PDB-4cx8: Monomeric pseudorabies virus protease pUL26N at 2.5 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cx8

タイトル

Monomeric pseudorabies virus protease pUL26N at 2.5 A resolution

要素

PSEUDORABIES VIRUS PROTEASE

キーワード

VIRAL PROTEIN / ASSEMBLIN / UL26 / PRV

機能・相同性

機能・相同性情報

assemblin / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SUID HERPESVIRUS 1 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Zuehlsdorf, M. / Werten, S. / Palm, G.J. / Hinrichs, W.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2015
タイトル: Dimerization-Induced Allosteric Changes of the Oxyanion-Hole Loop Activate the Pseudorabies Virus Assemblin pUL26N, a Herpesvirus Serine Protease.
著者: Martin Zühlsdorf / Sebastiaan Werten / Barbara G Klupp / Gottfried J Palm / Thomas C Mettenleiter / Winfried Hinrichs /

要旨: Herpesviruses encode a characteristic serine protease with a unique fold and an active site that comprises the unusual triad Ser-His-His. The protease is essential for viral replication and as such ...

履歴

登録	2014年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references / Other / Structure summary
改定 1.2	2015年7月22日	Group: Database references
改定 1.3	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cx8.cif.gz	173.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cx8.ent.gz	139.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cx8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cx8_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cx8_full_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示
XML形式データ	4cx8_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	4cx8_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/4cx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/4cx8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	SASDA58C 4v07C 4v08C 4v0tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wnx-2 6jpw-2 4d69-8 4z82-d 4xf0-d 5h6l-2 3wa8-2 3pvt-2 5llt-2 4not-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PSEUDORABIES VIRUS PROTEASE

B: PSEUDORABIES VIRUS PROTEASE

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PSEUDORABIES VIRUS PROTEASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PSEUDORABIES VIRUS PROTEASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.437, 101.337, 130.078
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.606, -0.1438, 0.7824), (-0.06811, -0.9893, -0.1291), (0.7926, 0.02495, -0.6093)
ベクター: -26.42, -10.67, 54.19)

#1: タンパク質	PSEUDORABIES VIRUS PROTEASE 分子量: 26645.357 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL (HIS)6-TAG WITH THROMBIN-LINKER 由来: (組換発現) SUID HERPESVIRUS 1 (ヘルペスウイルス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83417, assemblin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.91 % 解説: STARTING MODEL FOR DIMERIC PRV PROTEASE IS WWPDB ENTRY 1AT3
結晶化	pH: 8 / 詳細: 0.1 M TRIS PH 8, 14% PEG 20,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月2日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.53→80 Å / Num. obs: 18230 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 55.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.29
反射シェル	解像度: 2.53→2.68 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: DIMERIC PRV PROTEASE, YET TO BE DEPOSITED

解像度: 2.53→79.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 21.997 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.423 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25215	878	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19819	-	-	-
obs	0.20078	17352	97.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.88 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.53→79.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3123	0	0	49	3172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.788	1.985	4354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.877	3	6944
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.436	5	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.613	21.364	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.936	15	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.892	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.442	2.292	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.443	2.293	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.373	3.433	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.451	2.382	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.527→2.593 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	62	-
R_work	0.334	1129	-
obs	-	-	88.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4468	-2.9636	-0.5946	8.6238	-0.7814	4.5866	-0.1308	-0.3484	0.624	0.2093	0.3027	0.3336	-0.8621	-0.669	-0.1719	0.3307	0.0369	-0.0097	0.2804	-0.1037	0.2454	-11.8184	-5.538	12.7368
2	6.7729	-4.4447	-0.5315	5.0312	1.3174	2.4048	-0.4462	-0.7376	0.0327	0.5475	0.3185	0.2123	-0.1092	-0.0885	0.1278	0.2082	0.0142	0.0123	0.2539	-0.0529	0.0341	-6.8121	-15.9448	15.8577
3	5.7555	-1.1075	2.1477	4.9745	-0.7275	5.4271	-0.3009	-0.3007	0.6272	0.592	0.2797	-0.3878	-0.6243	0.0937	0.0212	0.2415	0.0354	-0.0192	0.1739	-0.0924	0.1095	-3.9145	-11.796	12.1064
4	4.9188	0.4388	2.6999	1.5994	1.6708	7.784	-0.0231	-0.3233	-1.0647	0.3684	0.0753	0.3569	0.6116	-0.3974	-0.0522	0.2384	-0.0189	0.1007	0.2326	0.0573	0.3752	-12.4019	-24.6669	6.8744
5	4.9177	5.8614	4.9903	9.3281	5.8381	7.4174	0.2476	-0.2268	0.3096	0.1251	-0.6011	0.5678	0.2365	-0.6527	0.3535	0.3235	0.019	0.0644	0.5587	-0.2847	0.1811	-25.3113	-6.5195	38.0211
6	1.0747	0.5806	1.8113	5.2606	5.2082	6.6835	-0.0102	0.0969	-0.0079	-0.21	-0.0912	0.1582	-0.1802	0.0227	0.1014	0.2177	0.047	-0.0223	0.4648	-0.2081	0.1779	-17.6119	2.4566	39.7905
7	6.7597	-0.7568	1.0431	3.9199	5.4541	8.4181	0.1892	-0.0498	0.2198	-0.1604	-0.1127	-0.0774	-0.3205	0.1172	-0.0765	0.3597	-0.0599	-0.0234	0.7468	-0.2387	0.3087	-14.3372	2.6153	40.4317
8	6.8238	-6.6497	-4.588	9.3465	9.7246	12.762	-0.4538	-0.0061	-0.3527	0.3043	-0.0801	0.4944	-0.0191	-0.3608	0.5339	0.5516	0.0749	0.1315	1.0548	-0.332	0.746	-33.9285	10.4097	50.4634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	43 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	130 - 187
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	188 - 224
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	33 - 165
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	166 - 212
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	213 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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