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- PDB-4d3l: SeMet structure of a novel carbohydrate binding module from glyco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d3l
タイトルSeMet structure of a novel carbohydrate binding module from glycoside hydrolase family 9 (Cel9A) from Ruminococcus flavefaciens FD-1 in the orthorhombic form
要素CARBOHYDRATE BINDING MODULE
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CARBOHYDRATE BINDING MODULE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 9 / CEL9A / CELLULOSOME / RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS FD-1
機能・相同性Domain of unknown function DUF5620 / Domain of unknown function (DUF5620) / (3S)-3-HYDROXYHEPTANEDIOIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carbohydrate binding module
機能・相同性情報
生物種RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Venditto, I. / Goyal, A. / Thompson, A. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Complexity of the Ruminococcus Flavefaciens Cellulosome Reflects an Expansion in Glycan Recognition.
著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / ...著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / Henrissat, B. / Knox, J.P. / Basle, A. / Najmudin, S. / Gilbert, H.J. / Willats, W.G.T. / Fontes, C.M.G.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Studies of a Novel, Non-Catalytic Carbohydrate- Binding Module from Ruminococcus Flavefaciens Cellulosome.
著者: Venditto, I. / Goyal, A. / Thompson, A. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
履歴
登録2014年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22016年7月13日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
B: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
C: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,88612
ポリマ－46,4123
非ポリマー1,4749
水4,234235
1
A: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2304
ポリマ－15,4711
非ポリマー7593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7094
ポリマ－15,4711
非ポリマー2383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9474
ポリマ－15,4711
非ポリマー4773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.302, 103.345, 109.067
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2040-

HOH

21A-2057-

HOH

31B-2004-

HOH

41B-2045-

HOH

51C-2004-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 CARBOHYDRATE BINDING MODULE


分子量: 15470.633 Da / 分子数: 3 / 断片: CARBOHYDRATE BINDING MODULE, RESIDUES 492-629 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENO-METHIONINE DERIVATIVE
由来: (組換発現) RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS (バクテリア)
株: FD-1 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: A0A140UH31*PLUS

-
非ポリマー , 9種, 244分子

#2: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-HHD / (3S)-3-HYDROXYHEPTANEDIOIC ACID


分子量: 176.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12O5
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細NONAETHYLENE GLYCOL (2PE): ARTEFACT FROM EXPRESSION, PURIFICATION OR CRYSTALLISATION. BASED PURELY ...NONAETHYLENE GLYCOL (2PE): ARTEFACT FROM EXPRESSION, PURIFICATION OR CRYSTALLISATION. BASED PURELY ON ELECTRON DENSITY. DI(HYDROXYETHYL)ETHER (PEG): ARTEFACT FROM EXPRESSION, PURIFICATION OR CRYSTALLISATION. BASED PURELY ON ELECTRON DENSITY. TETRAETHYLENE GLYCOL (PG4): ARTEFACT FROM EXPRESSION, PURIFICATION OR CRYSTALLISATION. BASED PURELY ON ELECTRON DENSITY. HEXAETHYLENE GLYCOL (P6G): ARTEFACT FROM EXPRESSION, PURIFICATION OR CRYSTALLISATION. BASED PURELY ON ELECTRON DENSITY. CALCIUM ION (CA): POSSIBLY FROM STORAGE BUFFER. 3-HYDROXY-HEXANEDIOIC ACID (HHD): ARTEFACT FROM EXPRESSION, PURIFICATION OR CRYSTALLISATION. BASED PURELY ON ELECTRON DENSITY AT THE 3-FOLD NCS. DERIVED FROM ARGININE RESIDUE WHICH WAS ONE OF THE BEST FITS OBTAINED BY RUNNING LIGAND_IDENTIFIER IN PHENIX. DOES NOT CORRESPOND TO THE ELECTRON DENSITY IN WWPDB ENTRIES 4V1K OR 4V1L. GLYCEROL (GOL): FROM THE CRYOPROTECTANT. 1,2-ETHANEDIOL (EDO): ARTEFACT FROM EXPRESSION, PURIFICATION OR CRYSTALLISATION. BASED PURELY ON ELECTRON DENSITY.
配列の詳細SELENOMETHIONINE DERIVATIVE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: PHASER SAD AND PARROT WERE ALSO USED.
結晶化pH: 7
詳細: 0.2 M SODIUM CITRATE, 2 M AMMONIUM SULPHATE. CRYOPROTECTANT USED PARATONE N, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97895
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.63 Å / Num. obs: 37050 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 69.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PARROTモデル構築
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
CCP4SUITES位相決定
PHASERSAD位相決定
PARROT位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→75.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 10.187 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED WITH EACH MONOMER DEFINED AS A SINLGE TLS GROUP. PDB_REDO WAS USED IN TH PENULTIMATE REFINEMET ROUND.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24523 1848 5 %RANDOM
Rwork0.21201 ---
obs0.21362 35182 93.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.825 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→75.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3054 0 77 235 3366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.9474435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03737056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4545426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.99226.071140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86815547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.194153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8562.4831610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8572.4791608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7513.7052015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6432.8491669
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.997→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 83 -
Rwork0.392 1731 -
obs--62.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8104-0.17350.70940.55590.42151.59590.09690.06770.0354-0.057-0.0578-0.02130.03820.0216-0.03920.01570.0104-0.01040.00980.00810.196237.229-23.833-7.556
21.5540.1584-0.66480.94820.27751.0716-0.14490.0980.0284-0.04890.1547-0.04010.02680.059-0.00980.0175-0.0141-0.01720.0339-0.01850.1238.448-37.426-24.989
31.0189-1.0734-0.21812.1431-0.67691.12030.08780.03520.0734-0.3186-0.062-0.15830.1444-0.063-0.02580.07310.01390.0350.02720.02830.161525.221-8.34-38.082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A494 - 625
2X-RAY DIFFRACTION2B494 - 624
3X-RAY DIFFRACTION3C494 - 624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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