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- PDB-5h9y: Crystal structure of GH family 64 laminaripentaose-producing beta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h9y
タイトルCrystal structure of GH family 64 laminaripentaose-producing beta-1,3-glucanase from Paenibacillus barengoltzii complexed with laminarihexaose.
要素beta-1,3-glucanase
キーワードHYDROLASE / beta-1 / 3-glucan recognition / glycoside hydrolase family 64 / 3-glucanase / GH64-TLP-SF superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Beta-1,3-glucanase, N-terminal, subdomain 2 / Beta-1,3-glucanase, N-terminal / Glucan endo-1,3-beta-glucosidase / Beta-1,3-glucanase / Glycosyl hydrolases family 64 (GH64) domain profile. / : / Carbohydrate binding module family 56 / CBM56 (carbohydrate binding type-56) domain profile. / Osmotin/thaumatin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Beta-1,3-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus barengoltzii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.969 Å
データ登録者Zhen, Q. / Yan, Q. / Yang, S. / Jiang, Z. / You, X.
引用ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2017
タイトル: The recognition mechanism of triple-helical beta-1,3-glucan by a beta-1,3-glucanase
著者: Qin, Z. / Yang, D. / You, X. / Liu, Y. / Hu, S. / Yan, Q. / Yang, S. / Jiang, Z.
履歴
登録2015年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6634
ポリマ－49,0181
非ポリマー1,6453
水9,476526
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.561, 65.191, 61.426
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 beta-1,3-glucanase


分子量: 49017.820 Da / 分子数: 1 / 変異: E236A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus barengoltzii (バクテリア)
株: CAU904 / プラスミド: pET28A
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1S4NYE2*PLUS, glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS KU363233 FOR THIS SEQUENCE. The SEQUENCE HAS A ...AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS KU363233 FOR THIS SEQUENCE. The SEQUENCE HAS A MUTATION, E236A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Se-derivatized PbBgl64A was prepared and concentrated to 15 mg ml-1 in buffer D contain 5 mM DL-Dithiothreitol (DTT), and optimized crystals were grown in drops containing 2 microliter of ...詳細: Se-derivatized PbBgl64A was prepared and concentrated to 15 mg ml-1 in buffer D contain 5 mM DL-Dithiothreitol (DTT), and optimized crystals were grown in drops containing 2 microliter of protein solution and 0.5 microliter of reservoir solution (14mM sodium cholate, 1.1M di-Ammonium Tartrate pH 7.0) at 293 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.0093 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0093 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.969→28.27 Å / Num. obs: 33814 / % possible obs: 93.45 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 11.21
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.41 / % possible all: 64.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H9X

5h9x


解像度: 1.969→28.27 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1966 2007 5.94 %
Rwork0.1673 --
obs0.1691 33814 93.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.969→28.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3231 0 111 526 3868
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1264707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4831162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9691-2.01830.2319930.19441484X-RAY DIFFRACTION31
2.0183-2.07290.23861140.1891800X-RAY DIFFRACTION38
2.0729-2.13380.23191260.1872006X-RAY DIFFRACTION42
2.1338-2.20270.23851410.20062232X-RAY DIFFRACTION47
2.2027-2.28140.30661480.26482343X-RAY DIFFRACTION50
2.2814-2.37270.23481510.19252417X-RAY DIFFRACTION51
2.3727-2.48060.24241520.1972408X-RAY DIFFRACTION51
2.4806-2.61130.23781520.1852408X-RAY DIFFRACTION51
2.6113-2.77480.21121540.18952434X-RAY DIFFRACTION51
2.7748-2.98880.1931530.17922427X-RAY DIFFRACTION51
2.9888-3.28920.19731520.16532423X-RAY DIFFRACTION51
3.2892-3.76420.17491530.14562422X-RAY DIFFRACTION51
3.7642-4.73880.14291550.12592460X-RAY DIFFRACTION52
4.7388-28.27470.16711630.14532543X-RAY DIFFRACTION54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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