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- PDB-4d9l: Fab structure of anti-HIV-1 gp120 V2 mAb 697 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d9l
タイトルFab structure of anti-HIV-1 gp120 V2 mAb 697
要素
  • Heavy chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
  • Light chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig / antibody / HIV-1 gp120
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IGL@ protein / IGH@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.485 Å
データ登録者Pan, R.M. / Kong, X.P.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2012
タイトル: Functional and immunochemical cross-reactivity of V2-specific monoclonal antibodies from HIV-1-infected individuals.
著者: Gorny, M.K. / Pan, R. / Williams, C. / Wang, X.H. / Volsky, B. / O'Neal, T. / Spurrier, B. / Sampson, J.M. / Li, L. / Seaman, M.S. / Kong, X.P. / Zolla-Pazner, S.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Light chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
H: Heavy chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
M: Light chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
I: Heavy chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
N: Light chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
J: Heavy chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
O: Light chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
K: Heavy chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,3508
ポリマ－185,3508
非ポリマー00
水10,863603
1
L: Light chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
H: Heavy chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3382
ポリマ－46,3382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
2
M: Light chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
I: Heavy chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3382
ポリマ－46,3382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
3
N: Light chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
J: Heavy chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3382
ポリマ－46,3382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
4
O: Light chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697
K: Heavy chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3382
ポリマ－46,3382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.322, 82.460, 93.212
Angle α, β, γ (deg.)82.12, 70.41, 86.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: 抗体
Light chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697


分子量: 22756.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX4
#2: 抗体
Heavy chain of Fab fragment of anti-HIV1 gp120 V2 mAb 697


分子量: 23581.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18% polyethylene glycol 8000 and 0.1 M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0333 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.485→47.267 Å / Num. all: 66449 / Num. obs: 65386 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.485→2.54 Å / 冗長度: 2.7 % / Num. unique all: 3182 / Rsym value: 0.608 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G75

2g75


解像度: 2.485→47.267 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2376 3309 5.06 %Random
Rwork0.1765 ---
obs0.1796 65360 97.68 %-
all-66912 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.669 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4488 Å20.3637 Å20.3903 Å2
2--0.9391 Å20.749 Å2
3----0.4903 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.485→47.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12951 0 0 603 13554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25518120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2534696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0822065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.485-2.52050.36161230.28942132X-RAY DIFFRACTION79
2.5205-2.55820.35151230.2782509X-RAY DIFFRACTION96
2.5582-2.59810.35651230.27892637X-RAY DIFFRACTION97
2.5981-2.64070.33431430.24262597X-RAY DIFFRACTION98
2.6407-2.68620.3091400.23062547X-RAY DIFFRACTION98
2.6862-2.73510.31331330.21822650X-RAY DIFFRACTION98
2.7351-2.78770.30021390.22052546X-RAY DIFFRACTION98
2.7877-2.84460.30231510.21092609X-RAY DIFFRACTION98
2.8446-2.90640.24641450.18772585X-RAY DIFFRACTION98
2.9064-2.9740.27651400.17432615X-RAY DIFFRACTION98
2.974-3.04840.2511250.17642608X-RAY DIFFRACTION98
3.0484-3.13080.24571500.18472568X-RAY DIFFRACTION98
3.1308-3.22290.26491310.18492632X-RAY DIFFRACTION99
3.2229-3.32690.25291510.17722582X-RAY DIFFRACTION99
3.3269-3.44580.24081420.17182642X-RAY DIFFRACTION99
3.4458-3.58370.22161370.16772657X-RAY DIFFRACTION99
3.5837-3.74670.21421300.15922564X-RAY DIFFRACTION99
3.7467-3.94420.2021590.15152609X-RAY DIFFRACTION99
3.9442-4.19110.23071220.14832615X-RAY DIFFRACTION99
4.1911-4.51450.19681550.1422629X-RAY DIFFRACTION99
4.5145-4.96840.18911330.13192612X-RAY DIFFRACTION99
4.9684-5.68630.19361410.15292652X-RAY DIFFRACTION99
5.6863-7.16010.23141290.19012631X-RAY DIFFRACTION100
7.1601-47.27570.18851440.17682623X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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