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- PDB-4cpf: Wild-type streptavidin in complex with love-hate ligand 3 (LH3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cpf
タイトルWild-type streptavidin in complex with love-hate ligand 3 (LH3)
要素STREPTAVIDIN
キーワードBIOTIN-BINDING PROTEIN / AVIDIN / BIOTIN / BIOTINYLATED / STERIC CLASH / STRAINED / HINDERED / FORCE / LIGAND SERIES / AFFINITY
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LH3 / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES AVIDINII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者Fairhead, M. / Shen, D. / Chan, L.K.M. / Lowe, E.D. / Donohoe, T.J. / Howarth, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Love-Hate Ligands for High Resolution Analysis of Strain in Ultra-Stable Protein/Small Molecule Interaction.
著者: Fairhead, M. / Shen, D. / Chan, L.K.M. / Lowe, E.D. / Donohoe, T.J. / Howarth, M.
履歴
登録2014年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1653
ポリマ－26,5632
非ポリマー6031
水4,071226
1
A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子

A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3316
ポリマ－53,1254
非ポリマー1,2052
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-54.5 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.080, 94.120, 104.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-22-

TYR

21A-2093-

HOH

31B-2096-

HOH

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要素

#1: タンパク質 STREPTAVIDIN


分子量: 13281.336 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 37-163 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WILD-TYPE CORE STREPTAVIDIN
由来: (組換発現) STREPTOMYCES AVIDINII (バクテリア)
プラスミド: PET21 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-LH3 / methyl 4-(2-{5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxo-hexahydro-1H- thieno[3,4-d]imidazolidin-4-yl]pentanehydrazido}-3- [4-(methoxycarbonyl)phenyl]phenyl)benzoate


分子量: 602.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H34N4O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細METHYL 4-(2-{5-[(3AS,4S,6AR)-2-OXO-HEXAHYDRO-1H- THIENO[3, 4-D]IMIDAZOLIDIN-4-YL]PENTANEHYDRAZIDO}- ...METHYL 4-(2-{5-[(3AS,4S,6AR)-2-OXO-HEXAHYDRO-1H- THIENO[3, 4-D]IMIDAZOLIDIN-4-YL]PENTANEHYDRAZIDO}-3- [4-(METHOXYCARBONYL)PHENYL]PHENYL)BENZOATE (LH3): LOVE-HATE LIGAND 3
配列の詳細N-TERMINAL METHIONINE REMOVED IN MATURE PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 75% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 25% 1M SODIUM ACETATE PH4.5. SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.14→32.75 Å / Num. obs: 79019 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 11.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.14→1.18 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / % possible all: 65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RY1

3ry1


解像度: 1.14→32.748 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1646 3970 5 %
Rwork0.1388 --
obs0.1401 79019 92.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.14→32.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1785 0 43 226 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012067
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3932859
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.619708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.14-1.15390.2232750.19381682X-RAY DIFFRACTION58
1.1539-1.16850.21041060.18011864X-RAY DIFFRACTION66
1.1685-1.18390.2079860.16492112X-RAY DIFFRACTION73
1.1839-1.20010.16871230.16352259X-RAY DIFFRACTION79
1.2001-1.21730.19791420.16052410X-RAY DIFFRACTION85
1.2173-1.23550.20341350.14932568X-RAY DIFFRACTION90
1.2355-1.25480.17271450.14762711X-RAY DIFFRACTION96
1.2548-1.27530.16381660.13922825X-RAY DIFFRACTION99
1.2753-1.29730.17881360.12672849X-RAY DIFFRACTION100
1.2973-1.32090.15421620.12322871X-RAY DIFFRACTION100
1.3209-1.34630.13981400.1192887X-RAY DIFFRACTION100
1.3463-1.37380.14971270.11732862X-RAY DIFFRACTION100
1.3738-1.40370.15371690.11512855X-RAY DIFFRACTION100
1.4037-1.43630.13551540.11712851X-RAY DIFFRACTION100
1.4363-1.47230.16431050.1122914X-RAY DIFFRACTION100
1.4723-1.51210.13211780.10942853X-RAY DIFFRACTION100
1.5121-1.55660.15371640.10842831X-RAY DIFFRACTION100
1.5566-1.60680.13571530.11182872X-RAY DIFFRACTION100
1.6068-1.66420.14081600.11142877X-RAY DIFFRACTION100
1.6642-1.73080.13861550.11642879X-RAY DIFFRACTION100
1.7308-1.80960.14061560.11432894X-RAY DIFFRACTION100
1.8096-1.9050.12551640.11832865X-RAY DIFFRACTION100
1.905-2.02430.14521440.11692885X-RAY DIFFRACTION100
2.0243-2.18060.14551530.11782920X-RAY DIFFRACTION100
2.1806-2.40.14771520.13172904X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.74710.1631520.14782933X-RAY DIFFRACTION100
2.7471-3.46050.17581480.15492846X-RAY DIFFRACTION96
3.4605-32.7610.26081200.22791964X-RAY DIFFRACTION64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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