PDB-4co6: Crystal structure of the Nipah virus RNA free nucleoprotein- phos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4co6

タイトル

Crystal structure of the Nipah virus RNA free nucleoprotein- phosphoprotein complex

要素

NUCLEOPROTEIN
PHOSPHOPROTEIN

キーワード

CHAPERONE / VIRAL PROTEIN / VIRAL REPLICATION / PARAMYXOVIRUS

機能・相同性

機能・相同性情報

negative stranded viral RNA transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / virion component / viral nucleocapsid / molecular adaptor activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

NIPAH VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.498 Å

データ登録者

Yabukarksi, F. / Lawrence, P. / Tarbouriech, N. / Bourhis, J.M. / Jensen, M.R. / Ruigrok, R.W.H. / Blackledge, M. / Volchkov, V. / Jamin, M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of Nipah Virus Unassembled Nucleoprotein in Complex with its Viral Chaperone.
著者: Yabukarksi, F. / Lawrence, P. / Tarbouriech, N. / Bourhis, J.M. / Delaforge, E. / Jensen, M.R. / Ruigrok, R.W.H. / Blackledge, M. / Volchkov, V. / Jamin, M.

履歴

登録	2014年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.2	2014年9月17日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4co6.cif.gz	397.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4co6.ent.gz	328.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4co6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4co6_validation.pdf.gz	481.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4co6_full_validation.pdf.gz	498.3 KB	表示
XML形式データ	4co6_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	4co6_validation.cif.gz	53 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4co6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4co6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4xvz-2 6au8-d 4xvz-1 2fca-d 2xvo-2 1qs7-d 4l3r-d 4kzg-6 5mx1-1 3wb8-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (6) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (6)
#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NUCLEOPROTEIN

B: NUCLEOPROTEIN

C: NUCLEOPROTEIN

D: PHOSPHOPROTEIN

E: PHOSPHOPROTEIN

F: PHOSPHOPROTEIN

ヘテロ分子

140 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NUCLEOPROTEIN

D: PHOSPHOPROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NUCLEOPROTEIN

E: PHOSPHOPROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: NUCLEOPROTEIN

F: PHOSPHOPROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.890, 98.960, 156.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NUCLEOPROTEIN / PROTEIN N / NUCLEOCAPSID PROTEIN 分子量: 40429.039 Da / 分子数: 3 / 断片: N0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NIPAH VIRUS (ウイルス) / Variant: UMMC1 ISOLATE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9IK92
#2: タンパク質	PHOSPHOPROTEIN / PROTEIN P 分子量: 6031.779 Da / 分子数: 3 / 断片: N0 BINDING REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NIPAH VIRUS (ウイルス) / Variant: UMMC1 ISOLATE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9IK91
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: MICROSEEDING CONDITIONS 0.2M KBR, 16-20% PEG 3350;

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.4 Å / Num. obs: 85866 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 46.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.498→47.189 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2593	2288	5.1 %
R_work	0.1916	-	-
obs	0.1952	45315	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.498→47.189 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7532	0	9	99	7640

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7663
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.151	10342
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.742	2863
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1190
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1314

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4977-2.552	0.3344	134	0.2488	2536	X-RAY DIFFRACTION	96
2.552-2.6114	0.2826	122	0.2124	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6114-2.6767	0.2659	123	0.201	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6767-2.749	0.2993	143	0.193	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.749-2.8299	0.29	143	0.1926	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8299-2.9212	0.251	139	0.1933	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9212-3.0256	0.2849	127	0.1994	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0256-3.1468	0.2338	159	0.2031	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1468-3.2899	0.2724	135	0.2047	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2899-3.4633	0.2614	145	0.1996	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4633-3.6802	0.3093	141	0.1906	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6802-3.9643	0.2762	145	0.1761	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9643-4.363	0.2282	122	0.1624	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
4.363-4.9937	0.2187	147	0.1601	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9937-6.2892	0.2568	173	0.2078	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2892-47.1978	0.2494	190	0.2074	2841	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7635	-0.2087	0.1406	5.0328	1.25	6.9978	-0.2409	0.0008	-0.1835	0.2538	0.0735	0.1491	0.3697	-0.3319	0.1692	0.3289	-0.0549	0.0015	0.3455	-0.0967	0.3239	47.8761	3.6107	45.9982
2	2.6309	-0.3852	0.1874	4.252	0.9647	5.115	0.0508	0.3265	-0.0963	-0.144	-0.0721	-0.1991	0.1687	0.2569	-0.0032	0.256	0.0085	-0.0212	0.2811	0.0019	0.2267	34.6125	33.9389	62.8124
3	3.7754	-0.0935	0.3577	3.7939	0.451	4.5601	-0.0172	-0.6885	-0.1869	0.6603	0.0602	-0.1812	0.5394	0.0629	-0.0362	0.4674	0.0013	-0.0503	0.4784	-0.0126	0.3001	93.4927	-22.3506	45.6344
4	5.8001	-0.9356	0.7492	3.9538	1.4933	4.6499	0.0943	0.4077	-0.4251	-0.3839	-0.0281	0.0502	0.236	0.1841	-0.0271	0.3958	-0.0652	0.0053	0.2607	-0.0192	0.2352	76.954	7.4591	62.1536
5	2.6109	-0.8666	-1.0675	9.1658	1.1054	7.0198	0.2256	0.1611	0.4621	-0.0565	-0.0444	-0.2675	-0.7099	0.0999	-0.0558	0.4268	-0.03	-0.0554	0.2991	0.0178	0.2423	37.5576	44.7062	70.5467
6	6.9622	-0.3709	-1.1069	7.2516	-2.222	4.8476	-0.0441	0.0165	0.0309	-0.4058	0.1545	0.3421	0.0362	-0.955	-0.1501	0.2924	0.0199	-0.0675	0.6754	-0.0805	0.2302	67.1336	-15.0386	27.434
7	8.5827	-1.9386	-0.3279	9.7263	1.4118	5.5565	0.3059	0.1347	0.6748	-0.0129	-0.1566	-0.3033	-1.1965	0.2938	-0.2321	0.5533	-0.0911	0.0169	0.2849	0.0664	0.2062	79.8279	17.8944	70.2104
8	4.1263	0.6912	-1.2442	3.492	-0.2881	2.2817	0.2293	0.2233	0.3468	0.5045	-0.1543	-0.1678	-0.9792	1.2267	0.0281	0.9703	-0.3723	0.1671	1.0705	0.0753	0.8184	94.4877	12.4983	3.6765
9	3.4932	-0.3818	0.5937	3.2568	0.0523	3.4753	0.0128	0.4164	0.147	-0.5535	-0.0794	-0.3547	-0.3432	0.4561	0.0894	0.3625	0.0016	0.0249	0.4806	0.0284	0.3004	78.1933	-12.2838	18.4453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 32 THROUGH 258 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 259 THROUGH 371 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESID 32 THROUGH 258 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 259 THROUGH 369)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN D AND (RESID -1 THROUGH 27 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN E AND (RESID -1 THROUGH 36 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN F AND (RESID 0 THROUGH 36 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESID 43 THROUGH 238 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESID 250 THROUGH 368 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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