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- PDB-4cvy: Crystal structure of the M. tuberculosis sulfate ester dioxygenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cvy
タイトルCrystal structure of the M. tuberculosis sulfate ester dioxygenase Rv3406 in complex with iron.
要素DIOXYGENASE RV3406/MT3514
キーワードOXIDOREDUCTASE / DRUG DESIGN / DIOXYGENASE / DPRE1 / MYCOBACTERIAL ENZYMES
機能・相同性
機能・相同性情報


alkyl sulfatase / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / dioxygenase activity / response to antibiotic / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NITRATE ION / Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase / Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Neres, J. / Hartkoorn, R.C. / Chiarelli, L.R. / Gadupudi, R. / Pasca, M. / Mori, G. / Farina, D. / Salina, S. / Makarov, V. / Kolly, G.S. ...Neres, J. / Hartkoorn, R.C. / Chiarelli, L.R. / Gadupudi, R. / Pasca, M. / Mori, G. / Farina, D. / Salina, S. / Makarov, V. / Kolly, G.S. / Molteni, E. / Binda, C. / Dhar, N. / Ferrari, S. / Brodin, P. / Delorme, V. / Landry, V. / de Jesus Lopes Ribeiro, A.L. / Saxena, P. / Pojer, F. / Venturelli, A. / Carta, A. / Luciani, R. / Porta, A. / Zanoni, G. / De Rossi, E. / Costi, M.P. / Riccardi, G. / Cole, S.T.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: 2-Carboxyquinoxalines Kill Mycobacterium Tuberculosis Through Noncovalent Inhibition of Dpre1.
著者: Neres, J. / Hartkoorn, R.C. / Chiarelli, L.R. / Gadupudi, R. / Pasca, M.R. / Mori, G. / Venturelli, A. / Savina, S. / Makarov, V. / Kolly, G.S. / Molteni, E. / Binda, C. / Dhar, N. / Ferrari, ...著者: Neres, J. / Hartkoorn, R.C. / Chiarelli, L.R. / Gadupudi, R. / Pasca, M.R. / Mori, G. / Venturelli, A. / Savina, S. / Makarov, V. / Kolly, G.S. / Molteni, E. / Binda, C. / Dhar, N. / Ferrari, S. / Brodin, P. / Delorme, V. / Landry, V. / De Jesus Lopes Ribeiro, A.L. / Farina, D. / Saxena, P. / Pojer, F. / Carta, A. / Luciani, R. / Porta, A. / Zanoni, G. / De Rossi, E. / Costi, M.P. / Riccardi, G. / Cole, S.T.
履歴
登録2014年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIOXYGENASE RV3406/MT3514
B: DIOXYGENASE RV3406/MT3514
C: DIOXYGENASE RV3406/MT3514
D: DIOXYGENASE RV3406/MT3514
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,7619
ポリマ－130,4754
非ポリマー2855
水3,387188
1
A: DIOXYGENASE RV3406/MT3514
C: DIOXYGENASE RV3406/MT3514
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4115
ポリマ－65,2382
非ポリマー1743
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-34.8 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
2
B: DIOXYGENASE RV3406/MT3514
D: DIOXYGENASE RV3406/MT3514
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3494
ポリマ－65,2382
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-34.9 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.970, 128.150, 138.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9419, 0.1835, -0.2814), (0.1915, -0.3948, -0.8986), (-0.276, -0.9002, 0.3367)-43.89, 4.891, -5.85
2given(-0.7449, -0.5815, -0.3271), (-0.575, 0.311, 0.7567), (-0.3383, 0.7518, -0.5661)-47.91, -40.08, 32.78
3given(0.6937, 0.4078, 0.5937), (0.3955, -0.9046, 0.1593), (0.602, 0.1243, -0.7887)-14.78, -17.99, 54.41

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要素

#1: タンパク質
DIOXYGENASE RV3406/MT3514


分子量: 32618.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P65075, UniProt: P9WKZ1*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 22% PEG2000, 300 MM MAGNESIUM NITRATE, 100 MM TRIS/HCL PH 8.0, 2% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98
検出器タイプ: PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.4 Å / Num. obs: 74877 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FFA

4ffa


解像度: 2→94.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.769 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25382 3773 5 %RANDOM
Rwork0.20765 ---
obs0.21 71028 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.837 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.41 Å20 Å20 Å2
2---2.73 Å20 Å2
3----2.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→94.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7466 0 8 188 7662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0197647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7411.93310420
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.877316521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1515939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.53722.781374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.675151173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3551577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021881
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0583.7483792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0463.7463791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2925.5984719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7694.1493855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 266 -
Rwork0.324 5003 -
obs--94.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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