[日本語] English
万見
- PDB-4ddz: Crystal structure of glucosyl-3-phosphoglycerate synthase from My... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ddz
タイトルCrystal structure of glucosyl-3-phosphoglycerate synthase from Mycobacterium tuberculosis
要素GLUCOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE SYNTHASE (GpgS)
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / hexosyltransferase activity / glycosyltransferase activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Albesa-Jove, D. / Urresti, S. / Gest, P.M. / van der Woerd, M. / Jackson, M. / Guerin, M.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Mechanistic insights into the retaining glucosyl-3-phosphoglycerate synthase from mycobacteria.
著者: Urresti, S. / Albesa-Jove, D. / Schaeffer, F. / Pham, H.T. / Kaur, D. / Gest, P. / van der Woerd, M.J. / Carreras-Gonzalez, A. / Lopez-Fernandez, S. / Alzari, P.M. / Brennan, P.J. / Jackson, M. / Guerin, M.E.
履歴
登録2012年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GLUCOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE SYNTHASE (GpgS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7673
ポリマ－36,5831
非ポリマー1842
水1,09961
1
A: GLUCOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE SYNTHASE (GpgS)
ヘテロ分子

A: GLUCOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE SYNTHASE (GpgS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5346
ポリマ－73,1652
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.850, 98.850, 127.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-543-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 GLUCOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE SYNTHASE (GpgS)


分子量: 36582.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: gpgS, MT1246, Rv1208 / プラスミド: pET28a-gpgS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: O05309, UniProt: P9WMW9*PLUS, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1 mM MgCl2, 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM trisodium citrate, 30%(v/v) 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月22日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→41.77 Å / Num. obs: 37009 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 49.73 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1855

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→34.949 Å / SU ML: 0.82 / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2457 1902 5.14 %RANDOM
Rwork0.2147 ---
obs0.2163 37009 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.48 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.2223 Å20 Å2-0 Å2
2--10.2223 Å20 Å2
3----20.4445 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→34.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2055 0 12 61 2128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0162196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4293005
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.962798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6002-2.66520.34961290.3382408X-RAY DIFFRACTION100
2.6652-2.73720.40051580.33732522X-RAY DIFFRACTION100
2.7372-2.81770.31881040.27082513X-RAY DIFFRACTION100
2.8177-2.90870.24961350.24912584X-RAY DIFFRACTION100
2.9087-3.01260.25371200.24532514X-RAY DIFFRACTION100
3.0126-3.13310.29061510.23572512X-RAY DIFFRACTION100
3.1331-3.27560.27151120.23452486X-RAY DIFFRACTION100
3.2756-3.44810.28971500.22332511X-RAY DIFFRACTION100
3.4481-3.6640.25271510.20962514X-RAY DIFFRACTION100
3.664-3.94650.22221670.20822505X-RAY DIFFRACTION100
3.9465-4.3430.23111400.1922488X-RAY DIFFRACTION100
4.343-4.96990.19331400.16722510X-RAY DIFFRACTION100
4.9699-6.25570.26631380.20282517X-RAY DIFFRACTION100
6.2557-34.95190.19971070.20032523X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る