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- PDB-4d5y: Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d5y
タイトルCryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state
要素
  • (60S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 43
  • 28S Ribosomal RNA
  • 5.8S Ribosomal RNA
  • 5S Ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / CRPV IRES / TERMINATION / RELEASE FACTORS
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal Proteins L2, RNA binding N-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L2 ...Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal Proteins L2, RNA binding N-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L2 / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL2
類似検索 - 構成要素
生物種ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者Muhs, M. / Hilal, T. / Mielke, T. / Skabkin, M.A. / Sanbonmatsu, K.Y. / Pestova, T.V. / Spahn, C.M.T.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015
タイトル: Cryo-EM of ribosomal 80S complexes with termination factors reveals the translocated cricket paralysis virus IRES.
著者: Margarita Muhs / Tarek Hilal / Thorsten Mielke / Maxim A Skabkin / Karissa Y Sanbonmatsu / Tatyana V Pestova / Christian M T Spahn /
要旨: The cricket paralysis virus (CrPV) uses an internal ribosomal entry site (IRES) to hijack the ribosome. In a remarkable RNA-based mechanism involving neither initiation factor nor initiator tRNA, the ...The cricket paralysis virus (CrPV) uses an internal ribosomal entry site (IRES) to hijack the ribosome. In a remarkable RNA-based mechanism involving neither initiation factor nor initiator tRNA, the CrPV IRES jumpstarts translation in the elongation phase from the ribosomal A site. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) maps of 80S⋅CrPV-STOP ⋅ eRF1 ⋅ eRF3 ⋅ GMPPNP and 80S⋅CrPV-STOP ⋅ eRF1 complexes, revealing a previously unseen binding state of the IRES and directly rationalizing that an eEF2-dependent translocation of the IRES is required to allow the first A-site occupation. During this unusual translocation event, the IRES undergoes a pronounced conformational change to a more stretched conformation. At the same time, our structural analysis provides information about the binding modes of eRF1 ⋅ eRF3 ⋅ GMPPNP and eRF1 in a minimal system. It shows that neither eRF3 nor ABCE1 are required for the active conformation of eRF1 at the intersection between eukaryotic termination and recycling.
履歴
登録2014年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Source and taxonomy
改定 2.02017年8月23日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_formal_charge / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 2.12019年10月30日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
改定 2.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 2.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_sheet.number_strands
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2810
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2810
  • + PDB-4d5l, PDB-4d5n
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL2
B: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL3
C: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL4
D: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL18
E: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL6
F: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL30
G: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL8
H: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL6
I: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL16
J: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL5
L: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL13
M: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL14
N: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL15
O: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL13
P: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL22
Q: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL18
R: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL19
S: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL20
T: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL21
U: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL22
V: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL14
W: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL24
X: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL23
Y: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL24
Z: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL27
a: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL15
b: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL29
c: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL30
d: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL31
e: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL32
f: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL33
g: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL34
h: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL29
i: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL36
j: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL37
k: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL38
l: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL39
m: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL40
n: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL41
o: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL44
p: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL43
t: 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL28
u: 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL1
2: 28S Ribosomal RNA
3: 5.8S Ribosomal RNA
4: 5S Ribosomal RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,578,72846
ポリマ－2,578,72846
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 43種, 43分子 ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZabcde...

#1: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#2: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL3


分子量: 46211.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#3: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#4: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#5: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL6


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#6: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL30


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#7: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL8


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#8: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#9: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL16


分子量: 24657.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#10: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#11: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL13


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#12: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL14


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#13: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#14: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL13


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#15: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL22


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#16: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#17: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#18: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#19: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#20: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#21: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#22: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#23: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#24: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#25: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#26: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#27: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL29


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#28: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#29: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#30: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#31: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#32: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#33: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#34: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#35: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#36: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#37: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#38: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL40


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#39: タンパク質・ペプチド 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#40: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL44


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#41: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#42: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#43: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL1


分子量: 23174.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 234

#44: RNA鎖 28S Ribosomal RNA


分子量: 1625917.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#45: RNA鎖 5.8S Ribosomal RNA


分子量: 62616.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#46: RNA鎖 5S Ribosomal RNA


分子量: 38385.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細4D5Y B 1 403 UNP P39023 RL3_HUMAN 1 403 4D5Y C 1 427 UNP P36578 RL4_HUMAN 1 427 4D5Y D 1 297 UNP ...4D5Y B 1 403 UNP P39023 RL3_HUMAN 1 403 4D5Y C 1 427 UNP P36578 RL4_HUMAN 1 427 4D5Y D 1 297 UNP P46777 RL5_HUMAN 1 297 4D5Y E 1 288 UNP Q02878 RL6_HUMAN 1 288 4D5Y F 1 248 UNP P18124 RL7_HUMAN 1 248 4D5Y G 1 266 UNP P62424 RL7A_HUMAN 1 266 4D5Y H 1 192 UNP P32969 RL9_HUMAN 1 192 4D5Y I 1 214 UNP P27635 RL10_HUMAN 1 214 4D5Y J 1 178 UNP P62913 RL11_HUMAN 1 178 4D5Y L 1 211 UNP P26373 RL13_HUMAN 1 211 4D5Y M 1 215 UNP P50914 RL14_HUMAN 1 215 4D5Y N 1 204 UNP P61313 RL15_HUMAN 1 204 4D5Y O 1 203 UNP P40429 RL13A_HUMAN 1 203 4D5Y P 1 184 UNP P18621 RL17_HUMAN 1 184 4D5Y Q 1 188 UNP Q07020 RL18_HUMAN 1 188 4D5Y R 1 196 UNP P84098 RL19_HUMAN 1 196 4D5Y S 1 176 UNP Q02543 RL18A_HUMAN 1 176 4D5Y T 1 160 UNP P46778 RL21_HUMAN 1 160 4D5Y U 1 128 UNP P35268 RL22_HUMAN 1 128 4D5Y V 1 140 UNP P62829 RL23_HUMAN 1 140 4D5Y W 1 157 UNP P83731 RL24_HUMAN 1 157 4D5Y X 1 156 UNP P62750 RL23A_HUMAN 1 156 4D5Y Y 1 145 UNP P61254 RL26_HUMAN 1 145 4D5Y Z 1 136 UNP P61353 RL27_HUMAN 1 136 4D5Y a 1 159 UNP P46776 RL27A_HUMAN 1 159 4D5Y b 1 159 UNP P47914 RL29_HUMAN 1 159 4D5Y c 1 115 UNP P62888 RL30_HUMAN 1 115 4D5Y d 1 125 UNP P62899 RL31_HUMAN 1 125 4D5Y e 1 135 UNP P62910 RL32_HUMAN 1 135 4D5Y f 1 110 UNP P18077 RL35A_HUMAN 1 110 4D5Y g 1 117 UNP P49207 RL34_HUMAN 1 117 4D5Y h 1 123 UNP P42766 RL35_HUMAN 1 123 4D5Y i 1 105 UNP Q9Y3U8 RL36_HUMAN 1 105 4D5Y j 1 97 UNP P61927 RL37_HUMAN 1 97 4D5Y k 1 70 UNP P63173 RL38_HUMAN 1 70 4D5Y l 1 51 UNP P62891 RL39_HUMAN 1 51 4D5Y m 1 128 UNP P62987 RL40_HUMAN 1 128 4D5Y o 1 106 UNP P83881 RL36A_HUMAN 1 106 4D5Y p 1 92 UNP P61513 RL37A_HUMAN 1 92 4D5Y t 1 137 UNP P46779 RL28_HUMAN 1 137 DBREF1 4D5Y u 1 210 UNP A0A087WNH5 DBREF2 4D5Y u A0A087WNH5_RABIT 1 210

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: CRICKET PARALYSIS VIRUS IRES RNA BOUND TO MAMMALIAN 80S RIBOSOME AND ERF1
タイプ: RIBOSOME / 詳細: MICROGRAPHS SELECTED FOR ASTIGMATISM AND DRIFT
緩衝液名称: 20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 2.5 MM MGCL2, 0.5 MM GTP
pH: 7.5
詳細: 20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 2.5 MM MGCL2, 0.5 MM GTP
試料濃度: 1.38 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2012年4月17日 / 詳細: IMAGES SELECTED FOR ASTIGMATISM AND DRIFT
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 39000 X / 倍率（補正後）: 65520 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 77 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 366
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2SPARX３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: DEFOCUS GROUPS
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: MULTI-REFERENCE TEMPLATE MATCHING / 解像度: 9 Å / 粒子像の数: 109596 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.56 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.56 Å
倍率補正: CROSS- -CORRELATION DENSITIES WITH REFERENCE STRUCTURE
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY
原子モデル構築PDB-ID: 4CXD

4cxd
PDB 未公開エントリ


Accession code: 4CXD / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53135 0 0 0 53135

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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