PDB-4dk2: Crystal Structure of Open Trypanosoma brucei dUTPase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dk2

タイトル

Crystal Structure of Open Trypanosoma brucei dUTPase

要素

Deoxyuridine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE / all alpha NTP pyrophosphohydrolase / all alpha NTP pyrophosphatase / dUTP and Mg2+ binding

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Hemsworth, G.R. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: On the catalytic mechanism of dimeric dUTPases.
著者: Hemsworth, G.R. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2012年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月18日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月6日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dk2.cif.gz	67.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dk2.ent.gz	48.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dk2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dk2_validation.pdf.gz	419.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dk2_full_validation.pdf.gz	421.1 KB	表示
XML形式データ	4dk2_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	4dk2_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dk2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dk4C 4dkbC 4dl8C 4dlcC 1oglS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xch-1 5wu6-3 5gk8-d 3cx6-d 1m7x-2 5udk-d 3ziu-2 2pe2-2 1je0-d 4m3n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxyuridine triphosphatase

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyuridine triphosphatase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.010, 47.020, 63.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.38, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-380- HOH

#1: タンパク質	Deoxyuridine triphosphatase / deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase 分子量: 33170.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 株: 427 / 遺伝子: Tb927.7.5160 / プラスミド: pET-YSBLLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57ZH3, dUTP diphosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Deoxyuridine triphosphatase / deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase

分子量: 33170.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
株: 427 / 遺伝子: Tb927.7.5160 / プラスミド: pET-YSBLLIC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57ZH3, dUTP diphosphatase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 25% PEG1500, 0.1 M MMT buffer, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月19日
放射	モノクロメーター: ACCEL fixed exit double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→42.05 Å / Num. all: 47254 / Num. obs: 47254 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.072 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.47→1.55 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 6789 / R_sym value: 0.493 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OGL

1ogl

解像度: 1.47→42.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.221 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21068	2368	5 %	RANDOM
R_work	0.17774	-	-	-
obs	0.17933	44812	99.33 %	-
all	-	47254	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.009 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	0 Å²	-0.26 Å²
2-	-	1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→42.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2008	0	0	176	2184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.439	1.939	2806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3	3253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.09	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.064	24.239	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.642	15	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.661	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	61.494	1.5	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	10.272	1.5	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	48.884	2	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	65.748	3	764
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	37.015	4.5	745
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.47→1.506 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	157	-
R_work	0.298	3226	-
obs	-	-	97.18 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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