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- PDB-4di3: Crystal structure of a 2:1 complex of Treponema pallidum TatP(T) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4di3
タイトルCrystal structure of a 2:1 complex of Treponema pallidum TatP(T) (Tp0957) bound to TatT (Tp0956)
要素
  • TatP(T) (Tp0957)
  • TatT (Tp0956)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / protein-protein complex / TRAP transporter / TPAT
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
TRAP transporter T-component / TRAP transporter T-component / TRAP transporter T-component superfamily / TRAP transporter T-component / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...TRAP transporter T-component / TRAP transporter T-component / TRAP transporter T-component superfamily / TRAP transporter T-component / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein TP_0956 / Tp33 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema pallidum subsp. pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural and Thermodynamic Characterization of the Interaction between Two Periplasmic Treponema pallidum Lipoproteins that are Components of a TPR-Protein-Associated TRAP Transporter (TPAT).
著者: Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Schuck, P. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V.
履歴
登録2012年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / software
Item: _entity.pdbx_description / _software.classification ..._entity.pdbx_description / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: TatP(T) (Tp0957)
E: TatP(T) (Tp0957)
A: TatT (Tp0956)
B: TatT (Tp0956)
C: TatT (Tp0956)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,7065
ポリマ－173,7065
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area62810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.934, 148.934, 212.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111Chain A and not (resid 28:32 or resid 96 or...
211Chain B and not (resid 28:32 or resid 96 or...
311Chain C and not (resid 28:32 or resid 96 or...
112Chain D and not (resid 21:22 or resid 93 or...
212Chain E and not (resid 21:22 or resid 93 or...

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 TatP(T) (Tp0957) / TRAP-T family tripartite ATP-independent periplasmic transporter / binding protein


分子量: 36278.836 Da / 分子数: 2 / 断片: soluble fragment, UNP residues 21-342 / 変異: A185V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum subsp. pallidum (梅毒トレポネーマ)
株: Nichols / 遺伝子: TP_0957 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O83923
#2: タンパク質 TatT (Tp0956)


分子量: 33716.078 Da / 分子数: 3 / 断片: soluble fragment, UNP residues 23-323 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum subsp. pallidum (梅毒トレポネーマ)
株: Nichols / 遺伝子: TP_0956 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O83922

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 %
結晶化温度: 293 K / pH: 9.5
詳細: 0.1 M CHES, 30% PEG400, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979347 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月23日
放射モノクロメーター: sagitally focused Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979347 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. all: 45743 / Num. obs: 45743 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.05-3.165.20.97198.8
3.16-3.295.20.621198.8
3.29-3.435.20.369198.9
3.43-3.625.20.207199
3.62-3.845.20.119199.2
3.84-4.145.10.074199.1
4.14-4.565.10.046199.2
4.56-5.215.10.038199.3
5.21-6.5750.041199.4
6.57-504.70.02198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-CollectCOLLECTデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U64

3u64


解像度: 3.05→49.65 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1 / 位相誤差: 28.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 2320 5.08 %
Rwork0.203 --
obs0.206 45712 98.9 %
all-45713 -
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.73 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 117.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.043 Å20 Å2-0 Å2
2--8.043 Å20 Å2
3----16.086 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→49.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11376 0 0 0 11376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23315825
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8174214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0881753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062031
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1850X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1850X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.07
13C1850X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
21D2065X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22E2065X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0513-3.11360.47071350.38592433X-RAY DIFFRACTION96
3.1136-3.18130.3641360.30022485X-RAY DIFFRACTION99
3.1813-3.25520.35891230.27682519X-RAY DIFFRACTION99
3.2552-3.33660.35621650.27032496X-RAY DIFFRACTION99
3.3366-3.42680.32381330.25642500X-RAY DIFFRACTION99
3.4268-3.52760.30891410.24112514X-RAY DIFFRACTION99
3.5276-3.64150.35271240.24632538X-RAY DIFFRACTION99
3.6415-3.77160.2951270.21722545X-RAY DIFFRACTION99
3.7716-3.92250.2641510.20332524X-RAY DIFFRACTION99
3.9225-4.1010.28351230.20092552X-RAY DIFFRACTION99
4.101-4.31710.23141300.18342549X-RAY DIFFRACTION99
4.3171-4.58740.25541280.16372575X-RAY DIFFRACTION99
4.5874-4.94130.24451400.16762562X-RAY DIFFRACTION99
4.9413-5.4380.24341450.19822586X-RAY DIFFRACTION100
5.438-6.22350.28741330.21822620X-RAY DIFFRACTION99
6.2235-7.8360.24131400.18582645X-RAY DIFFRACTION99
7.836-49.65120.20021460.18292749X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8818-0.0675-0.84441.194-1.24812.5934-0.18710.33320.4314-0.3583-0.2783-0.1287-0.53330.06850.43480.71410.1057-0.29850.9445-0.17681.1247-6.446653.1949-21.5854
22.45891.5991-2.97593.14420.07645.5292-0.03970.1622-1.6634-0.8597-1.3354-0.35761.02661.57140.08821.0123-0.0389-0.26921.0007-0.07931.6602-4.705934.5048-19.9117
30.6050.2287-0.2010.5237-0.28160.77860.352-0.42390.34610.1884-0.2043-0.25790.0070.43510.09640.79270.1735-0.58730.9944-0.22311.4826-11.828436.9507-9.943
42.9289-0.72691.06410.5370.5873.43860.6980.9397-0.0679-0.5862-0.2047-0.481-0.05570.3087-0.2511.07920.2907-0.25511.0375-0.24321.0597-26.226627.7751-24.0867
50.86641.0989-0.98151.6804-1.24681.78010.4277-0.2699-0.34640.3387-0.3427-0.41730.16010.3849-0.09410.84990.146-0.3380.7771-0.41761.1784-17.325345.904-12.7401
62.6802-0.03890.67312.0685-1.59171.36970.5540.3459-0.4414-0.1529-0.6758-1.01261.11180.52110.02561.02140.2044-0.53130.973-0.11481.6974-16.400225.1678-9.1485
73.2729-0.24340.18824.12440.92354.2511-0.0813-0.39670.1728-0.1264-0.1554-0.3382-0.51920.00060.19960.69680.23080.06080.54410.16520.723312.825999.2723-29.0887
81.81550.2883-1.75122.7529-0.38342.4416-0.09380.6495-0.5102-0.3174-0.3469-0.9870.77480.02640.541.16810.46940.31860.90790.12871.080220.978690.9919-41.9548
95.1055-0.2653-1.25482.1501-0.98361.5482-0.21860.31960.5805-0.13770.0210.2894-0.1776-0.1880.07231.25460.28490.09021.1250.17150.93228.0883109.2301-54.9634
103.05940.5347-0.58522.93640.23161.59910.09880.5194-0.5866-0.49580.0611-0.48930.38240.371-0.05020.71920.1760.14820.68790.03730.856113.104293.7879-45.8319
110.49780.17060.63860.2942-0.12191.30880.96950.58220.3596-1.329-1.2384-0.5684-0.39840.6563-0.46330.61930.270.1181.2954-0.08421.108329.047796.0925-50.2524
124.51372.1856-2.14884.1829-0.46692.9140.10851.0191-0.1511-0.49660.1672-0.1276-0.23-0.2714-0.40750.86770.6653-0.21680.9267-0.35060.6345-34.450883.1298-28.29
132.76251.37790.51383.7628-0.07663.02530.1269-0.1384-0.02050.4603-0.02210.1486-0.202-0.3711-0.11980.56140.2694-0.10070.7928-0.42360.6666-34.589767.7257-23.6785
143.0130.1050.70622.37710.25083.28250.56240.4559-0.6310.1784-0.0216-0.10270.4336-0.1078-0.23760.6320.1518-0.18030.9364-0.53430.7745-37.87558.8295-33.4577
153.72880.86360.35543.86650.18872.467-0.08211.1742-0.60540.11190.3382-0.55380.23960.018-0.23070.68260.0986-0.11031.3314-0.45680.9229-25.142859.1188-41.4855
161.28140.7243-0.66386.1798-1.58223.19420.72070.9572-0.7326-1.8003-1.1403-0.31390.26980.40380.22420.90540.3587-0.03311.4643-0.29920.8189-16.051467.9361-42.2399
173.1867-3.6528-0.65877.327-1.49081.8135-0.02360.0357-0.01810.317-0.389-0.8356-0.25630.4360.13030.68810.1403-0.10190.8135-0.41590.7313-13.975369.9019-34.116
181.336-0.11730.05217.2916-0.12613.0415-0.41180.553-0.26811.15430.15180.46650.3791-0.1580.18420.820.2322-0.04810.8643-0.2850.7025-37.938686.6194-13.6729
194.7302-1.3058-0.90453.20840.37012.70470.50970.51180.74080.1749-0.4968-0.14850.26440.0309-0.05620.87330.08430.07790.4967-0.21960.7142-32.639595.0042-1.2931
204.09371.41620.07228.25041.43982.82520.2843-0.4390.17811.18690.18560.2727-0.78840.3699-0.00981.09960.1010.5450.6564-0.40960.9816-47.2486104.107513.3695
212.7316-1.0246-1.59422.79560.8351.99470.2325-0.71370.39320.4095-0.24140.0872-0.44550.3089-0.22531.1629-0.18930.2160.3286-0.40060.5406-38.056894.99229.2749
225.2768-1.9091-0.58532.031-0.9241.81830.2954-0.551-0.72620.1549-0.18130.10240.24090.1447-0.29831.4177-0.13260.06440.4136-0.07310.7743-38.69182.043213.3812
231.34130.3022-0.13441.3288-0.53174.01330.8631-0.0382-1.17480.1793-0.23730.18570.35120.5259-0.36911.34330.0301-0.19380.4989-0.16960.959-28.953272.23096.587
246.1548-0.38090.79385.11541.48634.5713-0.017-0.2409-0.44180.56020.37270.29530.11010.3917-0.39810.59430.35930.15060.5592-0.09160.6245-29.943399.5477-16.9878
250.653-0.7127-0.36621.9850.31681.7425-0.0070.56620.1050.088-0.114-0.0488-0.5922-0.4721-0.05170.74350.63740.13360.9958-0.18620.6013-26.757997.3447-29.8612
263.6307-0.44640.56633.3385-0.81132.02340.79410.6407-0.4611-0.5147-0.283-0.30390.32480.4629-0.3340.8250.4424-0.01130.6244-0.03010.6866-17.208395.2893-34.2974
272.2414-0.276-0.07541.67560.17360.74740.27760.94850.3173-0.1838-0.1306-0.1514-0.4893-0.6654-0.06131.26021.29140.08241.09660.09030.5497-19.7511111.2851-41.0954
282.0898-0.32030.91082.38960.24292.5332-0.12310.44360.46530.0073-0.147-0.1485-1.2693-0.69420.0741.20440.3365-0.00580.66690.02680.6752-10.4444115.1957-22.4327
296.38411.2518-2.80050.9463-0.12922.0445-0.9384-0.32610.02850.03220.5532-0.18060.76220.33050.05530.98970.1630.07620.6788-0.08170.6731-8.1771104.2949-16.2172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resseq 10:80)D10 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resseq 81:95)D81 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resseq 96:149)D96 - 149
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resseq 150:197)D150 - 197
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resseq 198:276)D198 - 276
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resseq 277:321)D277 - 321
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resseq 9:97)E9 - 97
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resseq 98:135)E98 - 135
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resseq 136:226)E136 - 226
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resseq 227:304)E227 - 304
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resseq 305:325)E305 - 325
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resseq 29:61)A29 - 61
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resseq 62:136)A62 - 136
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resseq 137:211)A137 - 211
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resseq 212:248)A212 - 248
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resseq 249:277)A249 - 277
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resseq 278:300)A278 - 300
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resseq 29:61)B29 - 61
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resseq 62:136)B62 - 136
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resseq 137:148)B137 - 148
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resseq 149:192)B149 - 192
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resseq 193:248)B193 - 248
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resseq 249:300)B249 - 300
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resseq 29:47)C29 - 47
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resseq 48:92)C48 - 92
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resseq 93:124)C93 - 124
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resseq 125:211)C125 - 211
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resseq 212:277)C212 - 277
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resseq 278:300)C278 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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