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- PDB-4d9s: Crystal structure of Arabidopsis thaliana UVR8 (UV Resistance locus 8) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d9s
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana UVR8 (UV Resistance locus 8)
要素UVB-resistance protein UVR8
キーワードchromatin-binding protein / UV resistance / UV-B photoreceptor / tryptophan chromophores / homodimer / COP1
機能・相同性
機能・相同性情報


entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding ...entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / RCC1-like domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ultraviolet-B receptor UVR8
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Arvai, A.S. / Christie, J.M. / Pratt, A.J. / Hitomi, K. / Getzoff, E.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Plant UVR8 Photoreceptor Senses UV-B by Tryptophan-Mediated Disruption of Cross-Dimer Salt Bridges.
著者: Christie, J.M. / Arvai, A.S. / Baxter, K.J. / Heilmann, M. / Pratt, A.J. / O'Hara, A. / Kelly, S.M. / Hothorn, M. / Smith, B.O. / Hitomi, K. / Jenkins, G.I. / Getzoff, E.D.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UVB-resistance protein UVR8
B: UVB-resistance protein UVR8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1022
ポリマ－87,1022
非ポリマー00
水15,889882
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: UVB-resistance protein UVR8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5511
ポリマ－43,5511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: UVB-resistance protein UVR8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5511
ポリマ－43,5511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.117, 51.511, 97.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit is the biological unit

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要素

#1: タンパク質 UVB-resistance protein UVR8 / AT5g63860/MGI19_6U / At5g63860/MGI19_6 / Protein UV-B resistance 8


分子量: 43551.238 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-405 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: UVR8, At5g63860, AT5G63860 / プラスミド: pMH-HSsumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FN03
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: MPEG 2K, NACL, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月9日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 72086 / Num. obs: 73086 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KCI

3kci


解像度: 1.701→49.421 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1939 1874 2.77 %RANDOM
Rwork0.1596 ---
obs0.1605 67573 93.38 %-
all-72086 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.819 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.9562 Å20 Å26.3734 Å2
2---6.2171 Å20 Å2
3---9.1733 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→49.421 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5779 0 0 882 6661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9868019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8532076
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041054
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7012-1.74720.34131210.25994249X-RAY DIFFRACTION79
1.7472-1.79860.2851300.23054516X-RAY DIFFRACTION84
1.7986-1.85670.31231330.2144699X-RAY DIFFRACTION87
1.8567-1.9230.22851370.18714794X-RAY DIFFRACTION89
1.923-20.21451450.17284984X-RAY DIFFRACTION93
2-2.0910.19151420.16585130X-RAY DIFFRACTION95
2.091-2.20130.19211520.15585212X-RAY DIFFRACTION96
2.2013-2.33920.20261460.15015226X-RAY DIFFRACTION96
2.3392-2.51980.19871500.1575216X-RAY DIFFRACTION97
2.5198-2.77340.1751490.15765286X-RAY DIFFRACTION98
2.7734-3.17460.21451540.15855355X-RAY DIFFRACTION99
3.1746-3.99940.14551550.13075459X-RAY DIFFRACTION100
3.9994-49.44140.15811600.14045573X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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