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- PDB-4dqm: Revealing a marine natural product as a novel agonist for retinoi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dqm
タイトルRevealing a marine natural product as a novel agonist for retinoic acid receptors with a unique binding mode and antitumor activity
要素
  • Nuclear receptor coactivator 1
  • Retinoic acid receptor alpha
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSFERASE / nuclear receptor transcription factor / ligand binding domain / Transcription regulation / Nucleus / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / glandular epithelial cell development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / protein kinase B binding / negative regulation of granulocyte differentiation / growth plate cartilage development ...Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / glandular epithelial cell development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / protein kinase B binding / negative regulation of granulocyte differentiation / growth plate cartilage development / prostate gland development / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / retinoic acid-responsive element binding / negative regulation of cartilage development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / retinoic acid binding / outflow tract septum morphogenesis / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / TGFBR3 expression / response to vitamin A / heterocyclic compound binding / limb development / apoptotic cell clearance / regulation of myelination / ureteric bud development / Signaling by Retinoic Acid / DNA-binding transcription repressor activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / protein kinase A binding / male mating behavior / hypothalamus development / positive regulation of interleukin-4 production / face development / alpha-actinin binding / germ cell development / negative regulation of type II interferon production / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of tumor necrosis factor production / progesterone receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / nuclear retinoid X receptor binding / estrous cycle / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase activity / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / response to cytokine / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron differentiation / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / response to progesterone / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / cerebellum development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neural tube closure / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / liver development / Heme signaling / female pregnancy / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / regulation of synaptic plasticity / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / mRNA 5'-UTR binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / transcription coactivator binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LUF / Retinoic acid receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wang, S. / Wang, Z. / Lin, S. / Zheng, W. / Wang, R. / Jin, S. / Chen, J. / Jin, L. / Li, Y.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Revealing a natural marine product as a novel agonist for retinoic acid receptors with a unique binding mode and inhibitory effects on cancer cells.
著者: Wang, S. / Wang, Z. / Lin, S. / Zheng, W. / Wang, R. / Jin, S. / Chen, J. / Jin, L. / Li, Y.
履歴
登録2012年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Experimental preparation
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor alpha
B: Nuclear receptor coactivator 1
C: Retinoic acid receptor alpha
D: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0926
ポリマ－55,3194
非ポリマー7732
水55831
1
A: Retinoic acid receptor alpha
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0463
ポリマ－27,6592
非ポリマー3871
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11290 Å2
手法PISA
2
C: Retinoic acid receptor alpha
D: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0463
ポリマ－27,6592
非ポリマー3871
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.120, 104.460, 113.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor alpha / RAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group B member 1


分子量: 26485.908 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain, UNP RESIDUES 182-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1B1, RARA / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10276
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal ...NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 1173.379 Da / 分子数: 2 / 断片: LXXLL motif 7, UNP RESIDUES 1432-1441 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-LUF / (5S)-4-[(3E,7E)-4,8-dimethyl-10-(2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl)deca-3,7-dien-1-yl]-5-hydroxyfuran-2(5H)-one / Luffariellolide


分子量: 386.567 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H38O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 % / Mosaicity: 0.748 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2% v/v Tacsimate pH7.0, 5% 2-propanol, 0.1M imadazole , 8% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1.5619 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月29日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5619 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 17478 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.295 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.75-2.87.70.6488400.673199.8
2.8-2.857.70.4998640.686199.7
2.85-2.97.40.3998190.715199.4
2.9-2.966.90.2948270.749198.6
2.96-3.037.30.2798380.752199.6
3.03-3.17.70.2538360.751199.9
3.1-3.1780.2528540.785199.9
3.17-3.2680.2188540.861199.9
3.26-3.368.10.1888530.9611100
3.36-3.464.70.1467762.917191.7
3.46-3.597.40.1748631.606199.8
3.59-3.7360.1638242.513199
3.73-3.95.70.1168302.758195.1
3.9-4.117.30.0737541.147188.7
4.11-4.368.10.0628661.1891100
4.36-4.780.0638721.551100
4.7-5.177.90.0658721.981100
5.17-5.927.90.0698852.0081100
5.92-7.467.80.0529011.4121100
7.46-5070.0289671.267199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→47.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2542 / WRfactor Rwork: 0.2085 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.787 / SU B: 12.51 / SU ML: 0.263 / SU R Cruickshank DPI: 0.8852 / SU Rfree: 0.3374 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.885 / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2594 922 5 %RANDOM
Rwork0.2134 ---
all0.2157 20596 --
obs0.2157 16995 84.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 152.97 Å2 / Biso mean: 62.5045 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→47.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3855 0 54 31 3940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.023968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.752.0185360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1455484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.10924.815162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.76815763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1471526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212863
LS精密化 シェル解像度: 2.549→2.615 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 62 -
Rwork0.321 1139 -
all-1201 -
obs--82.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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