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- PDB-4cnz: Structure of PII signaling protein GlnZ from Azospirillum brasile... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cnz | ||||||
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Title | Structure of PII signaling protein GlnZ from Azospirillum brasilense in complex with adenosine diphosphate | ||||||
![]() | PII-LIKE PROTEIN PZ | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / GLNK-LIKE | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Truan, D. / Li, X.-D. / Winkler, F.K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure and Thermodynamics of Effector Molecule Binding to the Nitrogen Signal Transduction Pii Protein Glnz from Azospirillum Brasilense. Authors: Truan, D. / Bjelic, S. / Li, X. / Winkler, F.K. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 256.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 211.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4cnySC ![]() 4co0C ![]() 4co1C ![]() 4co2C ![]() 4co3C ![]() 4co4C ![]() 4co5C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12287.109 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.17 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0 MM ADP, 0.02 M CACL, 0.1 M NAAC PH 4.6, 30% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 3, 2009 Details: VERTICALLY COLLIMATING MIRROR FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR AND A TOROIDAL MIRROR |
Radiation | Monochromator: BARTELS MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→43.8 Å / Num. obs: 74797 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.95 % / Biso Wilson estimate: 21.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.8 Å / Redundancy: 6.52 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4CNY Resolution: 1.7→43.815 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / Phase error: 23.35 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.24 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.948 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.3 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→43.815 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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