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- PDB-4czj: C. crescentus MreB, double filament, AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4czj
タイトルC. crescentus MreB, double filament, AMPPNP
要素ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / BACTERIAL ACTIN / BACTERIAL CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


cell morphogenesis / regulation of cell shape / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell shape determining protein MreB / MreB/Mbl protein / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Cell shape-determining protein MreB / Cell shape-determining protein MreB
類似検索 - 構成要素
生物種CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lowe, J. / van den Ent, F.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Bacterial Actin Mreb Forms Antiparallel Double Filaments.
著者: Van Den Ent, F. / Izore, T. / Bharat, T.A. / Johnson, C.M. / Lowe, J.
履歴
登録2014年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Atomic model / Database references / Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB
B: ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7926
ポリマ－73,7312
非ポリマー1,0614
水5,747319
1
A: ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3963
ポリマ－36,8651
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3963
ポリマ－36,8651
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.497, 101.931, 122.697
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB / MREB


分子量: 36865.496 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 9-347 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア)
プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: B8H609, UniProt: A0A0H3C7V4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97938
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 42937 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 22.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JCE

1jce


解像度: 2→47.067 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 21.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2276 3927 5 %
Rwork0.1758 --
obs0.1784 42937 93.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.284 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8271 Å20 Å2-0 Å2
2--6.9748 Å2-0 Å2
3----2.1477 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4647 0 64 319 5030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3866456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8861784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006835
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02440.31931290.24992691X-RAY DIFFRACTION96
2.0244-2.050.28241450.23682778X-RAY DIFFRACTION95
2.05-2.0770.25681410.22982705X-RAY DIFFRACTION95
2.077-2.10550.2851670.21432665X-RAY DIFFRACTION96
2.1055-2.13560.26421560.20952771X-RAY DIFFRACTION96
2.1356-2.16740.26741150.20092748X-RAY DIFFRACTION95
2.1674-2.20130.24581540.19472744X-RAY DIFFRACTION97
2.2013-2.23740.27611370.18572790X-RAY DIFFRACTION96
2.2374-2.2760.23581420.18232693X-RAY DIFFRACTION96
2.276-2.31730.25331430.19432783X-RAY DIFFRACTION96
2.3173-2.36190.25761490.18922714X-RAY DIFFRACTION96
2.3619-2.41010.26171410.17662750X-RAY DIFFRACTION96
2.4101-2.46250.22551390.16652789X-RAY DIFFRACTION96
2.4625-2.51980.23021750.17212647X-RAY DIFFRACTION95
2.5198-2.58280.26011210.16642797X-RAY DIFFRACTION95
2.5828-2.65260.23921150.17082693X-RAY DIFFRACTION95
2.6526-2.73070.25141110.16872758X-RAY DIFFRACTION95
2.7307-2.81880.25041650.16612657X-RAY DIFFRACTION94
2.8188-2.91960.23341480.16632695X-RAY DIFFRACTION94
2.9196-3.03640.20771290.16642700X-RAY DIFFRACTION94
3.0364-3.17460.23251380.16692647X-RAY DIFFRACTION93
3.1746-3.34190.23721190.15662667X-RAY DIFFRACTION93
3.3419-3.55120.19871390.15742608X-RAY DIFFRACTION92
3.5512-3.82530.20471190.15922650X-RAY DIFFRACTION92
3.8253-4.21010.1921650.1542559X-RAY DIFFRACTION90
4.2101-4.81870.17071450.14132544X-RAY DIFFRACTION89
4.8187-6.06910.21221350.1922539X-RAY DIFFRACTION89
6.0691-47.07960.2321450.20422485X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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