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- PDB-4dki: Structural Insights into the Anti- Methicillin-Resistant Staphylo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dki
タイトルStructural Insights into the Anti- Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) Activity of Ceftobiprole
要素Penicillin-binding protein 2'
キーワードHYDROLASE/Antibiotic / enzyme / HYDROLASE-Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / membrane => GO:0016020 / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 2a; domain 3 / NTF2-like; domain 1 / NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily ...Penicillin-binding protein 2a; domain 3 / NTF2-like; domain 1 / NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / : / Chem-RB6 / Penicillin-binding protein 2 / Penicillin-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Gretes, M.C. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Insights into the Anti-methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) Activity of Ceftobiprole.
著者: Lovering, A.L. / Gretes, M.C. / Safadi, S.S. / Danel, F. / de Castro, L. / Page, M.G. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2012年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 2'
B: Penicillin-binding protein 2'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,80019
ポリマ－147,5552
非ポリマー2,24617
水70339
1
A: Penicillin-binding protein 2'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,90510
ポリマ－73,7771
非ポリマー1,1289
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Penicillin-binding protein 2'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8959
ポリマ－73,7771
非ポリマー1,1188
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area57620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.847, 103.471, 186.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 2'


分子量: 73777.250 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-668 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: mecA, SACOL0033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5HJW3, UniProt: A0A0H2WXF8*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase

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非ポリマー , 5種, 56分子

#2: 化合物 ChemComp-RB6 / (2R)-2-[(1R)-1-{[(2Z)-2-(5-amino-1,2,4-thiadiazol-3-yl)-2-(hydroxyimino)acetyl]amino}-2-oxoethyl]-5-({2-oxo-1-[(3R)-pyr rolidin-3-yl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl}methyl)-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / BAL 9141, bound form / ceftobiprole, bound form


分子量: 536.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N8O6S2
#3: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 mg/mL protein, 5 mM NaHCO3, pH 8.0, 150 mM NaCl, soaked in 0.1mM inhibitor in 100 mM Hepes, pH 7.0, 1 M NaCl, 28% (v/v) PEG 550 MME and 16 mM CdCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298KK

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→69.27 Å / Num. obs: 32591 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 75.85 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.248 / % possible all: 63.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→53.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9421 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8944 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 1640 5.04 %RANDOM
Rwork0.1731 ---
obs0.1764 32539 91.78 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3475 Å20 Å20 Å2
2---2.781 Å20 Å2
3----0.5665 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.375 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→53.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10210 0 99 39 10348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110478HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3114100HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3821SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes375HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1470HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10478HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1366SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11854SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 71 4.47 %
Rwork0.2099 1517 -
all0.2115 1588 -
obs--91.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.31780.06080.04320.30580.24774.0799-0.046-0.0044-0.03210.06750.0517-0.00450.71750.2948-0.0057-0.03880.0888-0.0269-0.18470.0152-0.098118.203529.198251.8805
20.8169-0.0399-1.11090.7060.19742.36410.1110.0550.05120.0636-0.08880.251-0.2033-0.2568-0.0223-0.17610.0339-0.029-0.17910.0301-0.0635-7.408447.082543.5364
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|25 - A|668 A|701 - A|701 }A25 - 668
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|25 - A|668 A|701 - A|701 }A701
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|25 - B|668 B|701 - B|701 }B25 - 668
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|25 - B|668 B|701 - B|701 }B701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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