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- PDB-4dn3: Crystal structure of anti-mcp-1 antibody cnto888 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dn3
タイトルCrystal structure of anti-mcp-1 antibody cnto888
要素
  • CNTO888 HEAVY CHAIN
  • CNTO888 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Obmolova, G. / Teplyakov, A. / Malia, T. / Grygiel, T. / Sweet, R. / Snyder, L. / Gilliland, G.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for high selectivity of anti-CCL2 neutralizing antibody CNTO 888.
著者: Obmolova, G. / Teplyakov, A. / Malia, T.J. / Grygiel, T.L. / Sweet, R. / Snyder, L.A. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2012年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CNTO888 LIGHT CHAIN
H: CNTO888 HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3172
ポリマ－47,3172
非ポリマー00
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.540, 121.540, 84.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: 抗体 CNTO888 LIGHT CHAIN


分子量: 23625.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): (HEK) 293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: 抗体 CNTO888 HEAVY CHAIN


分子量: 23691.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): (HEK) 293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4.3 M SODIUM FORMATE CRYO VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 18826 / Num. obs: 18826 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 39.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 10.69 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24912 965 5 %RANDOM
Rwork0.19057 ---
all0.19364 17765 --
obs0.19364 17765 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å20 Å20 Å2
2---1.21 Å20 Å2
3---2.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3208 0 0 130 3338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9544475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5665422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63824.331127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.48815513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6481512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.0212476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7622111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.31843409
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it44.528881175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it39.058881066
LS精密化 シェル解像度: 2.606→2.671 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 60 -
Rwork0.314 1272 -
obs--98.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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