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- PDB-4dqg: Crystal Structure of apo(G16C/L38C) HIV-1 Protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dqg
タイトルCrystal Structure of apo(G16C/L38C) HIV-1 Protease
要素Aspartyl protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / AIDS / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / N-HYDROXYGUANIDINE / OXYGEN MOLECULE / PHOSPHATE ION / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Schiffer, C.A. / Mittal, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / : 2012
タイトル: Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
著者: Mittal, S. / Cai, Y. / Nalam, M.N. / Bolon, D.N. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2012年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartyl protease
B: Aspartyl protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1459
ポリマ-21,6082
非ポリマー5377
28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.472, 58.168, 61.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aspartyl protease


分子量: 10803.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: P12499*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 23分子

#2: 化合物 ChemComp-HGU / N-HYDROXYGUANIDINE / N-ヒドロキシグアニジン


分子量: 75.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : CH5N3O
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 50mM Citrate phosphate buffer pH 5.0, 7% DMSO, 27-35% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月3日
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 5552 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.65-2.745.70.46198.9
2.74-2.855.70.396198.2
2.85-2.985.70.296197.8
2.98-3.145.70.219196.9
3.14-3.345.80.178196.4
3.34-3.65.70.131195.9
3.6-3.965.60.097196.1
3.96-4.535.70.068199.1
4.53-5.715.80.053199.7
5.71-505.40.044199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→42.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 31.991 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.431 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26174 220 4.6 %RANDOM
Rwork0.19767 ---
obs0.20056 4535 97.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.566 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→42.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1456 0 34 16 1506
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.02990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3871.9842057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8213.0032426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3035196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.50424.28649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.65315234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.374158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6541.5988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0981.5417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25421589
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7953521
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1444.5468
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.795→2.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 20 -
Rwork0.269 268 -
obs--93.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.315-2.79867.02881.2701-3.11247.8321-0.2151-0.1531-0.09060.08940.21690.0395-0.342-0.1716-0.00170.1412-0.0587-0.03560.2169-0.01640.106-5.730314.9104-23.573
21.47640.78752.18763.16854.31386.85030.4602-0.2756-0.6586-0.06130.2755-0.16330.26230.0322-0.73560.2998-0.1434-0.10630.17520.11380.3744-10.773410.5523-16.4038
30.63812.98310.322414.2291.20710.489-0.24730.04750.0864-0.45690.45870.5417-0.2699-0.3612-0.21140.29080.16770.04810.49560.16540.1398-26.48424.9439-18.4158
413.1134-5.84710.68844.98291.04262.9879-0.0102-0.69170.7475-0.09370.1159-0.2528-0.08550.0769-0.10570.03920.0211-0.0010.0898-0.07050.0834-17.76547.3923-16.1247
57.352212.30611.160121.8914-0.38564.9370.2023-0.2299-0.30970.195-0.3295-0.48720.23340.29380.12720.04420.01760.03220.25750.10880.1316-8.3819-2.1821-21.0647
67.27190.80027.23319.0394-4.778310.6662-0.0102-0.71360.01210.4750.10950.3392-0.4149-0.7634-0.09930.083-0.0183-0.0040.0980.0340.0739-19.6463-1.6271-13.8866
713.0651-4.001-7.36695.50338.256314.1897-0.0698-0.39850.51220.133-0.46290.6658-0.55850.07670.53270.421-0.21530.10030.3657-0.10620.3731-28.3531-8.464-14.3635
829.7204-1.221115.69680.7410.534510.30610.7808-0.97310.18440.1544-0.0871-0.40280.8041-0.5239-0.69370.16850.0243-0.10230.1496-0.02840.2403-16.7617-14.3649-14.3377
92.16920.9381.51383.30991.77131.48680.18460.12350.03880.3266-0.1151-0.23570.21260.0215-0.06960.1418-0.0095-0.02790.0890.02810.104-9.6049-9.4765-10.3312
1013.9166-0.78827.803213.8119-4.48615.5635-0.0583-0.3479-0.70820.33660.4787-0.1301-0.0912-0.3539-0.42040.0710.0531-0.04610.11970.01420.0827-22.7717-9.5814-16.697
115.00170.9148-0.85111.2616-1.72738.31890.0769-0.1926-0.2785-0.1-0.157-0.1573-0.0664-0.37950.08010.06690.06970.01920.11280.05170.1069-23.69030.4753-24.4728
122.91540.35272.73520.09340.44922.8465-0.2252-0.16110.0992-0.10290.06010.004-0.4317-0.19220.16510.1807-0.02790.01960.1529-0.01670.0332-20.98762.7836-27.0547
132.741.1872-4.307811.8956-2.19076.7824-0.1911-0.3864-0.18490.3579-0.11530.28590.32720.61140.30640.03610.03970.02380.13320.01130.0729-17.7952-4.9116-12.5862
149.981.132-4.11183.2281-2.24892.72040.2929-0.23450.03280.5397-0.06590.2714-0.43910.0787-0.2270.1669-0.01690.05520.1092-0.00420.0396-13.47362.0391-13.7681
153.37491.9594-1.32821.147-0.79480.5824-0.01470.1929-0.30.06290.0621-0.1294-0.1188-0.0882-0.04740.244-0.02980.11890.09680.05170.2803-12.0129-1.4003-26.0657
1611.24311.48671.76341.40450.94021.3773-0.54610.33410.0391-0.39760.24180.032-0.14750.11220.30430.1667-0.03550.03910.1561-0.0160.1141-6.99265.8474-30.1635
1710.618810.8158-5.676611.5365-6.71575.0724-0.29060.2888-0.0513-0.38230.2084-0.07360.0506-0.15510.08220.18820.11280.00530.1553-0.02120.0484-4.32942.004-32.8677
1818.39346.502310.72019.40615.12836.50010.36510.2433-0.71140.60070.04330.01080.32470.1393-0.40840.093-0.0292-0.02360.06550.02230.05480.4967-3.9126-26.4144
196.0189-6.78641.3827.9142-1.35320.47940.23010.39190.1689-0.1436-0.1312-0.36350.12240.3228-0.09890.13660.0992-0.04870.4131-0.11870.2915.8131-0.6094-20.9289
203.52280.57694.48010.11540.65725.99540.3920.3814-0.50370.03330.1143-0.12850.59840.1937-0.50620.20880.01850.0210.3842-0.12870.24646.4095-3.0187-23.5308
2115.872-2.253312.50393.31-3.493418.00360.1632-0.6348-0.14370.0094-0.06840.1305-0.0538-0.3252-0.09480.07140.02110.00990.0872-0.01010.104-1.9784.888-15.8804
227.9909-5.64659.6820.4427-1.765613.29150.11990.00460.2658-0.2179-0.3519-0.50760.0996-0.10450.23190.0244-0.02190.040.05350.00260.13567.0618-1.9156-13.7593
2310.80249.72725.623611.459410.335513.2193-0.34590.1839-0.7978-0.63760.811-0.7541-0.77621.2999-0.46510.19820.0182-0.02140.31990.02710.169917.8763-0.9455-10.4472
2414.3791-2.19044.93532.6534-3.290813.3289-0.3158-0.7862-0.03190.1849-0.0421-0.3345-0.0190.15630.3580.11270.00170.01730.0630.02020.06448.76982.0662-2.6309
2516.38365.89023.55334.1425-1.82215.51660.29370.17740.5988-0.2911-0.21990.33410.7010.4226-0.07380.1609-0.01710.02130.1087-0.03160.0774-4.2834-2.7856-5.9289
266.51634.8584-9.76223.6279-7.276914.97950.1520.0062-0.0370.1736-0.0634-0.03120.04880.2313-0.08860.45320.1327-0.09340.2599-0.05230.120910.72510.454-6.3141
279.0961-2.56723.64154.8958-4.78314.87950.1579-0.2363-0.24730.0703-0.0527-0.1032-0.0199-0.1166-0.10520.0629-0.0085-0.01940.13220.08920.202714.50647.8116-14.7331
287.76926.95150.45038.49585.55412.0887-0.26770.4056-0.5755-0.31070.5185-0.81810.05790.2993-0.25080.10060.00760.13440.03630.02150.491910.83146.0191-26.7173
290.8313-0.5428-0.66660.38280.52680.83070.0115-0.0971-0.0980.03380.0060.03670.1338-0.0827-0.01750.1206-0.054-0.05440.13750.02320.08798.53672.0019-12.4031
302.6617-3.5122-0.691715.6404-1.61030.7605-0.2080.1471-0.1740.35360.16510.31260.0442-0.13840.04290.0838-0.04730.00040.1992-0.04820.09132.4829-2.4355-17.1997
316.724-1.08961.34622.6666-0.15530.27140.14280.11620.13720.0926-0.2202-0.03610.02460.01810.07740.11770.005-0.00730.1201-0.01020.05433.206410.3367-19.8632
3212.70046.16689.75293.88614.348310.23780.1236-0.54590.6583-0.1511-0.25430.2931-0.0521-0.39570.13060.13-0.02950.03320.12390.01680.1179-7.485310.5272-27.8888
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2A7 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3A13 - 18
4X-RAY DIFFRACTION4A19 - 24
5X-RAY DIFFRACTION5A25 - 30
6X-RAY DIFFRACTION6A31 - 36
7X-RAY DIFFRACTION7A37 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8A43 - 46
9X-RAY DIFFRACTION9A47 - 56
10X-RAY DIFFRACTION10A57 - 60
11X-RAY DIFFRACTION11A61 - 66
12X-RAY DIFFRACTION12A67 - 74
13X-RAY DIFFRACTION13A75 - 80
14X-RAY DIFFRACTION14A81 - 85
15X-RAY DIFFRACTION15A86 - 91
16X-RAY DIFFRACTION16A92 - 99
17X-RAY DIFFRACTION17B1 - 6
18X-RAY DIFFRACTION18B7 - 12
19X-RAY DIFFRACTION19B13 - 18
20X-RAY DIFFRACTION20B19 - 24
21X-RAY DIFFRACTION21B25 - 30
22X-RAY DIFFRACTION22B31 - 35
23X-RAY DIFFRACTION23B36 - 41
24X-RAY DIFFRACTION24B42 - 47
25X-RAY DIFFRACTION25B48 - 54
26X-RAY DIFFRACTION26B55 - 59
27X-RAY DIFFRACTION27B60 - 64
28X-RAY DIFFRACTION28B65 - 70
29X-RAY DIFFRACTION29B71 - 80
30X-RAY DIFFRACTION30B81 - 86
31X-RAY DIFFRACTION31B87 - 94
32X-RAY DIFFRACTION32B95 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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