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- PDB-4csv: Tyrosine kinase AS - a common ancestor of Src and Abl bound to Gleevec -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4csv
タイトルTyrosine kinase AS - a common ancestor of Src and Abl bound to Gleevec
要素SRC-ABL TYROSINE KINASE ANCESTOR
キーワードTRANSFERASE / DFG
機能・相同性Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta / Chem-STI
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kutter, S. / Wilson, C. / Cruz, L. / Agafonov, R.V. / Hoemberger, M.S. / Zorba, A. / Kern, D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Kinase Dynamics. Using Ancient Protein Kinases to Unravel a Modern Cancer Drug'S Mechanism.
著者: Wilson, C. / Agafonov, R.V. / Hoemberger, M. / Kutter, S. / Zorba, A. / Halpin, J. / Buosi, V. / Otten, R. / Waterman, D. / Theobald, D.L. / Kern, D.
履歴
登録2014年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SRC-ABL TYROSINE KINASE ANCESTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7502
ポリマ－31,2571
非ポリマー4941
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.029, 56.869, 76.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 SRC-ABL TYROSINE KINASE ANCESTOR


分子量: 31256.531 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PETM-41 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-STI / 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE / STI-571 / IMATINIB / イマチニブ


分子量: 493.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.42 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 10 MG/ML OF LYSINE MODIFIED (ETHYLATED) PROTEIN IN 30 MM TRIS PH 8.0, 500 MM NACL, 1 MM GLEEVEC, MIXED 1:1 WITH 200 MM AMMONIUM ACETATE, 100 MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 4.6 AND 30% PEG ...詳細: 10 MG/ML OF LYSINE MODIFIED (ETHYLATED) PROTEIN IN 30 MM TRIS PH 8.0, 500 MM NACL, 1 MM GLEEVEC, MIXED 1:1 WITH 200 MM AMMONIUM ACETATE, 100 MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 4.6 AND 30% PEG 4000, HANGING DROP, MICRO SEEDING WITH INITIAL CRYSTALS FROM A 96 WELL PLATE SCREEN, INITIAL CRYSTALS GREW ON A DUST PARTICLE, 18C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999956
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月29日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→42.36 Å / Num. obs: 15954 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREPAUTO MR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CDS

4cds
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.05→62.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.623 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24159 886 5.9 %RANDOM
Rwork0.18728 ---
obs0.19044 14124 87.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å22.67 Å2
2---3.16 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→62.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1968 0 37 56 2061
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192057
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.421.9792785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97434450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2635241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.71924.37596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.28615352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2241511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5855.659971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5715.655970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2078.4641209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2196.221086
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.049→2.102 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 54 -
Rwork0.305 1137 -
obs--91.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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