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Yorodumi- PDB-4m3n: Crystal structure of purine nucleoside phosphorylase from Meiothe... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4m3n | ||||||
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Title | Crystal structure of purine nucleoside phosphorylase from Meiothermus ruber DSM 1279, NYSGRC Target 029804. | ||||||
Components | Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleoside catabolic process / uridine phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Meiothermus ruber DSM 1279 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of purine nucleoside phosphorylase from Meiothermus ruber DSM 1279, NYSGRC Target 029804. Authors: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...Authors: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4m3n.cif.gz | 276.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4m3n.ent.gz | 234 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4m3n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4m3n_validation.pdf.gz | 455.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4m3n_full_validation.pdf.gz | 462.6 KB | Display | |
Data in XML | 4m3n_validation.xml.gz | 31 KB | Display | |
Data in CIF | 4m3n_validation.cif.gz | 45.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/4m3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/4m3n | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | hexameric |
-Components
#1: Protein | Mass: 28411.178 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Meiothermus ruber DSM 1279 (bacteria) / Strain: DSM 1279 / Gene: deoD, Mrub_2947, K649_07785 / Plasmid: BC-PSGX3(BC) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)CODON+RIL References: UniProt: D3PPS9, purine-nucleoside phosphorylase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Magnesium Chloride, 0.1 M MES:NaOH, pH 6.5, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9791 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jul 21, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SAD / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 107774 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 8.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.6→31.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.2306 / WRfactor Rwork: 0.2129 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8014 / SU B: 3.749 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.0193 / SU Rfree: 0.0184 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.018 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 83.79 Å2 / Biso mean: 30.7939 Å2 / Biso min: 13.86 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→31.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.601→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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