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- PDB-4doq: Crystal structure of the complex of Porcine Pancreatic Trypsin wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4doq
タイトルCrystal structure of the complex of Porcine Pancreatic Trypsin with 1/2SLPI
要素
  • Antileukoproteinase
  • Trypsin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / beta barrel / mainly bata / protease / protease inhibitor / Secretory Leukocyte / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of process of another organism / endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of viral genome replication / trypsin / digestion / negative regulation of protein binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / specific granule lumen / antibacterial humoral response / collagen-containing extracellular matrix ...modulation of process of another organism / endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of viral genome replication / trypsin / digestion / negative regulation of protein binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / specific granule lumen / antibacterial humoral response / collagen-containing extracellular matrix / response to lipopolysaccharide / immune response / serine-type endopeptidase activity / innate immune response / mRNA binding / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / enzyme binding / proteolysis / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elafin-like / R-elafin / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. / Four-disulfide core domains / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site ...Elafin-like / R-elafin / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. / Four-disulfide core domains / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trypsin / Antileukoproteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fukushima, K. / Takimoto-Kamimura, M.
引用ジャーナル: J.SYNCHROTRON RADIAT. / 年: 2013
タイトル: Structure basis 1/2SLPI and porcine pancreas trypsin interaction
著者: Fukushima, K. / Kamimura, T. / Takimoto-Kamimura, M.
履歴
登録2012年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin
B: Antileukoproteinase
C: Trypsin
D: Antileukoproteinase
E: Trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,28917
ポリマ－80,7555
非ポリマー1,53412
水9,296516
1
A: Trypsin
B: Antileukoproteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4187
ポリマ－28,6312
非ポリマー7875
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
2
C: Trypsin
D: Antileukoproteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2417
ポリマ－28,6312
非ポリマー6115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
3
E: Trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6303
ポリマ－23,4931
非ポリマー1362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.535, 118.610, 93.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 ACEBD

#1: タンパク質 Trypsin


分子量: 23493.496 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: Pancreas / 参照: UniProt: P00761, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド Antileukoproteinase / Secretory leukocyte protease inhibitor


分子量: 5137.271 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-terminal domain / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03973

-
非ポリマー , 5種, 528分子

#3: 化合物 ChemComp-XPE / 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / DECAETHYLENE GLYCOL / デカエチレングリコ-ル


分子量: 458.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42O11 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG4000, 0.1M Na-Citrate, 200mM Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月10日
放射モノクロメーター: RIGAKU FRE-D / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→93.25 Å / Num. obs: 57599 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / % possible all: 95.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
d*TREKデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AVW, 2Z7F

1avw

2z7f


解像度: 2→50.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.242 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2416 2911 5.1 %RANDOM
Rwork0.1867 ---
obs0.1895 54688 96.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.64 Å2 / Biso mean: 30.2024 Å2 / Biso min: 14.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å2-0.18 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5568 0 88 516 6172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.9637839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1795748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.09925.741216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.72215932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5591514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.22715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23870
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1130.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0681.53834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72225971
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53132261
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.724.51867
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 204 -
Rwork0.235 3998 -
all-4202 -
obs--95.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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