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- PDB-4df3: Crystal Structure of Aeropyrum pernix fibrillarin in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4df3
タイトルCrystal Structure of Aeropyrum pernix fibrillarin in complex with natively bound S-adenosyl-L-methionine at 1.7A
要素Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NADP Rossmann Superfamily / methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine (SAM) binding / nucleolus
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / histone H2AQ104 methyltransferase activity / tRNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / RNA binding
類似検索 - 分子機能
rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / Vaccinia Virus protein VP39 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold ...rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / Vaccinia Virus protein VP39 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者de Silva, U.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Structure of Aeropyrum pernix fibrillarin in complex with natively bound S-adenosyl-L-methionine at 1.7 A resolution.
著者: de Silva, U. / Zhou, Z. / Brown, B.A.
履歴
登録2012年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
B: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1954
ポリマ－53,3982
非ポリマー7972
水6,017334
1
A: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0972
ポリマ－26,6991
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0972
ポリマ－26,6991
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.639, 52.087, 63.030
Angle α, β, γ (deg.)66.28, 84.55, 77.61
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase


分子量: 26698.832 Da / 分子数: 2 / 変異: R8S, E9R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 遺伝子: flpA, APE_2196 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y9U3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20mM Tris.HCL pH8, 150mM NaCl, 200mM Imidazole, 20mM Tris.HCl pH7, 5% Isopropanol, 10% PEG 4000, pH 6.5, Vapor DIffusion, Sitting Drop, temperature 296.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→46.78 Å / Num. obs: 47059 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 0.189

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
CNS精密化
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→46.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 2.608 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2335 2163 5.1 %RANDOM
Rwork0.1871 ---
obs0.18954 40488 90.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.715 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0.06 Å2
2---0.09 Å20.08 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→46.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3694 0 54 334 4082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223824
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9071.9855170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3335458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.39221.739184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.02715662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4151550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3761.52288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.31823686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5931536
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6494.51484
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 94 -
Rwork0.357 1635 -
obs--49.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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