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万見
- PDB-4csk: human Aquaporin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4csk
タイトルhuman Aquaporin
要素AQUAPORIN-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric descending thin limb development / metanephric proximal straight tubule development / metanephric proximal convoluted tubule segment 2 development / metanephric glomerulus vasculature development / hydrogen peroxide channel activity / nitric oxide transmembrane transporter activity / cerebrospinal fluid secretion / lipid digestion / cellular response to salt stress / renal water transport ...metanephric descending thin limb development / metanephric proximal straight tubule development / metanephric proximal convoluted tubule segment 2 development / metanephric glomerulus vasculature development / hydrogen peroxide channel activity / nitric oxide transmembrane transporter activity / cerebrospinal fluid secretion / lipid digestion / cellular response to salt stress / renal water transport / corticotropin secretion / secretory granule organization / carbon dioxide transmembrane transport / carbon dioxide transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transporter activity / water transmembrane transporter activity / renal water absorption / Passive transport by Aquaporins / positive regulation of saliva secretion / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / pancreatic juice secretion / lateral ventricle development / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / intracellular water homeostasis / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / potassium ion transmembrane transporter activity / transepithelial water transport / water transport / water channel activity / ammonium transmembrane transport / ankyrin-1 complex / ammonium channel activity / glomerular filtration / camera-type eye morphogenesis / fibroblast migration / multicellular organismal-level water homeostasis / cellular homeostasis / cellular hyperosmotic response / hyperosmotic response / cell volume homeostasis / positive regulation of fibroblast migration / odontogenesis / cGMP-mediated signaling / nitric oxide transport / brush border / transmembrane transporter activity / potassium channel activity / renal water homeostasis / cellular response to retinoic acid / cellular response to copper ion / cellular response to cAMP / ephrin receptor binding / sensory perception of pain / cellular response to nitric oxide / cellular response to dexamethasone stimulus / basal plasma membrane / establishment of localization in cell / carbon dioxide transport / wound healing / brush border membrane / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / potassium ion transport / sarcolemma / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of angiogenesis / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / cellular response to UV / apical part of cell / defense response to Gram-negative bacterium / basolateral plasma membrane / cellular response to hypoxia / nuclear membrane / apical plasma membrane / axon / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aquaporin 1 / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Ruiz-Carrillo, D. / To-Yiu-Ying, J. / Darwis, D. / Soon, C.H. / Cornvik, T. / Torres, J. / Lescar, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Human Aquaporin 1 at a Resolution of 3.28 A.
著者: Ruiz Carrillo, D. / To Yiu Ying, J. / Darwis, D. / Soon, C.H. / Cornvik, T. / Torres, J. / Lescar, J.
履歴
登録2014年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AQUAPORIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1661
ポリマ－31,1661
非ポリマー00
水1086
1
A: AQUAPORIN-1

A: AQUAPORIN-1

A: AQUAPORIN-1

A: AQUAPORIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6634
ポリマ－124,6634
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,-x+1,z1
crystal symmetry operation3_665-y+1,x+1,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
Buried area13460 Å2
ΔGint-110.1 kcal/mol
Surface area33210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.280, 89.280, 174.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 AQUAPORIN-1 / AQUAPORIN-CHIP / URINE WATER CHANNEL / WATER CHANNEL PROTEIN FOR RED BLOOD CELLS AND KIDNEY ...AQUAPORIN-CHIP / URINE WATER CHANNEL / WATER CHANNEL PROTEIN FOR RED BLOOD CELLS AND KIDNEY PROXIMAL TUBULE / AQUAPORIN 1 / AQP-1


分子量: 31165.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29972
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9 / 詳細: pH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.28→12.5 Å / Num. obs: 5560 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 25.3 % / Biso Wilson estimate: 103.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 3.28→3.67 Å / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J4N

1j4n


解像度: 3.28→12.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9455 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9538 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.538
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2978 259 4.66 %RANDOM
Rwork0.2338 ---
obs0.2368 5555 99.05 %-
原子変位パラメータBiso mean: 197.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2939 Å20 Å20 Å2
2---2.2939 Å20 Å2
3---4.5877 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.653 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.28→12.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1722 0 0 6 1728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011755HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.362388HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d575SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes27HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes266HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1755HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion26.19
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion241SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2284SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.28→3.67 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2413 77 5.06 %
Rwork0.2392 1445 -
all0.2393 1522 -
obs--99.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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