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万見
- PDB-4d0a: 3D EM map of the sodium proton antiporter MjNhaP1 from Methanocal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d0a
タイトル3D EM map of the sodium proton antiporter MjNhaP1 from Methanocaldococcus jannaschii
要素NA(+)/H(+) ANTIPORTER 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / ANTIPORTER / TRANSPORTER / EXCHANGER / CPA
機能・相同性Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane / antiporter activity / sodium ion transport / proton transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane / Na(+)/H(+) antiporter 1
機能・相同性情報
生物種METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII DSM 2661 (メタン生成菌)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å
データ登録者Paulino, C. / Woehlert, D. / Yildiz, O. / Kuhlbrandt, W.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Structure and transport mechanism of the sodium/proton antiporter MjNhaP1.
著者: Cristina Paulino / David Wöhlert / Ekaterina Kapotova / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt /
要旨: Sodium/proton antiporters are essential for sodium and pH homeostasis and play a major role in human health and disease. We determined the structures of the archaeal sodium/proton antiporter MjNhaP1 ...Sodium/proton antiporters are essential for sodium and pH homeostasis and play a major role in human health and disease. We determined the structures of the archaeal sodium/proton antiporter MjNhaP1 in two complementary states. The inward-open state was obtained by x-ray crystallography in the presence of sodium at pH 8, where the transporter is highly active. The outward-open state was obtained by electron crystallography without sodium at pH 4, where MjNhaP1 is inactive. Comparison of both structures reveals a 7° tilt of the 6 helix bundle. (22)Na(+) uptake measurements indicate non-cooperative transport with an activity maximum at pH 7.5. We conclude that binding of a Na(+) ion from the outside induces helix movements that close the extracellular cavity, open the cytoplasmic funnel, and result in a ∼5 Å vertical relocation of the ion binding site to release the substrate ion into the cytoplasm.
履歴
登録2014年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation / em_image_scans / em_single_particle_entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - software_defined_assembly
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  • マップデータ: EMDB-2636
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: NA(+)/H(+) ANTIPORTER 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9991
ポリマ－45,9991
非ポリマー00
水00
1
B: NA(+)/H(+) ANTIPORTER 1

B: NA(+)/H(+) ANTIPORTER 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9982
ポリマ－91,9982
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-47.8 kcal/mol
Surface area39960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.500, 103.300, 200.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 NA(+)/H(+) ANTIPORTER 1 / MJNHAP1


分子量: 45998.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII DSM 2661 (メタン生成菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q60362

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: sodium proton antiporter MjNhaP1 from Methanocaldococcus jannaschii
タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN
結晶化pH: 4 / 詳細: pH 4.0

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL KYOTO-3000SFF / 日付: 2012年12月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 120 nm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
回折平均測定温度: 4 K
検出器日付: 2012年12月1日
放射散乱光タイプ: electron
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: 2DX / 分類: 精密化
3次元再構成解像度: 6 Å / 解像度の算出法: OTHER / 対称性のタイプ: 2D CRYSTAL
精密化開始モデル: 4CZB

4czb


最高解像度: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3175 0 0 0 3175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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