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- PDB-4cu2: C-terminal domain of CTP1L endolysin mutant V195P that reduces au... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cu2
タイトルC-terminal domain of CTP1L endolysin mutant V195P that reduces autoproteolysis
要素ENDOLYSIN
キーワードHYDROLASE / BACTERIAL LYSIS / AUTOPROTEOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate catabolic process / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12090 / Glycoside hydrolase, family 25 / Glycosyl hydrolases family 25 / Glycosyl hydrolase family 25 (GH25) domain profile. / Glycoside hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium phage phiCTP1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Dunne, M. / Mertens, H.D.T. / Garefalaki, V. / Jeffries, C.M. / Thompson, A. / Lemke, E.A. / Svergun, D.I. / Mayer, M.J. / Narbad, A. / Meijers, R.
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2014
タイトル: The CD27L and CTP1L endolysins targeting Clostridia contain a built-in trigger and release factor.
著者: Matthew Dunne / Haydyn D T Mertens / Vasiliki Garefalaki / Cy M Jeffries / Andrew Thompson / Edward A Lemke / Dmitri I Svergun / Melinda J Mayer / Arjan Narbad / Rob Meijers /
要旨: The bacteriophage ΦCD27 is capable of lysing Clostridium difficile, a pathogenic bacterium that is a major cause for nosocomial infection. A recombinant CD27L endolysin lyses C. difficile in vitro, ...The bacteriophage ΦCD27 is capable of lysing Clostridium difficile, a pathogenic bacterium that is a major cause for nosocomial infection. A recombinant CD27L endolysin lyses C. difficile in vitro, and represents a promising alternative as a bactericide. To better understand the lysis mechanism, we have determined the crystal structure of an autoproteolytic fragment of the CD27L endolysin. The structure covers the C-terminal domain of the endolysin, and represents a novel fold that is identified in a number of lysins that target Clostridia bacteria. The structure indicates endolysin cleavage occurs at the stem of the linker connecting the catalytic domain with the C-terminal domain. We also solved the crystal structure of the C-terminal domain of a slow cleaving mutant of the CTP1L endolysin that targets C. tyrobutyricum. Two distinct dimerization modes are observed in the crystal structures for both endolysins, despite a sequence identity of only 22% between the domains. The dimers are validated to be present for the full length protein in solution by right angle light scattering, small angle X-ray scattering and cross-linking experiments using the cross-linking amino acid p-benzoyl-L-phenylalanine (pBpa). Mutagenesis on residues contributing to the dimer interfaces indicates that there is a link between the dimerization modes and the autocleavage mechanism. We show that for the CTP1L endolysin, there is a reduction in lysis efficiency that is proportional to the cleavage efficiency. We propose a model for endolysin triggering, where the extended dimer presents the inactive state, and a switch to the side-by-side dimer triggers the cleavage of the C-terminal domain. This leads to the release of the catalytic portion of the endolysin, enabling the efficient digestion of the bacterial cell wall.
履歴
登録2014年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Data collection
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOLYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9971
ポリマ－8,9971
非ポリマー00
水1,56787
1
A: ENDOLYSIN

A: ENDOLYSIN

A: ENDOLYSIN

A: ENDOLYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9884
ポリマ－35,9884
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-11.9 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.932, 48.821, 77.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2007-

HOH

21A-2008-

HOH

31A-2077-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ENDOLYSIN


分子量: 8997.040 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 195-274 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium phage phiCTP1 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D9ZNF3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細VAL195 HAS BEEN MUTATED TO A PROLINE TO REDUCE AUTOCLEAVAGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
解説: THERE ARE ICE RINGS, AND THE DETECTOR GEOMETRY LIMITED HIGH RESOLUTION. BEAMLINE WAS UNDER COMMISSIONING.
結晶化pH: 8 / 詳細: 20MM TRIS PH8.0 AND 6 % PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.223
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: DIRECT BEAM (NO MIRRORS)
放射モノクロメーター: SI 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.223 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 4489 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 48.9
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CD27L C-TERMINAL DOMAIN

解像度: 2.11→16.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 5.669 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26382 221 4.7 %RANDOM
Rwork0.17217 ---
obs0.17617 4489 91.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.701 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.18 Å20 Å20 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3----2.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→16.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数633 0 0 87 720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02657
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0341.959896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70231424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.26583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.65324.68832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.56715109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.338154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.107→2.162 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 14 -
Rwork0.202 340 -
obs--96.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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