PDB-4csq: NMR solution structure of PA3793 from Pseudomonas aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4csq

タイトル

NMR solution structure of PA3793 from Pseudomonas aeruginosa

要素

UNCHARACTERIZED PROTEIN

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / PUTATIVE PROTEIN / PH-FOLD

機能・相同性

PH-domain like - #190 / Protein of unknown function DUF5629 / Family of unknown function (DUF5629) / PH-domain like / Roll / Mainly Beta / : / DUF5629 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

溶液NMR / CYANA-3

データ登録者

Mayzel, M. / Schnell, R. / Schneider, G. / Karlsson, B.G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Solution Structure of Pa3793 from Pseudomonas
著者: Schneider, G. / Schnell, R. / Mayzel, M. / Karlsson, B.G.

履歴

登録	2014年3月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Atomic model
改定 1.2	2014年5月28日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4csq.cif.gz	842.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4csq.ent.gz	717 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4csq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4csq_validation.pdf.gz	473.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4csq_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	4csq_validation.xml.gz	338.9 KB	表示
CIF形式データ	4csq_validation.cif.gz	216.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/4csq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/4csq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6f53-d 5if6-2 2hwn-1 1ea2-d 6xiy-d 1iiz-d 3cpo-d 2a15-d 1dmm-d 6ljx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19848

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UNCHARACTERIZED PROTEIN

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	22 / 100	target function
代表モデル

#1: タンパク質	UNCHARACTERIZED PROTEIN 分子量: 12750.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UXH5, UniProt: Q9HXK4*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	15NNOESY
1	2	1	15NHSQC
1	3	1	BACKBONE EXPS
2	4	2	13C NOESY
3	5	3	2D NOESY
3	6	3	2D TOCSY

NMR実験の詳細

Text: NONE

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	90% H2O 10% D2O
2	100% D2O
3	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	70 mM	6	1.0 atm	298.0 K
2	70 mM	6	1.0 atm	298.0 K
3	70 mM	6	1.0 atm	298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	AART J. NEDERVEEN, JURGEN F. DORELEIJERS, WIM VRANKEN, ZACHARY MILLER, CHRIS A.E.M. SPRONK, S	精密化
CcpNmr Analysis		構造決定

精密化

手法: CYANA-3 / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DONE USING RECOORD SCRIPTS FROM ABOVE REFERENCE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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