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- PDB-4cy5: Crystal structure of the NSL1-WDS-NSL2 complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cy5
タイトルCrystal structure of the NSL1-WDS-NSL2 complex.
要素
  • CG4699, ISOFORM D
  • DIM GAMMA-TUBULIN 1
  • PROTEIN WILL DIE SLOWLY
キーワードTRANSCRIPTION / EPIGENETIC REGULATOR / HISTONE ACETYLATION / CHROMATIN
機能・相同性
機能・相同性情報


polytene chromosome interband / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / haltere development / germarium-derived female germ-line cyst formation / Neddylation / larval somatic muscle development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / HATs acetylate histones / germ-line stem cell population maintenance / eye development ...polytene chromosome interband / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / haltere development / germarium-derived female germ-line cyst formation / Neddylation / larval somatic muscle development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / HATs acetylate histones / germ-line stem cell population maintenance / eye development / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / oogenesis / neuromuscular junction development / histone acetyltransferase binding / regulation of endocytosis / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromatin organization / heart development / histone binding / chromatin remodeling / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potential DNA-binding domain / KAT8 regulatory NSL complex subunit 2 / Potential DNA-binding domain / KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 / PEHE domain / PEHE / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat ...Potential DNA-binding domain / KAT8 regulatory NSL complex subunit 2 / Potential DNA-binding domain / KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 / PEHE domain / PEHE / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-specific lethal 1, isoform D / Protein will die slowly / KAT8 regulatory NSL complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dias, J. / Brettschneider, J. / Cusack, S. / Kadlec, J.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: Structural Analysis of the Kansl1/Wdr5/Kansl2 Complex Reveals that Wdr5 is Required for Efficient Assembly and Chromatin Targeting of the Nsl Complex.
著者: Dias, J. / Van Nguyen, N. / Georgiev, P. / Gaub, A. / Brettschneider, J. / Cusack, S. / Kadlec, J. / Akhtar, A.
履歴
登録2014年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN WILL DIE SLOWLY
C: DIM GAMMA-TUBULIN 1
D: CG4699, ISOFORM D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0033
ポリマ－38,0033
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-12.6 kcal/mol
Surface area12550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.480, 86.210, 47.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN WILL DIE SLOWLY / WDS


分子量: 34673.297 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 50-361 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PFASTBACHTB / 細胞株 (発現宿主): High Five
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9V3J8
#2: タンパク質・ペプチド DIM GAMMA-TUBULIN 1 / NSL2 / LD12439P


分子量: 1561.607 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 155-166 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VAF4, inorganic diphosphatase
#3: タンパク質・ペプチド CG4699, ISOFORM D / NSL1


分子量: 1768.003 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 714-729 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A4V2Z1, 合成酵素; C-O結合を形成; アミノアシルtRNAおよび関連化合物を生成するリガーゼ
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.44 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.6
詳細: 20% (W/V) PEG 3350, 0.2 M DI-AMMONIUM TARTRATE, PH 6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97876
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 15438 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G99

2g99


解像度: 2.3→37.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.314 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24471 775 5 %RANDOM
Rwork0.20689 ---
obs0.20881 14628 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.275 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.27 Å20 Å20 Å2
2---1.46 Å20 Å2
3---2.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2483 0 0 28 2511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0192538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1451.9453439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69235579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8485316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.92624.69498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.65415441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.134157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6824.1131276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6824.1111275
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6546.1531588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8424.3391262
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 59 -
Rwork0.344 1045 -
obs--98.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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