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万見
- PDB-4cp8: Structure of the amidase domain of allophanate hydrolase from Pse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cp8
タイトルStructure of the amidase domain of allophanate hydrolase from Pseudomonas sp strain ADP
要素ALLOPHANATE HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / ATRAZINE BREAKDOWN PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


allophanate hydrolase / allophanate hydrolase activity / atrazine catabolic process
類似検索 - 分子機能
Allophanate hydrolase / : / Allophanate hydrolase C-terminal domain / Amidase / Amidase signature (AS) enzymes / Amidase signature (AS) domain / Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Allophanate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Balotra, S. / Newman, J. / French, N. / French, L. / Peat, T.S. / Scott, C.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: X-Ray Structure of the Amidase Domain of Atzf, the Allophanate Hydrolase from the Cyanuric Acid-Mineralizing Multienzyme Complex.
著者: Balotra, S. / Newman, J. / Cowieson, N.P. / French, N.G. / Campbell, P.M. / Briggs, L.J. / Warden, A.C. / Easton, C.J. / Peat, T.S. / Scott, C.
履歴
登録2014年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALLOPHANATE HYDROLASE
B: ALLOPHANATE HYDROLASE
C: ALLOPHANATE HYDROLASE
D: ALLOPHANATE HYDROLASE
E: ALLOPHANATE HYDROLASE
F: ALLOPHANATE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,97910
ポリマ－311,5716
非ポリマー4084
水5,621312
1
E: ALLOPHANATE HYDROLASE
F: ALLOPHANATE HYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,8572
ポリマ－103,8572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-14.7 kcal/mol
Surface area32960 Å2
手法PISA
2
C: ALLOPHANATE HYDROLASE
D: ALLOPHANATE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0614
ポリマ－103,8572
非ポリマー2042
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-8.1 kcal/mol
Surface area32170 Å2
手法PISA
3
A: ALLOPHANATE HYDROLASE
B: ALLOPHANATE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0614
ポリマ－103,8572
非ポリマー2042
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-5.3 kcal/mol
Surface area32110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.447, 179.232, 112.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
ALLOPHANATE HYDROLASE


分子量: 51928.445 Da / 分子数: 6 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-467 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE C-TERMINAL DOMAIN WAS REMOVED FOR CRYSTALLIZATION OF THE PROTEIN
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SP. (バクテリア) / 株: ADP / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q936X2, allophanate hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A HIS-TAG WAS ADDED TO THE N-TERMINUS AND THE C-TERMINAL DOMAIN WAS REMOVED FOR CRYSTALLIZATION OF ...A HIS-TAG WAS ADDED TO THE N-TERMINUS AND THE C-TERMINAL DOMAIN WAS REMOVED FOR CRYSTALLIZATION OF THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: PROTEIN AT 5.5 MG/ML WAS ADDED TO THE RESERVOIR CONDITION OF 11-14% (W/V) PEG 3350, 2% TACSIMATE PH 5. MICROSEEDS WERE ALSO ADDED TO THESE DROPS FOR REPRODUCIBLE CRYSTALS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9529
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9529 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→179.2 Å / Num. obs: 107970 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DQN

2dqn


解像度: 2.5→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 9.995 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.566 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25883 5385 5 %RANDOM
Rwork0.22405 ---
obs0.22577 102548 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.009 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å20 Å20.42 Å2
2---1.62 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20091 0 28 312 20431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01920592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0219503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.95928041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.239344725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59652686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.91123.561879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.624153067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.16515143
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.23182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02123871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.024740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7675.74910750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7655.74910749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.769.69313434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5656.0699842
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 391 -
Rwork0.313 7525 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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