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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xvz | ||||||
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Title | MycF mycinamicin III 3'-O-methyltransferase in complex with Mg | ||||||
![]() | Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / macrolide / methyltransferase / antibiotic / natural product | ||||||
Function / homology | ![]() mycinamicin III 3''-O-methyltransferase / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / small molecule binding / methylation / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Akey, D.L. / Smith, J.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis of Substrate Specificity and Regiochemistry in the MycF/TylF Family of Sugar O-Methyltransferases. Authors: Bernard, S.M. / Akey, D.L. / Tripathi, A. / Park, S.R. / Konwerski, J.R. / Anzai, Y. / Li, S. / Kato, F. / Sherman, D.H. / Smith, J.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 281 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 473.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 484.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4x7uC ![]() 4x7vC ![]() 4x7wC ![]() 4x7xC ![]() 4x7yC ![]() 4x7zC ![]() 4x81C ![]() 4xvyC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 32164.662 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q49492, mycinamicin III 3''-O-methyltransferase #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.1 K / Method: vapor diffusion / Details: 20-30% PEG 3350, 100 mM BisTrisPropane, pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 7, 2010 |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97944 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.49→86.85 Å / Num. obs: 36246 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5.8 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 13.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60.453 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.49→86.84 Å
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Refine LS restraints |
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