PDB-4d9o: Structure of ebolavirus protein VP24 from Reston

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d9o

タイトル

Structure of ebolavirus protein VP24 from Reston

要素

Membrane-associated protein VP24

キーワード

VIRAL PROTEIN / ebolavirus / interferon antagonist / VP24 / STAT1 / Zaire / Sudan / Reston / VP35 / karyopherin alpha / IFN response pathway

機能・相同性

Filovirus membrane-associated VP24 / Filovirus membrane-associated protein VP24 / host cell endomembrane system / virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / Membrane-associated protein VP24

機能・相同性情報

生物種

Reston ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhang, A.P.P.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: The ebola virus interferon antagonist VP24 directly binds STAT1 and has a novel, pyramidal fold
著者: Zhang, A.P.P. / Bornholdt, Z.A. / Liu, T. / Abelson, D.M. / Lee, D.E. / Li, S. / Woods Jr., V.L. / Saphire, E.O.

履歴

登録	2012年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d9o.cif.gz	174.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d9o.ent.gz	139 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d9o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d9o_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d9o_full_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示
XML形式データ	4d9o_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	4d9o_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/4d9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/4d9o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vneC 3vnfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wqx-1 3vnf-2 3u73-d 6e12-d 1o6u-2 6i6p-d 1lkm-1 6trs-1 5h9y-d 2imd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Membrane-associated protein VP24

B: Membrane-associated protein VP24

53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.438, 103.890, 59.773
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.940, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Membrane-associated protein VP24 分子量: 26723.889 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 11-231 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Reston ebolavirus (エボラウイルス) 株: Reston / 遺伝子: VP24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91DD5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, 0.2M NaCl, 8% PEG3350, 14%(w/v) D-(+)-sucrose, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月19日
放射	モノクロメーター: liquid nitrogen cooled dual crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 31535 / Num. obs: 31125 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 34.32 Å² / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	最高解像度: 2 Å / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→31.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8156 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2267	1870	6.37 %	random
R_work	0.1864	-	-	-
all	0.189	31772	-	-
obs	0.189	29379	92.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.148 Å² / k_sol: 0.309 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 275.57 Å² / B_iso mean: 56.5142 Å² / B_iso min: 17.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5504 Å²	-0 Å²	7.9797 Å²
2-	-	-4.3236 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.874 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→31.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3139	0	0	108	3247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	3397
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.047	4383
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	529
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	540
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.083	1175

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.997-2.0684	0.3173	164	0.2774	2297	2461	78
2.0684-2.1512	0.3257	183	0.2476	2563	2746	86
2.1512-2.249	0.2628	163	0.2393	2586	2749	88
2.249-2.3676	0.278	185	0.2188	2648	2833	89
2.3676-2.5158	0.2386	198	0.1936	2784	2982	94
2.5158-2.71	0.2318	186	0.1856	2864	3050	96
2.71-2.9825	0.2693	188	0.202	2894	3082	97
2.9825-3.4136	0.2441	198	0.1944	2906	3104	99
3.4136-4.2991	0.2193	202	0.1686	2975	3177	99
4.2991-31.2956	0.1752	203	0.1624	2992	3195	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4671	-0.2935	0.34	3.7577	1.3464	1.718	-0.0312	-0.0451	0.1598	0.2659	0.112	-0.3005	0.1532	-0.0554	-0.0861	0.1471	0.0304	-0.0495	0.1485	0.0153	0.2181	40.9341	15.1016	5.6582
2	1.1583	-0.0479	0.2378	1.9673	1.5601	1.7769	-0.0363	-0.0433	0.3088	-0.0671	0.0228	0.0213	-0.139	-0.026	0.0004	0.061	0.013	-0.0003	0.0304	0.0001	0.1005	36.9456	21.8112	3.3337
3	2.5436	0.7462	0.262	1.5509	0.8211	2.3757	-0.137	0.4163	-0.096	-0.1829	0.1501	-0.0331	-0.0066	-0.4503	-0.0118	0.1702	-0.0521	0.0308	0.2981	-0.0251	0.1884	28.7447	1.6753	-22.0456
4	3.4171	0.5744	-0.2372	1.2606	1.5795	2.3236	-0.1832	0.7371	-0.3047	-0.1789	0.2241	-0.3189	-0.1531	0.0833	-0.0701	0.1767	-0.0441	0.0698	0.238	-0.0647	0.1903	35.9123	2.3057	-23.9451

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 10:134)	A	10 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 135:231)	A	135 - 231
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 15:113)	B	15 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 114:231)	B	114 - 231

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関連情報:EMDBヘッダ

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