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万見
- PDB-4dq4: Bovine beta-lactoglobulin complex with linoleic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dq4
タイトルBovine beta-lactoglobulin complex with linoleic acid
要素Beta-lactoglobulin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / lipocalin / bovine milk
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LINOLEIC ACID / ETHANOL / Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Loch, J.I. / Lewinski, K.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2013
タイトル: Binding of 18-carbon unsaturated fatty acids to bovine beta-lactoglobulin--structural and thermodynamic studies.
著者: Loch, J.I. / Bonarek, P. / Polit, A. / Ries, D. / Dziedzicka-Wasylewska, M. / Lewinski, K.
履歴
登録2012年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年2月29日ID: 3QZK
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7204
ポリマ－18,3011
非ポリマー4193
水1,67593
1
A: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子

A: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4408
ポリマ－36,6022
非ポリマー8376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.33, 53.33, 111.53
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactoglobulin / Beta-LG


分子量: 18301.174 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 17-178 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物 ChemComp-EIC / LINOLEIC ACID / 9,12-LINOLEIC ACID


分子量: 280.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris-HCl buffer, 1.34M tri-sodium citrate, 1mM linoleic acid in ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→13.35 Å / Num. all: 11259 / Num. obs: 11101 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.099 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CrysalisProデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BSY

1bsy


解像度: 2.1→13.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 6.864 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28966 1110 10 %RANDOM
Rwork0.22093 ---
obs0.22806 9948 98.86 %-
all-11186 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→13.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1248 0 29 93 1370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221366
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3332.0111849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79833043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3255173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.88526.84257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.96315266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.386153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.21366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1380.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1770.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2670.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1141.51081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1291.5330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25521358
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3973611
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0874.5487
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 80 -
Rwork0.254 688 -
obs--97.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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