PDB-4cn9: structure of proximal thread matrix protein 1 (PTMP1) from the mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cn9

タイトル

structure of proximal thread matrix protein 1 (PTMP1) from the mussel byssus with zinc occupied MIDAS motif

要素

PROXIMAL THREAD MATRIX PROTEIN 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

MYTILUS GALLOPROVINCIALIS (イガイ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gertz, M. / Suhre, M.H. / Scheibel, T. / Steegborn, C.

引用

ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Features of a Collagen-Binding Matrix Protein from the Mussel Byssus.
著者: Suhre, M.H. / Gertz, M. / Steegborn, C. / Scheibel, T.

履歴

登録	2014年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月26日	Group: Atomic model
改定 1.2	2014年4月23日	Group: Atomic model
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cn9.cif.gz	304.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cn9.ent.gz	248.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cn9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cn9_validation.pdf.gz	472.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cn9_full_validation.pdf.gz	478.8 KB	表示
XML形式データ	4cn9_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	4cn9_validation.cif.gz	47.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cn9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cn9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cn8C 4cnbSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jzv-d 5jx2-d 3gaq-d 3ebk-d 5b5o-d 2yow-d 1zmr-d 2fxk-d 4jzu-d 3wah-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: PROXIMAL THREAD MATRIX PROTEIN 1

B: PROXIMAL THREAD MATRIX PROTEIN 1

ヘテロ分子

98.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROXIMAL THREAD MATRIX PROTEIN 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PROXIMAL THREAD MATRIX PROTEIN 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.540, 63.070, 122.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.917, -0.000264, 0.3988), (0.000184, -1, -0.001085), (0.3988, 0.001068, -0.917)
ベクター: -9.787, -27.67, 47.62)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	PROXIMAL THREAD MATRIX PROTEIN 1 分子量: 48970.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYTILUS GALLOPROVINCIALIS (イガイ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q8T5C2

-
非ポリマー , 5種, 411分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.16 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 詳細: 28% PEG2000-MME, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.283
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月14日 / 詳細: COLLIMATOR
放射	モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→43.6 Å / Num. obs: 72516 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CNB

4cnb

解像度: 1.9→43.559 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	3626	5 %
R_work	0.1732	-	-
obs	0.175	72507	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.559 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6048	0	50	398	6496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6218
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	8379
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.13	2307
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	950
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1083

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.925	0.3406	139	0.298	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.925-1.9514	0.3009	138	0.272	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9514-1.9793	0.2944	138	0.2572	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9793-2.0088	0.2346	138	0.2447	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0088-2.0402	0.2893	140	0.2292	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0402-2.0736	0.23	137	0.205	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0736-2.1094	0.2513	139	0.2061	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1094-2.1477	0.237	140	0.1906	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1477-2.1891	0.2443	139	0.1883	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1891-2.2337	0.2182	138	0.1849	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2337-2.2823	0.2468	139	0.1797	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2823-2.3354	0.2015	139	0.1675	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3354-2.3938	0.2183	138	0.1679	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.4585	0.1916	141	0.1576	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4585-2.5308	0.2235	137	0.1606	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5308-2.6125	0.2246	139	0.1622	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6125-2.7059	0.213	140	0.1635	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7059-2.8142	0.2218	139	0.1663	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8142-2.9423	0.2098	140	0.1667	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9423-3.0973	0.1883	139	0.1596	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0973-3.2913	0.2154	141	0.1621	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2913-3.5454	0.1887	139	0.155	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5454-3.9019	0.2	141	0.1532	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9019-4.4661	0.1492	141	0.1357	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4661-5.6249	0.1813	141	0.1541	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6249-43.5708	0.1892	146	0.1985	2752	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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