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- PDB-2i9b: Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i9b
タイトルCrystal structure of ATF-urokinase receptor complex
要素
  • Urokinase plasminogen activator surface receptor
  • Urokinase-type plasminogen activator
キーワードHYDROLASE / urokinase receptor / kringle domain / growth factor-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion ...urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of signaling receptor activity / regulation of smooth muscle cell migration / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane / smooth muscle cell migration / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / plasminogen activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / tertiary granule membrane / regulation of proteolysis / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / cell projection / chemotaxis / blood coagulation / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / positive regulation of protein phosphorylation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / protein domain specific binding / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily ...CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Laminin / Laminin / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Urokinase-type plasminogen activator / Urokinase plasminogen activator surface receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Barinka, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural basis of interaction between urokinase-type plasminogen activator and its receptor.
著者: Barinka, C. / Parry, G. / Callahan, J. / Shaw, D.E. / Kuo, A. / Bdeir, K. / Cines, D.B. / Mazar, A. / Lubkowski, J.
履歴
登録2006年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase-type plasminogen activator
B: Urokinase-type plasminogen activator
C: Urokinase-type plasminogen activator
D: Urokinase-type plasminogen activator
E: Urokinase plasminogen activator surface receptor
F: Urokinase plasminogen activator surface receptor
G: Urokinase plasminogen activator surface receptor
H: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,24814
ポリマ－190,0348
非ポリマー2,2146
水93752
1
A: Urokinase-type plasminogen activator
E: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1914
ポリマ－47,5082
非ポリマー6832
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
2
B: Urokinase-type plasminogen activator
F: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1914
ポリマ－47,5082
非ポリマー6832
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
3
C: Urokinase-type plasminogen activator
G: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9333
ポリマ－47,5082
非ポリマー4241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA
4
D: Urokinase-type plasminogen activator
H: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9333
ポリマ－47,5082
非ポリマー4241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.914, 281.921, 62.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13E
23F
14G
24H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSALAALAAA11 - 13213 - 134
21CYSCYSALAALABB11 - 13213 - 134
12CYSCYSALAALACC11 - 13213 - 134
22CYSCYSALAALADD11 - 13213 - 134
13ARGARGASPASPEE2 - 2774 - 279
23ARGARGASPASPFF2 - 2774 - 279
14CYSCYSASPASPGG3 - 2775 - 279
24CYSCYSASPASPHH3 - 2775 - 279

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
詳細The biological unit is a heterodimer of ligand (ATF) and the receptor (uPAR). There are 4 biological units in the asymmetric unit.

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Urokinase-type plasminogen activator


分子量: 16398.461 Da / 分子数: 4 / 断片: ATF, residues 21-163 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAU / プラスミド: pMT/BiP/V5-His
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider's S2 cells / 参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator
#2: タンパク質
Urokinase plasminogen activator surface receptor / uPAR / U- PAR / Monocyte activation antigen Mo3 / CD87 antigen


分子量: 31109.963 Da / 分子数: 4 / 断片: UPAR, residues 23-299 / Mutation: N162Q, N172Q, N200Q, N233Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAUR, MO3, UPAR / プラスミド: pMT/BiP/V5-His
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider's S2 cells / 参照: UniProt: Q03405

-
糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-6DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 54分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 225 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月7日
放射モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 47048 / Num. obs: 47048 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique all: 2636 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 51.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345345DTBデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YWH, 2I9A

1ywh

2i9a


解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 30.164 / SU ML: 0.284 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.398 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26498 1911 4.1 %RANDOM
Rwork0.22194 ---
obs0.22372 44793 91.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.301 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8 Å20 Å22.52 Å2
2---3.9 Å20 Å2
3---1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11696 0 144 52 11892
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02111995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8881.95816250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.87751490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.45924.27548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.196151986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3441580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.21752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.25471
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.38109
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.3725
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2720.38
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.9381.57674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.726211988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it15.95634804
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it18.4744.54262
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A967tight positional0.040.05
2C967tight positional0.030.05
3E1992tight positional0.050.05
4G1854tight positional0.030.05
1A967tight thermal0.150.5
2C967tight thermal0.180.5
3E1992tight thermal0.120.5
4G1854tight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 75 -
Rwork0.352 1656 -
obs--46.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5321-1.5472-0.6661.66580.14940.10320.0855-0.0807-0.0390.090.04610.1111-0.05080.0118-0.1317-0.1527-0.2478-0.08230.03220.0607-0.1433-23.9399141.25142.4007
20.72010.5421-1.66891.6928-1.45263.8976-0.08490.0294-0.10250.07590.03520.1016-0.0787-0.07510.0497-0.11070.1185-0.05550.0316-0.2248-0.1883-24.182239.063142.0771
30.52622.11550.4698.76891.67850.58040.1395-0.05120.01320.2927-0.1254-2.10580.1864-0.0228-0.01410.0345-0.0089-0.04790.0351-0.15331.00411.201187.884336.3959
40.14231.12820.32018.94362.53770.7201-0.137-0.00680.25-2.0903-0.1111-0.3017-0.0147-0.07160.24820.9351-0.1420.22480.0613-0.05040.063-9.055492.42699.8429
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA11 - 13213 - 134
2X-RAY DIFFRACTION1EE3 - 2775 - 279
3X-RAY DIFFRACTION2BB11 - 13213 - 134
4X-RAY DIFFRACTION2FF3 - 2775 - 279
5X-RAY DIFFRACTION3CC11 - 13213 - 134
6X-RAY DIFFRACTION3GG3 - 2775 - 279
7X-RAY DIFFRACTION4DD11 - 13213 - 134
8X-RAY DIFFRACTION4HH3 - 2775 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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