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- PDB-4cr7: Crystal structure of the N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cr7
タイトルCrystal structure of the N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase with n-acetylmannosamine
要素N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / N-ACETYL-D-MANNOSAMINE DEHYDROGENASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / SUBSTRATE SELECTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acylmannosamine 1-dehydrogenase / N-acylmannosamine 1-dehydrogenase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannopyranose / N-acylmannosamine 1-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種FLAVOBACTERIUM SP. 141-8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Gil-Ortiz, F. / Sola-Carvajal, A. / Garcia-Carmona, F. / Sanchez-Ferrer, A. / Rubio, V.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures and Functional Studies Clarify Substrate Selectivity and Catalytic Residues for the Unique Orphan Enzyme N-Acetyl-D-Mannosamine Dehydrogenase.
著者: Sola-Carvajal, A. / Gil-Ortiz, F. / Garcia-Carmona, F. / Rubio, V. / Sanchez-Ferrer, A.
履歴
登録2014年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Atomic model / Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
B: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
C: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
D: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
E: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
F: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
G: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
H: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
I: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
J: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
K: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
L: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
M: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
N: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
O: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
P: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)446,90550
ポリマ－439,92616
非ポリマー6,97934
水14,610811
1
N: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

H: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
K: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,62912
ポリマ－109,9814
非ポリマー1,6488
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_544x,y-1,z-11
crystal symmetry operation1_444x-1,y-1,z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22080 Å2
ΔGint-79.7 kcal/mol
Surface area31120 Å2
手法PISA
2
N: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

H: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
K: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,62912
ポリマ－109,9814
非ポリマー1,6488
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_566x,y+1,z+11
Buried area22080 Å2
ΔGint-79.7 kcal/mol
Surface area31120 Å2
手法PISA
3
H: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

N: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
K: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,62912
ポリマ－109,9814
非ポリマー1,6488
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_666x+1,y+1,z+11
Buried area22080 Å2
ΔGint-79.7 kcal/mol
Surface area31120 Å2
手法PISA
4
G: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

B: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
L: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
M: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,43511
ポリマ－109,9814
非ポリマー1,4537
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21610 Å2
ΔGint-82.4 kcal/mol
Surface area31290 Å2
手法PISA
5
G: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

B: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
L: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
M: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,43511
ポリマ－109,9814
非ポリマー1,4537
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area21610 Å2
ΔGint-82.4 kcal/mol
Surface area31290 Å2
手法PISA
6
D: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
F: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

I: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
O: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,21215
ポリマ－109,9814
非ポリマー2,23011
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area23410 Å2
ΔGint-67.6 kcal/mol
Surface area30720 Å2
手法PISA
7
I: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
O: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

D: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
F: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,21215
ポリマ－109,9814
非ポリマー2,23011
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area23410 Å2
ΔGint-67.6 kcal/mol
Surface area30720 Å2
手法PISA
8
J: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
P: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

C: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
E: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,62912
ポリマ－109,9814
非ポリマー1,6488
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area22130 Å2
ΔGint-77.5 kcal/mol
Surface area30930 Å2
手法PISA
9
C: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
E: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

J: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
P: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,62912
ポリマ－109,9814
非ポリマー1,6488
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area22130 Å2
ΔGint-77.5 kcal/mol
Surface area30930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.390, 100.120, 111.600
Angle α, β, γ (deg.)67.43, 89.75, 72.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O
161P

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A1 - 500
2113B1 - 500
3113C1 - 500
4113D1 - 500
5113E1 - 500
6113F1 - 500
7113G1 - 500
8113H1 - 500
9113I1 - 500
10113J1 - 500
11113K1 - 500
12113L1 - 500
13113M1 - 500
14113N1 - 500
15113O1 - 500
16113P1 - 500

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.99871, -0.00714, -0.050279), (0.005444, 0.999414, -0.033785), (0.050491, 0.033468, 0.998164)-11.68071, -67.89104, -54.214
3given(0.998691, 0.048073, -0.017497), (-0.048819, 0.997793, -0.045016), (0.015294, 0.045812, 0.998833)-51.22853, -16.53643, -52.74891
4given(0.998148, 0.053407, 0.029135), (-0.052974, 0.998476, -0.015452), (-0.029916, 0.01388, 0.999456)-74.72613, -86.75063, -101.32802
5given(0.025226, 0.741576, 0.670394), (0.741597, -0.463581, 0.484899), (0.670372, 0.48493, -0.561645)-71.38992, -38.44244, -0.59922
6given(-0.010081, 0.721302, 0.692548), (0.722577, -0.473494, 0.503671), (0.691216, 0.505497, -0.516423)-156.43539, -41.93259, -24.66767
7given(0.088371, 0.732222, 0.675308), (0.730653, -0.508437, 0.455674), (0.677006, 0.453148, -0.579931)-115.6572, -57.05662, -63.70566
8given(0.048947, 0.709299, 0.703207), (0.708241, -0.521086, 0.476303), (0.704272, 0.474726, -0.52786)-197.74393, -53.41129, -88.80441
9given(-0.071517, -0.416546, -0.906297), (-0.36657, -0.834061, 0.412272), (-0.927638, 0.361706, -0.093044)45.46278, 84.90735, 55.73668
10given(-0.118753, -0.445896, -0.887172), (-0.349346, -0.817604, 0.457692), (-0.929438, 0.364282, -0.058679)128.21492, 121.57657, 47.19343
11given(-0.11779, -0.39809, -0.909753), (-0.398455, -0.8202, 0.410493), (-0.909593, 0.410848, -0.062009)21.12457, 21.14448, 11.21591
12given(-0.172252, -0.429009, -0.886724), (-0.379483, -0.801799, 0.461639), (-0.909022, 0.416015, -0.02469)98.9671, 58.76855, -3.10885
13given(-0.916305, -0.297398, 0.268215), (-0.358499, 0.310604, -0.880343), (0.178504, -0.902817, -0.391226)24.21751, 52.42711, 114.6111
14given(-0.928235, -0.312552, 0.201718), (-0.308366, 0.343215, -0.887194), (0.208062, -0.885728, -0.414965)55.65431, 75.56592, 194.71234
15given(-0.915291, -0.35946, 0.181743), (-0.301063, 0.310776, -0.901543), (0.267587, -0.87989, -0.39267)81.77698, 28.87226, 58.14145
16given(-0.907763, -0.345525, 0.237864), (-0.342501, 0.283103, -0.895849), (0.242198, -0.894687, -0.375332)105.86407, 64.17863, 138.37762

-
要素

#1: タンパク質
N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE / NAMDH / NAM-DH / N-ACETYL-D-MANNOSAMINE DEHYDROGENASE


分子量: 27495.346 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) FLAVOBACTERIUM SP. 141-8 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: P22441, N-acylmannosamine 1-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 糖
ChemComp-BM3 / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / N-acetyl-alpha-D-mannosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-mannose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-MANNOPYRANOSE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DManpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-mannopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.1 M HEPES, PH 7.5 AND 30% (W/V) PEG [POLY(ETHYLENE GLYCOL)] 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月8日
放射モノクロメーター: CHANEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→15 Å / Num. obs: 189715 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D1Y

2d1y


解像度: 2.15→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.059 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23102 10032 5 %RANDOM
Rwork0.20074 ---
obs0.20225 189715 97.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.534 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å22 Å20.21 Å2
2---1.81 Å21.34 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29105 0 392 811 30308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01929861
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0219585
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1417loose positional0.065
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15O1417loose positional0.035
16P1417loose positional0.035
1A1473tight thermal2.930.5
2B1473tight thermal2.060.5
3C1473tight thermal2.160.5
4D1473tight thermal2.830.5
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7G1473tight thermal2.340.5
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9I1473tight thermal2.520.5
10J1473tight thermal2.610.5
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12L1473tight thermal2.530.5
13M1473tight thermal2.610.5
14N1473tight thermal2.480.5
15O1473tight thermal1.950.5
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1A1417loose thermal2.9410
2B1417loose thermal2.7510
3C1417loose thermal2.6710
4D1417loose thermal3.0310
5E1417loose thermal2.8210
6F1417loose thermal4.0110
7G1417loose thermal2.7410
8H1417loose thermal2.7910
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10J1417loose thermal2.8910
11K1417loose thermal2.810
12L1417loose thermal2.8910
13M1417loose thermal2.9810
14N1417loose thermal2.6910
15O1417loose thermal2.8910
16P1417loose thermal310
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 699 -
Rwork0.266 13616 -
obs--96.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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