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万見
- PDB-4dg4: Human mesotrypsin-S39Y complexed with bovine pancreatic trypsin i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dg4
タイトルHuman mesotrypsin-S39Y complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor (BPTI)
要素
  • PRSS3 protein
  • Pancreatic trypsin inhibitor
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Human mesotrypsin / canonical inhibitor / BPTI / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin ...Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / zymogen activation / Antimicrobial peptides / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / trypsin / endothelial cell migration / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type peptidase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / tertiary granule lumen / protease binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily ...: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / : / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pancreatic trypsin inhibitor / Trypsin-3 / trypsin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Salameh, M.A. / Soares, A.S. / Radisky, E.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Presence versus absence of hydrogen bond donor Tyr-39 influences interactions of cationic trypsin and mesotrypsin with protein protease inhibitors.
著者: Salameh, M.A. / Soares, A.S. / Alloy, A. / Radisky, E.S.
履歴
登録2012年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22014年11月26日Group: Structure summary
改定 1.32018年1月24日Group: Advisory / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRSS3 protein
E: Pancreatic trypsin inhibitor
B: PRSS3 protein
C: Pancreatic trypsin inhibitor
D: PRSS3 protein
F: Pancreatic trypsin inhibitor
G: PRSS3 protein
H: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,79033
ポリマ－123,4448
非ポリマー2,34625
水23,6901315
1
A: PRSS3 protein
E: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3828
ポリマ－30,8612
非ポリマー5206
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
2
B: PRSS3 protein
C: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2456
ポリマ－30,8612
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area12330 Å2
手法PISA
3
D: PRSS3 protein
F: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3417
ポリマ－30,8612
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area12370 Å2
手法PISA
4
G: PRSS3 protein
H: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,82212
ポリマ－30,8612
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.529, 109.949, 81.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PRSS3 protein


分子量: 24333.553 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 28-251 / 変異: S195A, S39Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRSS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N2U3, UniProt: P35030*PLUS, trypsin
#2: タンパク質
Pancreatic trypsin inhibitor / Aprotinin / Basic protease inhibitor / BPI / BPTI


分子量: 6527.568 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 36-93 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P00974
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.4→30.2 Å / Num. all: 174069 / Num. obs: 172055 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 14.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-3000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→30.2 Å / σ(F): 1.5
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2114 2014 random
Rwork0.166 --
obs0.166 172055 -
all-174074 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→30.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8642 0 121 1315 10078

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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