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万見
- PDB-4d01: Crystal Structure of the Extracellular Domain of the Human Alpha9... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d01
タイトルCrystal Structure of the Extracellular Domain of the Human Alpha9 Nicotinic Acetylcholine Receptor
要素NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9
キーワードSIGNALING PROTEIN / LIGAND BINDING DOMAIN / CYS-LOOP RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine-gated channel complex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / response to auditory stimulus / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / inner ear morphogenesis / membrane depolarization / transmembrane transporter complex / calcium channel activity ...Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine-gated channel complex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / response to auditory stimulus / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / inner ear morphogenesis / membrane depolarization / transmembrane transporter complex / calcium channel activity / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-9
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.795 Å
データ登録者Giastas, P. / Zouridakis, M. / Zarkadas, E. / Tzartos, S.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Free and Antagonist-Bound States of Human Alpha9 Nicotinic Receptor Extracellular Domain
著者: Zouridakis, M. / Giastas, P. / Zarkadas, E. / Chroni-Tzartou, D. / Bregestovski, P. / Tzartos, S.J.
履歴
登録2014年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22014年10月15日Group: Database references
改定 1.32014年11月19日Group: Database references
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9987
ポリマ－25,3071
非ポリマー6916
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.520, 64.269, 80.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2072-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9 / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9 / NACHR ALPHA-9 / HUMAN ALPHA9 NICOTINIC ...NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9 / NACHR ALPHA-9 / HUMAN ALPHA9 NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR


分子量: 25307.029 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 26-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPICZAA / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q9UGM1
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細EXTRACELLULAR DOMAIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 100 MM SPG BUFFER PH 6.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→42 Å / Num. obs: 24313 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.79→42 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QC1

2qc1


解像度: 1.795→42.126 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.07 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES OF THE REGION 100-104 WAS EITHER LEFT UNMODELED OR WAS MODELED ONLY THEIR MAIN CHAIN ATOMS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 1240 5.1 %
Rwork0.195 --
obs0.196 24313 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.795→42.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1721 0 44 206 1971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4592509
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.344664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008323
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7945-1.86640.40051230.33092380X-RAY DIFFRACTION93
1.8664-1.95130.31331610.26172517X-RAY DIFFRACTION99
1.9513-2.05420.29041400.24292551X-RAY DIFFRACTION100
2.0542-2.18290.23851430.2112533X-RAY DIFFRACTION99
2.1829-2.35140.28861370.21842554X-RAY DIFFRACTION100
2.3514-2.5880.26071350.20672570X-RAY DIFFRACTION99
2.588-2.96240.26941210.19532581X-RAY DIFFRACTION99
2.9624-3.7320.24241480.1722605X-RAY DIFFRACTION100
3.732-42.13770.21581320.16452782X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08510.7469-1.3763.161-1.64663.4929-0.37990.1475-0.2122-0.5524-0.1809-0.90780.21880.65310.57110.4652-0.10770.12610.39360.02660.491448.761335.985412.5707
21.32980.0962-0.45081.71670.08271.6332-0.27650.30350.159-0.2470.0821-0.0276-0.231-0.24870.15620.377-0.0076-0.0620.31050.00920.274533.777542.380519.4146
37.13082.9227-0.87222.6267-0.62560.577-0.01960.42340.1323-0.1227-0.09670.2384-0.3878-0.3287-0.00030.40810.0166-0.00780.4347-0.10890.38732.229539.599618.0307
42.2865-0.0691-0.30391.3472-0.32361.4802-0.05010.16510.26470.0106-0.05110.1903-0.2033-0.32440.09090.32290.048-0.0460.2854-0.04850.265322.501242.382931.533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 2 THROUGH 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 31 THROUGH 94 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 95 THROUGH 116 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 117 THROUGH 215 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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