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- PDB-4dex: Crystal structure of the Voltage Dependent Calcium Channel beta-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dex
タイトルCrystal structure of the Voltage Dependent Calcium Channel beta-2 Subunit in Complex With The CaV2.2 I-II Linker.
要素
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
  • Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MAGUK / Voltage Dependent Calcium Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / high voltage-gated calcium channel activity / photoreceptor ribbon synapse / L-type voltage-gated calcium channel complex / neurotransmitter secretion / positive regulation of calcium ion transport ...regulation of calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / high voltage-gated calcium channel activity / photoreceptor ribbon synapse / L-type voltage-gated calcium channel complex / neurotransmitter secretion / positive regulation of calcium ion transport / calcium ion import / voltage-gated calcium channel complex / positive regulation of neurotransmitter secretion / optic nerve development / response to pain / regulation of heart contraction / response to testosterone / regulation of heart rate by cardiac conduction / response to amyloid-beta / presynaptic active zone / calcium ion import across plasma membrane / regulation of calcium ion transport / voltage-gated calcium channel activity / axon terminus / visual perception / dendritic shaft / protein phosphatase 2A binding / establishment of localization in cell / locomotory behavior / modulation of chemical synaptic transmission / : / Schaffer collateral - CA1 synapse / calcium ion transmembrane transport / regulation of blood pressure / calcium ion transport / actin filament binding / presynapse / chemical synaptic transmission / response to ethanol / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / glutamatergic synapse / protein-containing complex / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2500 / Voltage-dependent calcium channel, N-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2500 / Voltage-dependent calcium channel, N-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / : / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Voltage-dependent channel domain superfamily / Helix non-globular / Special / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2 / Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Almagor, L. / Hirsch, J.A.
引用ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2012
タイトル: The role of a voltage-dependent Ca2+ channel intracellular linker: a structure-function analysis.
著者: Almagor, L. / Chomsky-Hecht, O. / Ben-Mocha, A. / Hendin-Barak, D. / Dascal, N. / Hirsch, J.A.
履歴
登録2012年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
B: Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5442
ポリマ－51,5442
非ポリマー00
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.908, 68.661, 79.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2 / CAB2 / Calcium channel voltage-dependent subunit beta 2


分子量: 38425.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CACNB2, CACNLB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54288
#2: タンパク質 Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B / Brain calcium channel III / BIII / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide isoform 5 / ...Brain calcium channel III / BIII / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide isoform 5 / Voltage-gated calcium channel subunit alpha Cav2.2


分子量: 13118.750 Da / 分子数: 1 / Fragment: Intracellular I-II linker / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cach5, Cacna1b, Cacnl1a5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02294
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS FROM UNP P54288, ISOFORM 2A. RESIDUES 138-141 IN THE COORDINATES ...THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS FROM UNP P54288, ISOFORM 2A. RESIDUES 138-141 IN THE COORDINATES WERE INTRODUCED INTO THE PROTEIN. THEY REPLACE RESIDUES 138-202 FROM THE NATIVE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.935.24
2
3
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2921蒸気拡散法80.1 M NaCl, 0.1 M Bicine, 23-26% PEG 400 , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
2922蒸気拡散法80.1 M NaCl, 0.1 M Bicine, 23-26% PEG 400 Soaked with NaBr before freezing, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
2923蒸気拡散法80.1 M NaCl, 0.1 M Bicine, 23-26% PEG 400 Soaked with NaBr before freezing, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
31003
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-210.873
シンクロトロンESRF BM1420.918
シンクロトロンESRF BM1430.918
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2006年4月2日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2006年4月1日
MARMOSAIC 225 mm CCD3CCD2006年4月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1horizontally side diffracting Silicon 111 crystal (fixed wavelength)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8731
20.9181
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 26222 / Num. obs: 26222 / % possible obs: 90.1 %
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.070.4211.71,2,353.6
2.4-2.490.2392.91,2,355.1
2.4-2.490.2272.81,2,351.2

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.2_869) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→27.313 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.65 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 1236 5.19 %RANDOM
Rwork0.1975 ---
obs0.1996 23818 90.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.052 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5628 Å20 Å2-0.2462 Å2
2---2.1694 Å2-0 Å2
3---1.6066 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.313 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2664 0 0 162 2826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0323670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7281035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004479
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.08010.2762900.26751493X-RAY DIFFRACTION55
2.0801-2.17470.2705990.24212199X-RAY DIFFRACTION79
2.1747-2.28930.28981370.23492512X-RAY DIFFRACTION91
2.2893-2.43270.25541290.21832608X-RAY DIFFRACTION95
2.4327-2.62040.241590.20652691X-RAY DIFFRACTION98
2.6204-2.88380.26511650.20412732X-RAY DIFFRACTION100
2.8838-3.30050.21981450.19382763X-RAY DIFFRACTION100
3.3005-4.15590.25221560.17922761X-RAY DIFFRACTION100
4.1559-27.3160.21191560.19082823X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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