG Resolution: 1.68→41.334 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.68→41.334 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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