[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4cr7: Crystal structure of the N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cr7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase with n-acetylmannosamine | ||||||
Components | N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / N-ACETYL-D-MANNOSAMINE DEHYDROGENASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / SUBSTRATE SELECTIVITY | ||||||
Function / homology | Function and homology information N-acylmannosamine 1-dehydrogenase / N-acylmannosamine 1-dehydrogenase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | FLAVOBACTERIUM SP. 141-8 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Gil-Ortiz, F. / Sola-Carvajal, A. / Garcia-Carmona, F. / Sanchez-Ferrer, A. / Rubio, V. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2014 Title: Crystal Structures and Functional Studies Clarify Substrate Selectivity and Catalytic Residues for the Unique Orphan Enzyme N-Acetyl-D-Mannosamine Dehydrogenase. Authors: Sola-Carvajal, A. / Gil-Ortiz, F. / Garcia-Carmona, F. / Rubio, V. / Sanchez-Ferrer, A. | ||||||
History |
| ||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4cr7.cif.gz | 725.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4cr7.ent.gz | 605.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4cr7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4cr7_validation.pdf.gz | 615.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4cr7_full_validation.pdf.gz | 685.8 KB | Display | |
Data in XML | 4cr7_validation.xml.gz | 151.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4cr7_validation.cif.gz | 196.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/4cr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/4cr7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4cr6C 4cr8C 2d1yS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
8 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
9 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
|
-Components
#1: Protein | Mass: 27495.346 Da / Num. of mol.: 16 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) FLAVOBACTERIUM SP. 141-8 (bacteria) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA2 References: UniProt: P22441, N-acylmannosamine 1-dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-PG4 / #3: Sugar | ChemComp-BM3 / #4: Sugar | ChemComp-MAN / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | pH: 8 Details: 0.1 M HEPES, PH 7.5 AND 30% (W/V) PEG [POLY(ETHYLENE GLYCOL)] 300 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 294 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9724 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 8, 2011 |
Radiation | Monochromator: CHANEL-CUT / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9724 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→15 Å / Num. obs: 189715 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.27 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.8 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2D1Y Resolution: 2.15→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.059 / SU ML: 0.132 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.204 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.534 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|