[日本語] English
万見
- PDB-4czu: Crystal structure of the kinase domain of CIPK23 T190D mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4czu
タイトルCrystal structure of the kinase domain of CIPK23 T190D mutant
要素CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 23
キーワードTRANSFERASE / POTASSIUM TRANSPORT / SNRK3
機能・相同性
機能・相同性情報


stomatal movement / regulation of stomatal movement / response to water deprivation / plastid / potassium ion import across plasma membrane / potassium channel activity / response to nutrient / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...stomatal movement / regulation of stomatal movement / response to water deprivation / plastid / potassium ion import across plasma membrane / potassium channel activity / response to nutrient / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NAF domain / NAF/FISL domain / NAF domain / NAF domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...NAF domain / NAF/FISL domain / NAF domain / NAF domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 23
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chaves-Sanjuan, A. / Sanchez-Barrena, M.J. / Albert, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of the Regulatory Mechanism of the Plant Cipk Family of Protein Kinases Controlling Ion Homeostasis and Abiotic Stress
著者: Chaves-Sanjuan, A. / Sanchez-Barrena, M.J. / Gonzalez-Rubio, J.M. / Moreno, M. / Ragel, P. / Jimenez, M. / Pardo, J.M. / Martinez-Ripoll, M. / Quintero, F.J. / Albert, A.
履歴
登録2014年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22017年12月6日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 23
B: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 23
C: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 23
D: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,25928
ポリマ－207,3214
非ポリマー5,93724
水14,808822
1
A: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 23
C: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,37014
ポリマ－103,6612
非ポリマー2,70912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-123.2 kcal/mol
Surface area25340 Å2
手法PISA
2
B: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 23
D: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,88914
ポリマ－103,6612
非ポリマー3,22812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-98.2 kcal/mol
Surface area26600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.700, 91.730, 207.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 23 / PROTEIN LOW-K(+)-SENSITIVE 1 / SNF1-RELATED KINASE 3.23 / SOS 2-LIKE PROTEIN KINASE PKS17 / SNRK3.23 AT1G30270


分子量: 51830.359 Da / 分子数: 4 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 24-482 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 19 TO 23 DO NOT CORRESPOND TO SNRK3. 23 AT1G30270 RESIDUES. THESE RESIDUES COMES FROM THE PGEX4T2 EXPRESION VECTOR.
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS
参照: UniProt: Q93VD3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 822 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 19 TO 23 DO NOT CORRESPOND TO SNRK3.23 AT1G30270 RESIDUES. THESE RESIDUES COMES FROM THE ...RESIDUES 19 TO 23 DO NOT CORRESPOND TO SNRK3.23 AT1G30270 RESIDUES. THESE RESIDUES COMES FROM THE PGEX4T2 EXPRESION VECTOR.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化手法: マイクロバッチ法
詳細: 16 MM CHAPS, 0.1 M HEPES PH 7.5 AND 3.5 M AMMONIUM SULFATE AS PRECIPITANT MIXED WITH THE PROTEIN AT 14 MG/ML USING MICROBATCH METHOD.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.97 Å / Num. obs: 110291 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 26.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H4J

3h4j


解像度: 1.9→49.968 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 5511 5 %
Rwork0.1918 --
obs0.194 110281 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.968 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9291 0 379 822 10492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12713547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0213905
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1691502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041670
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92160.31991960.27483461X-RAY DIFFRACTION100
1.9216-1.94420.30331940.25993407X-RAY DIFFRACTION100
1.9442-1.96790.29771760.25433475X-RAY DIFFRACTION100
1.9679-1.99280.29991770.24433463X-RAY DIFFRACTION100
1.9928-2.0190.30191690.23723502X-RAY DIFFRACTION100
2.019-2.04670.261850.21823412X-RAY DIFFRACTION100
2.0467-2.07590.25531760.20293465X-RAY DIFFRACTION100
2.0759-2.10690.29181860.21243406X-RAY DIFFRACTION100
2.1069-2.13980.25931890.21363497X-RAY DIFFRACTION100
2.1398-2.17490.24371790.20233452X-RAY DIFFRACTION100
2.1749-2.21240.24511590.19333485X-RAY DIFFRACTION100
2.2124-2.25270.25311850.19593446X-RAY DIFFRACTION100
2.2527-2.2960.23911840.1943489X-RAY DIFFRACTION100
2.296-2.34280.23682020.19263446X-RAY DIFFRACTION100
2.3428-2.39380.25871790.19983465X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.44950.2471810.19383467X-RAY DIFFRACTION100
2.4495-2.51070.29441790.20723466X-RAY DIFFRACTION100
2.5107-2.57860.23441710.19983466X-RAY DIFFRACTION100
2.5786-2.65450.27981590.2053537X-RAY DIFFRACTION100
2.6545-2.74010.26751780.20593478X-RAY DIFFRACTION100
2.7401-2.83810.24591780.19553501X-RAY DIFFRACTION100
2.8381-2.95170.26821840.20193495X-RAY DIFFRACTION100
2.9517-3.0860.25921520.2123540X-RAY DIFFRACTION100
3.086-3.24870.27221800.20253513X-RAY DIFFRACTION100
3.2487-3.45220.24222010.18453500X-RAY DIFFRACTION100
3.4522-3.71860.19771890.17033506X-RAY DIFFRACTION100
3.7186-4.09270.20041980.15783546X-RAY DIFFRACTION100
4.0927-4.68460.1862220.14773524X-RAY DIFFRACTION100
4.6846-5.90060.19931970.18043593X-RAY DIFFRACTION100
5.9006-49.98520.18952060.1953767X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る