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- PDB-4d0l: Phosphatidylinositol 4-kinase III beta-PIK93 in a complex with Ra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d0l
タイトルPhosphatidylinositol 4-kinase III beta-PIK93 in a complex with Rab11a- GTP gammaS
要素
  • PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
  • RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
キーワードTRANSFERASE/HYDROLASE / TRANSFERASE-HYDROLASE COMPLEX / TRANSFERASE / PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE / PI4K / NUCLEOTIDE / GTP / RAB11 / PIK93 / SIGNALING / GTPASE / SIGNAL TRANSDUCTION / GOLGI / RECYCLING ENDOSOME / PI4P / PHOSPHOINOSITIDE / PTDINS4P / PI4KB
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / synaptic vesicle endosomal processing / early endosome to recycling endosome transport / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / regulation of endocytic recycling / establishment of protein localization to organelle / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process ...regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / synaptic vesicle endosomal processing / early endosome to recycling endosome transport / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / regulation of endocytic recycling / establishment of protein localization to organelle / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / exosomal secretion / rough endoplasmic reticulum membrane / amyloid-beta clearance by transcytosis / regulation of cilium assembly / regulation of protein transport / presynaptic endosome / astral microtubule organization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle-mediated transport in synapse / protein transmembrane transport / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / regulation of vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / melanosome transport / multivesicular body assembly / phosphatidylinositol biosynthetic process / protein localization to cilium / Golgi to plasma membrane protein transport / establishment of protein localization to membrane / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / syntaxin binding / dynein light intermediate chain binding / lysosome organization / mitotic metaphase chromosome alignment / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / exocytosis / inner ear development / cleavage furrow / positive regulation of epithelial cell migration / mitotic spindle assembly / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / transport vesicle / phagocytic vesicle / vesicle-mediated transport / 14-3-3 protein binding / multivesicular body / centriole / receptor-mediated endocytosis / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cytoplasmic vesicle membrane / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / regulation of cytokinesis / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / trans-Golgi network / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / recycling endosome / Schaffer collateral - CA1 synapse / recycling endosome membrane / neuron projection development / spindle pole / endocytic vesicle membrane / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / synaptic vesicle membrane / G protein activity / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / : / Small GTPase Rab domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. ...: / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / : / Small GTPase Rab domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-093 / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-11A / Phosphatidylinositol 4-kinase beta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Burke, J.E. / Inglis, A.J. / Perisic, O. / Masson, G.R. / McLaughin, S.H. / Rutaganira, F. / Shokat, K.M. / Williams, R.L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structures of Pi4Kiiibeta Complexes Show Simultaneous Recruitment of Rab11 and its Effectors.
著者: Burke, J.E. / Inglis, A.J. / Perisic, O. / Masson, G.R. / Mclaughlin, S.H. / Rutaganira, F. / Shokat, K.M. / Williams, R.L.
履歴
登録2014年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id
改定 1.32019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_data_processing_status.task_name
改定 1.42023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
B: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
C: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
D: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
E: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
F: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,71515
ポリマ－267,8556
非ポリマー2,8609
水32418
1
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
B: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2385
ポリマ－89,2852
非ポリマー9533
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-27.2 kcal/mol
Surface area29970 Å2
手法PISA
2
C: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
D: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2385
ポリマ－89,2852
非ポリマー9533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-27.4 kcal/mol
Surface area30280 Å2
手法PISA
3
E: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
F: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2385
ポリマ－89,2852
非ポリマー9533
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-26.8 kcal/mol
Surface area30500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.795, 146.925, 188.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13B
23D
14B
24F
15C
25E
16D
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA128 - 78410 - 566
21SERSERCC128 - 78410 - 566
12SERSERAA128 - 78410 - 566
22SERSEREE128 - 78410 - 566
13ASPASPBB6 - 1779 - 180
23ASPASPDD6 - 1779 - 180
14ASPASPBB6 - 1779 - 180
24ASPASPFF6 - 1779 - 180
15SERSERCC128 - 78410 - 566
25SERSEREE128 - 78410 - 566
16ASPASPDD6 - 1829 - 185
26ASPASPFF6 - 1829 - 185

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9992, 0.00955, -0.03844), (0.01053, 0.9996, -0.02546), (0.03818, -0.02585, -0.9989)-7.48, 26.8, 103.1
2given(-0.9943, 0.01597, -0.1058), (0.01522, 0.9999, 0.007889), (0.1059, 0.006233, -0.9944)-5.273, -24.54, 91.44
3given(-0.9994, 0.007342, 0.03435), (0.008588, 0.9993, 0.03625), (-0.03406, 0.03652, -0.9988)-9.92, 24.01, 82.22
4given(-0.9924, 0.02412, -0.1206), (0.02146, 0.9995, 0.02335), (0.1211, 0.02058, -0.9924)-6.009, -24.32, 86.28

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA / PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE IIIBETA / PI4K-BETA / PI4KBETA / PTDINS 4-KINASE BETA / NPIK / PI4K92


分子量: 64593.141 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 121-407,508-784 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HDX-OPTIMISED DELETION VARIANT / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PACEBAC1-HSPI4KIIIBETA / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UBF8, 1-phosphatidylinositol 4-kinase
#2: タンパク質 RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A / RAB11A / RAB-11 / YL8


分子量: 24691.818 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PJB88 HSRAB11A-Q70L IN POPTG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62491, small monomeric GTPase

-
非ポリマー , 4種, 27分子

#3: 化合物 ChemComp-093 / N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE / PIK-93 / N-[(2Z)-5-(4-CHLORO-3-{[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]SULFONYL}PHENYL)-4-METHYL-1,3-THIAZOL-2(3H)-YLIDENE]ACETAMIDE


分子量: 389.878 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16ClN3O4S2
#4: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 539.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN
配列の詳細THREE HDX-OPTIMIZED DELETIONS AND S294A MUTATION. ISOFORM 2 OF UNIPROT Q9UBF8 (CHAINS ACE)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 15% (W/V) PEG 4000, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6, AND 0.2 M AMMONIUM ACETATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.51 Å / Num. obs: 70875 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3IHY AND 1OIW

3ihy

1oiw


解像度: 2.94→115.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 22.398 / SU ML: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2594 3095 5.1 %RANDOM
Rwork0.21626 ---
obs0.21843 58056 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.221 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6 Å20 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----6.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→115.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15675 0 171 18 15864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01916155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0215613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.491.97421852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.225335826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45951935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.02323.758745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.591152903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.47315115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.22447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217947
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.23764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.215514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.28021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.28170
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2520.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.3040.211
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3050.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2360.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2980.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0530.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1726.7247791
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4347.1388364
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.13910.53112143
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A286500.14
12C286500.14
21A280100.15
22E280100.15
31B97570.15
32D97570.15
41B96810.15
42F96810.15
51C283510.14
52E283510.14
61D103960.14
62F103960.14
LS精密化 シェル解像度: 2.94→3.016 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 223 -
Rwork0.354 4161 -
obs--99.1 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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