PDB-4cu4: FhuA from E. coli in complex with the lasso peptide microcin J25 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cu4

タイトル

FhuA from E. coli in complex with the lasso peptide microcin J25 (MccJ25)

要素

FERRICHROME-IRON RECEPTOR
MICROCIN J25

キーワード

TRANSPORT PROTEIN/ANTIBIOTIC / TRANSPORT PROTEIN-ANTIBIOTIC COMPLEX / LIPOPOLYSACCHARIDE / DETERGENT

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transmembrane transport / siderophore-iron import into cell / siderophore uptake transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex / virion binding / toxic substance binding / cell outer membrane / signaling receptor activity / killing of cells of another organism / intracellular iron ion homeostasis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MG1655 (大腸菌)

ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MC4100 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Mathavan, I. / Rebuffat, S. / Beis, K.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Hijacking Siderophore Receptors by Antimicrobial Lasso Peptides.
著者: Mathavan, I. / Zirah, S. / Mehmood, S. / Choudhury, H.G. / Goulard, C. / Li, Y. / Robinson, C.V. / Rebuffat, S. / Beis, K.

履歴

登録	2014年3月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月30日	Group: Database references
改定 1.3	2018年6月13日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 1.4	2019年7月31日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.5	2020年7月1日	Group: Data collection / Other / カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_status Item: _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cu4.cif.gz	176.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cu4.ent.gz	135.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cu4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/4cu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/4cu4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fcpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qff-d 1qkc-d 6g3u-1 1fi1-d 1qfg-d 1qjq-d 6fok-1 5nec-1 5fp1-d 6fom-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (3) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (3)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FERRICHROME-IRON RECEPTOR

B: MICROCIN J25

ヘテロ分子

88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.980, 277.050, 106.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AB

#1: タンパク質

FERRICHROME-IRON RECEPTOR / FHUA / FERRIC HYDROXAMATE RECEPTOR / FERRIC HYDROXAMATE UPTAKE

分子量: 78100.961 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 53-747 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HIS-TAG BETWEEN RESIDUE P405 AND V417. SEQUENCE INSERTED SSHHHHHHGSS
由来: (組換発現)

ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MG1655 (大腸菌)
プラスミド: PET21A / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P06971

#2: タンパク質・ペプチド

MICROCIN J25 / MICROCIN MCCJ25 / MCCJ25

タイプ: Polypeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 2126.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然)

ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MC4100 (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X2V7, Microcin J25

#3: 多糖

L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1165.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LDmanHep1-3LDmanHep1-5[DKdopa2-4]DKdopa2-6DGlcpNb1-6DGlcpNa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1a_1-5_2N][a2122h-1b_1-5_2N][Aad1122h-2a_2-6][a11221h-1a_1-5]/1-2-3-3-4-4/a6-b1_b6-c2_c4-d2_c5-e1_e3-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpN]{[(6+1)][b-D-GlcpN]{[(6+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}[(5+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 8種, 199分子

#4: 化合物	ChemComp-FTT / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / 3-HYDROXY-MYRISTIC ACID / (R)-3-ヒドロキシテトラデカン酸分子量: 244.370 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₂
#6: 化合物	ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂
#7: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸分子量: 704.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₇₇O₈P
#9: 化合物	ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト分子量: 173.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₇P₂
#10: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	INTRODUCED AN INTERNAL HIS-TAG AFTER POSITION P405 AND V417

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5 詳細: 20 MM TRIS PH 7.5, 120 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM SODIUM CITRATE PH 5, 20 % PEG300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月17日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30.46 Å / Num. obs: 62620 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 54 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FCP

2fcp

解像度: 2.3→30.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8875 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8605 / SU R Cruickshank DPI: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.196 / SU R_free Blow DPI: 0.183 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.186
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. THE ELECTRON DENSITY AT THE INTERNAL HIS-TAG LOOP REGION WAS TOO WEAK TO ALLOW BUILDING RESIDUES 405-417 RELIABLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	3172	5.07 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.2141	62613	98.55 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-27.7597 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	27.6669 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.0927 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.348 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5562	0	512	168	6242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	6221	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.13	8336	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2888	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		154	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		853	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		6221	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.63
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.99
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		751	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6655	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3281	228	4.96 %
R_work	0.2738	4365	-
all	0.2764	4593	-
obs	-	-	98.55 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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